Protein–RNA interactions for Protein: Q01081

U2AF1, Splicing factor U2AF 35 kDa subunit, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 240 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
U2AF1Q01081 CCNL2-214ENST00000482365 2620 ntTSL 217.01■□□□□ 0.312e-29■■■□□ 17.1
U2AF1Q01081 CCNL2-204ENST00000418865 3082 ntTSL 1 (best)13.14□□□□□ -0.312e-29■■■□□ 17.1
U2AF1Q01081 DCAF6-208ENST00000470721 2803 ntTSL 222.07■■□□□ 1.122e-6■■■□□ 17.1
U2AF1Q01081 NPLOC4-201ENST00000331134 4415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.442e-6■■■□□ 17.1
U2AF1Q01081 NPLOC4-207ENST00000572346 567 ntTSL 419.7■□□□□ 0.742e-6■■■□□ 17.1
U2AF1Q01081 NPLOC4-209ENST00000572760 946 ntTSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.692e-6■■■□□ 17.1
U2AF1Q01081 NPLOC4-218ENST00000574964 572 ntTSL 419.39■□□□□ 0.692e-6■■■□□ 17.1
U2AF1Q01081 NPLOC4-214ENST00000573876 560 ntTSL 4 BASIC17.2■□□□□ 0.342e-6■■■□□ 17.1
U2AF1Q01081 NPLOC4-213ENST00000573519 654 ntTSL 1 (best)17.01■□□□□ 0.312e-6■■■□□ 17.1
U2AF1Q01081 NPLOC4-206ENST00000571714 676 ntTSL 514.89□□□□□ -0.032e-6■■■□□ 17.1
U2AF1Q01081 NPLOC4-219ENST00000576713 571 ntTSL 512.67□□□□□ -0.382e-6■■■□□ 17.1
U2AF1Q01081 NPLOC4-210ENST00000572824 559 ntTSL 412.37□□□□□ -0.432e-6■■■□□ 17.1
U2AF1Q01081 NPLOC4-211ENST00000573212 564 ntTSL 410.79□□□□□ -0.682e-6■■■□□ 17.1
U2AF1Q01081 HNRNPDL-209ENST00000630114 1433 ntTSL 527.64■■■□□ 2.021e-8■■■□□ 17.1
U2AF1Q01081 HNRNPDL-203ENST00000502762 2356 ntTSL 1 (best)26.83■■□□□ 1.891e-8■■■□□ 17.1
U2AF1Q01081 HNRNPDL-210ENST00000630827 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.321e-8■■■□□ 17.1
U2AF1Q01081 HNRNPDL-202ENST00000349655 1402 ntTSL 1 (best)23.03■■□□□ 1.281e-8■■■□□ 17.1
U2AF1Q01081 HNRNPDL-206ENST00000602300 1291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.161e-8■■■□□ 17.1
U2AF1Q01081 HNRNPDL-208ENST00000621267 4139 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.81e-8■■■□□ 17.1
U2AF1Q01081 HNRNPDL-207ENST00000614627 3968 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.471e-8■■■□□ 17.1
U2AF1Q01081 HNRNPDL-201ENST00000295470 3781 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.28□□□□□ -0.121e-8■■■□□ 17.1
U2AF1Q01081 HNRNPDL-204ENST00000507721 2404 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.75□□□□□ -0.691e-8■■■□□ 17.1
U2AF1Q01081 CDK5RAP3-218ENST00000580391 1957 ntTSL 519.63■□□□□ 0.736e-9■■■□□ 17
U2AF1Q01081 CDK5RAP3-201ENST00000338399 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.6■□□□□ 0.736e-9■■■□□ 17
U2AF1Q01081 CDK5RAP3-236ENST00000584991 1862 ntTSL 519.6■□□□□ 0.736e-9■■■□□ 17
U2AF1Q01081 CDK5RAP3-219ENST00000580670 1768 ntTSL 518.42■□□□□ 0.546e-9■■■□□ 17
U2AF1Q01081 CDK5RAP3-237ENST00000585163 2519 ntTSL 1 (best)18.2■□□□□ 0.56e-9■■■□□ 17
U2AF1Q01081 CDK5RAP3-202ENST00000536708 1975 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.326e-9■■■□□ 17
U2AF1Q01081 CDK5RAP3-212ENST00000579175 867 ntTSL 316.83■□□□□ 0.286e-9■■■□□ 17
U2AF1Q01081 CDK5RAP3-217ENST00000580287 2609 ntTSL 1 (best)16.79■□□□□ 0.286e-9■■■□□ 17
U2AF1Q01081 AC018521.1-202ENST00000641877 2655 ntBASIC16.43■□□□□ 0.226e-9■■■□□ 17
U2AF1Q01081 CDK5RAP3-231ENST00000584063 2759 ntTSL 1 (best)14.7□□□□□ -0.066e-9■■■□□ 17
U2AF1Q01081 CDK5RAP3-232ENST00000584168 2684 ntTSL 514.49□□□□□ -0.096e-9■■■□□ 17
U2AF1Q01081 FUBP1-203ENST00000370768 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.211e-7■■■□□ 17
U2AF1Q01081 FUBP1-202ENST00000370767 2524 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -01e-7■■■□□ 17
U2AF1Q01081 SLC20A1-201ENST00000272542 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.911e-9■■■□□ 17
U2AF1Q01081 SLC20A1-204ENST00000433924 638 ntTSL 416.77■□□□□ 0.281e-13■■■□□ 17
U2AF1Q01081 SLC20A1-208ENST00000492076 613 ntTSL 38.64□□□□□ -1.031e-13■■■□□ 17
U2AF1Q01081 SLC20A1-206ENST00000480984 738 ntTSL 58.08□□□□□ -1.121e-13■■■□□ 17
U2AF1Q01081 SLC20A1-203ENST00000423633 668 ntTSL 27.48□□□□□ -1.211e-9■■■□□ 17
U2AF1Q01081 SLC20A1-205ENST00000456264 574 ntTSL 47.18□□□□□ -1.261e-13■■■□□ 17
U2AF1Q01081 SLC20A1-202ENST00000413135 584 ntTSL 56.82□□□□□ -1.321e-13■■■□□ 17
U2AF1Q01081 ST3GAL2-206ENST00000567822 689 ntTSL 322.59■■□□□ 1.214e-8■■■□□ 17
U2AF1Q01081 ST3GAL2-201ENST00000342907 4450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.874e-8■■■□□ 17
U2AF1Q01081 ST3GAL2-202ENST00000393640 8872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.064e-8■■■□□ 17
U2AF1Q01081 SLC25A36-206ENST00000502756 796 ntTSL 232.4■■■□□ 2.781e-6■■■□□ 17
U2AF1Q01081 SLC25A36-202ENST00000393015 659 ntTSL 526.34■■□□□ 1.814e-7■■■□□ 17
U2AF1Q01081 SLC25A36-214ENST00000515813 738 ntTSL 224.37■■□□□ 1.491e-6■■■□□ 17
U2AF1Q01081 SLC25A36-212ENST00000513887 578 ntTSL 318.98■□□□□ 0.634e-7■■■□□ 17
U2AF1Q01081 SLC25A36-208ENST00000507429 3537 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.044e-7■■■□□ 17
U2AF1Q01081 ARID1A-201ENST00000324856 8577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.173e-7■■■□□ 17
U2AF1Q01081 ARID1A-205ENST00000457599 6268 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.953e-7■■■□□ 17
U2AF1Q01081 ARID1A-204ENST00000430799 6521 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.89□□□□□ -0.193e-7■■■□□ 17
U2AF1Q01081 ARID1A-212ENST00000636219 7058 ntAPPRIS ALT2 TSL 513.88□□□□□ -0.193e-7■■■□□ 17
U2AF1Q01081 ARID1A-202ENST00000374152 6460 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.99□□□□□ -0.493e-7■■■□□ 17
U2AF1Q01081 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.23e-7■■■□□ 17
U2AF1Q01081 BMP2K-202ENST00000389010 2741 ntTSL 1 (best)27.51■■□□□ 1.993e-7■■■□□ 17
U2AF1Q01081 BMP2K-208ENST00000628286 3848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.453e-7■■■□□ 17
U2AF1Q01081 BMP2K-201ENST00000335016 3804 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.993e-7■■■□□ 17
U2AF1Q01081 SUGP2-208ENST00000597163 423 ntTSL 33.92□□□□□ -1.786e-7■■■□□ 17
U2AF1Q01081 SLTM-212ENST00000557924 3021 ntTSL 214.25□□□□□ -0.135e-6■■■□□ 17
U2AF1Q01081 SLTM-202ENST00000380516 4147 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.35e-6■■■□□ 17
U2AF1Q01081 SLTM-208ENST00000492526 3022 ntTSL 29.47□□□□□ -0.895e-6■■■□□ 17
U2AF1Q01081 ATAD2-202ENST00000517666 4995 ntTSL 515.51■□□□□ 0.074e-10■■■□□ 17
U2AF1Q01081 ATAD2-201ENST00000287394 5565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.054e-10■■■□□ 17
U2AF1Q01081 ATAD2-204ENST00000521496 3133 ntTSL 1 (best)13.57□□□□□ -0.244e-10■■■□□ 17
U2AF1Q01081 ATAD2-205ENST00000521903 5143 ntTSL 1 (best) BASIC11.4□□□□□ -0.584e-10■■■□□ 17
U2AF1Q01081 ATAD2-203ENST00000519124 4650 ntTSL 1 (best)8.33□□□□□ -1.084e-10■■■□□ 17
U2AF1Q01081 ACTR8-202ENST00000482349 2091 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.842e-6■■■□□ 16.9
U2AF1Q01081 ACTR8-201ENST00000335754 3629 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.58□□□□□ -0.082e-6■■■□□ 16.9
U2AF1Q01081 ACTR8-203ENST00000486794 1202 ntTSL 213.18□□□□□ -0.32e-6■■■□□ 16.9
U2AF1Q01081 KDM1A-204ENST00000481879 525 ntTSL 32.97□□□□□ -1.932e-8■■■□□ 16.9
U2AF1Q01081 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.112e-8■■■□□ 16.9
U2AF1Q01081 BRWD1-212ENST00000470108 1176 ntTSL 39.55□□□□□ -0.882e-8■■■□□ 16.9
U2AF1Q01081 PUM2-203ENST00000361078 6251 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.181e-7■■■□□ 16.9
U2AF1Q01081 PUM2-204ENST00000403432 3594 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.84□□□□□ -0.031e-7■■■□□ 16.9
U2AF1Q01081 PUM2-201ENST00000319801 6002 ntTSL 1 (best) BASIC8.29□□□□□ -1.081e-7■■■□□ 16.9
U2AF1Q01081 PUM2-209ENST00000440577 4352 ntTSL 1 (best)7.92□□□□□ -1.141e-7■■■□□ 16.9
U2AF1Q01081 PUM2-202ENST00000338086 6112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.61□□□□□ -1.191e-7■■■□□ 16.9
U2AF1Q01081 HSP90AA1-207ENST00000557089 694 ntTSL 214.64□□□□□ -0.074e-15■■■□□ 16.9
U2AF1Q01081 SREK1-207ENST00000520058 559 ntTSL 224.59■■□□□ 1.534e-15■■■□□ 16.8
U2AF1Q01081 SREK1-214ENST00000523851 458 ntTSL 321.84■■□□□ 1.094e-15■■■□□ 16.8
U2AF1Q01081 ACIN1-205ENST00000457657 4815 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.971e-8■■■□□ 16.8
U2AF1Q01081 ACIN1-203ENST00000357481 2563 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.561e-8■■■□□ 16.8
U2AF1Q01081 ACIN1-201ENST00000262710 4935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.461e-8■■■□□ 16.8
U2AF1Q01081 ACIN1-202ENST00000338631 2445 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.311e-8■■■□□ 16.8
U2AF1Q01081 ACIN1-204ENST00000397341 2738 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.311e-8■■■□□ 16.8
U2AF1Q01081 ACIN1-213ENST00000555053 4173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.231e-8■■■□□ 16.8
U2AF1Q01081 ACIN1-222ENST00000557515 2751 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.191e-8■■■□□ 16.8
U2AF1Q01081 ACIN1-206ENST00000473758 3540 ntTSL 1 (best)14.75□□□□□ -0.051e-8■■■□□ 16.8
U2AF1Q01081 ACIN1-223ENST00000605057 4474 ntTSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.051e-8■■■□□ 16.8
U2AF1Q01081 SNHG1-220ENST00000544550 636 ntTSL 25.32□□□□□ -1.568e-8■■■□□ 16.8
U2AF1Q01081 USP48-201ENST00000308271 4595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.491e-6■■■□□ 16.8
U2AF1Q01081 USP48-204ENST00000400301 4309 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.421e-6■■■□□ 16.8
U2AF1Q01081 USP48-213ENST00000529637 3228 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.481e-6■■■□□ 16.8
U2AF1Q01081 CCAR1-203ENST00000479143 478 ntTSL 55.37□□□□□ -1.552e-6■■■□□ 16.8
U2AF1Q01081 OCIAD1-204ENST00000425583 1915 ntTSL 3 BASIC23.88■■□□□ 1.415e-7■■■□□ 16.8
U2AF1Q01081 OCIAD1-213ENST00000508293 1423 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.165e-7■■■□□ 16.8
U2AF1Q01081 OCIAD1-202ENST00000381473 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.035e-7■■■□□ 16.8
U2AF1Q01081 OCIAD1-226ENST00000513391 1288 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.115e-7■■■□□ 16.8
Retrieved 100 of 10,096 protein–RNA pairs in 62.8 ms