Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUL7

DDX28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX28Q9NUL7 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
DDX28Q9NUL7 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
DDX28Q9NUL7 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
DDX28Q9NUL7 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
DDX28Q9NUL7 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
DDX28Q9NUL7 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
DDX28Q9NUL7 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
DDX28Q9NUL7 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
DDX28Q9NUL7 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
DDX28Q9NUL7 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
DDX28Q9NUL7 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
DDX28Q9NUL7 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC24.32■■□□□ 1.48
DDX28Q9NUL7 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
DDX28Q9NUL7 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
DDX28Q9NUL7 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
DDX28Q9NUL7 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
DDX28Q9NUL7 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC24.29■■□□□ 1.48
DDX28Q9NUL7 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
DDX28Q9NUL7 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
DDX28Q9NUL7 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
DDX28Q9NUL7 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
DDX28Q9NUL7 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
DDX28Q9NUL7 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
DDX28Q9NUL7 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
DDX28Q9NUL7 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
DDX28Q9NUL7 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
DDX28Q9NUL7 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
DDX28Q9NUL7 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
DDX28Q9NUL7 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
DDX28Q9NUL7 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
DDX28Q9NUL7 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
DDX28Q9NUL7 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC24.24■■□□□ 1.47
DDX28Q9NUL7 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
DDX28Q9NUL7 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
DDX28Q9NUL7 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
DDX28Q9NUL7 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
DDX28Q9NUL7 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
DDX28Q9NUL7 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
DDX28Q9NUL7 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
DDX28Q9NUL7 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
DDX28Q9NUL7 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.47
DDX28Q9NUL7 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.47
DDX28Q9NUL7 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
DDX28Q9NUL7 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
DDX28Q9NUL7 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
DDX28Q9NUL7 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
DDX28Q9NUL7 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
DDX28Q9NUL7 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
DDX28Q9NUL7 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC24.16■■□□□ 1.46
DDX28Q9NUL7 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
DDX28Q9NUL7 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
DDX28Q9NUL7 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
DDX28Q9NUL7 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
DDX28Q9NUL7 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
DDX28Q9NUL7 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
DDX28Q9NUL7 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
DDX28Q9NUL7 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
DDX28Q9NUL7 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
DDX28Q9NUL7 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
DDX28Q9NUL7 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
DDX28Q9NUL7 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
DDX28Q9NUL7 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
DDX28Q9NUL7 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
DDX28Q9NUL7 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
DDX28Q9NUL7 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
DDX28Q9NUL7 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
DDX28Q9NUL7 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
DDX28Q9NUL7 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
DDX28Q9NUL7 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
DDX28Q9NUL7 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
DDX28Q9NUL7 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
DDX28Q9NUL7 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
DDX28Q9NUL7 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
DDX28Q9NUL7 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.44
DDX28Q9NUL7 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
DDX28Q9NUL7 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
DDX28Q9NUL7 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
DDX28Q9NUL7 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
DDX28Q9NUL7 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
DDX28Q9NUL7 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
DDX28Q9NUL7 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
DDX28Q9NUL7 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
DDX28Q9NUL7 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
DDX28Q9NUL7 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
DDX28Q9NUL7 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
DDX28Q9NUL7 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
DDX28Q9NUL7 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
DDX28Q9NUL7 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
DDX28Q9NUL7 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
DDX28Q9NUL7 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
DDX28Q9NUL7 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
DDX28Q9NUL7 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC23.98■■□□□ 1.43
DDX28Q9NUL7 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
DDX28Q9NUL7 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
DDX28Q9NUL7 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
DDX28Q9NUL7 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
DDX28Q9NUL7 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
DDX28Q9NUL7 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
DDX28Q9NUL7 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
DDX28Q9NUL7 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.5 ms