Protein–RNA interactions for Protein: Q9NSU2

TREX1, Three-prime repair exonuclease 1, humanhuman

Predictions only

Length 369 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TREX1Q9NSU2 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
TREX1Q9NSU2 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
TREX1Q9NSU2 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC27.27■■□□□ 1.96
TREX1Q9NSU2 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
TREX1Q9NSU2 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC27.27■■□□□ 1.96
TREX1Q9NSU2 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC27.25■■□□□ 1.95
TREX1Q9NSU2 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
TREX1Q9NSU2 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
TREX1Q9NSU2 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
TREX1Q9NSU2 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC27.22■■□□□ 1.95
TREX1Q9NSU2 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC27.22■■□□□ 1.95
TREX1Q9NSU2 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
TREX1Q9NSU2 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC27.2■■□□□ 1.94
TREX1Q9NSU2 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
TREX1Q9NSU2 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
TREX1Q9NSU2 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
TREX1Q9NSU2 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
TREX1Q9NSU2 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
TREX1Q9NSU2 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
TREX1Q9NSU2 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
TREX1Q9NSU2 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC27.14■■□□□ 1.94
TREX1Q9NSU2 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC27.14■■□□□ 1.94
TREX1Q9NSU2 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC27.14■■□□□ 1.93
TREX1Q9NSU2 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
TREX1Q9NSU2 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.12■■□□□ 1.93
TREX1Q9NSU2 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC27.09■■□□□ 1.93
TREX1Q9NSU2 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC27.09■■□□□ 1.93
TREX1Q9NSU2 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
TREX1Q9NSU2 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
TREX1Q9NSU2 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
TREX1Q9NSU2 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
TREX1Q9NSU2 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
TREX1Q9NSU2 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
TREX1Q9NSU2 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC27.06■■□□□ 1.92
TREX1Q9NSU2 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC27.05■■□□□ 1.92
TREX1Q9NSU2 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
TREX1Q9NSU2 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
TREX1Q9NSU2 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
TREX1Q9NSU2 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
TREX1Q9NSU2 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
TREX1Q9NSU2 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
TREX1Q9NSU2 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC26.99■■□□□ 1.91
TREX1Q9NSU2 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC26.98■■□□□ 1.91
TREX1Q9NSU2 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
TREX1Q9NSU2 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC26.98■■□□□ 1.91
TREX1Q9NSU2 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
TREX1Q9NSU2 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
TREX1Q9NSU2 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
TREX1Q9NSU2 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
TREX1Q9NSU2 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC26.95■■□□□ 1.9
TREX1Q9NSU2 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
TREX1Q9NSU2 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.95■■□□□ 1.9
TREX1Q9NSU2 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
TREX1Q9NSU2 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
TREX1Q9NSU2 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
TREX1Q9NSU2 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC26.93■■□□□ 1.9
TREX1Q9NSU2 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
TREX1Q9NSU2 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
TREX1Q9NSU2 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
TREX1Q9NSU2 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
TREX1Q9NSU2 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
TREX1Q9NSU2 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
TREX1Q9NSU2 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
TREX1Q9NSU2 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.9■■□□□ 1.9
TREX1Q9NSU2 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
TREX1Q9NSU2 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC26.89■■□□□ 1.9
TREX1Q9NSU2 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.89
TREX1Q9NSU2 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
TREX1Q9NSU2 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
TREX1Q9NSU2 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
TREX1Q9NSU2 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
TREX1Q9NSU2 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
TREX1Q9NSU2 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
TREX1Q9NSU2 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
TREX1Q9NSU2 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
TREX1Q9NSU2 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
TREX1Q9NSU2 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
TREX1Q9NSU2 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
TREX1Q9NSU2 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
TREX1Q9NSU2 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
TREX1Q9NSU2 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
TREX1Q9NSU2 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
TREX1Q9NSU2 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC26.8■■□□□ 1.88
TREX1Q9NSU2 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
TREX1Q9NSU2 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
TREX1Q9NSU2 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
TREX1Q9NSU2 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
TREX1Q9NSU2 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
TREX1Q9NSU2 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
TREX1Q9NSU2 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
TREX1Q9NSU2 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
TREX1Q9NSU2 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
TREX1Q9NSU2 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
TREX1Q9NSU2 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
TREX1Q9NSU2 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
TREX1Q9NSU2 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
TREX1Q9NSU2 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
TREX1Q9NSU2 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
TREX1Q9NSU2 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
TREX1Q9NSU2 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.4 ms