Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYV2

TRIM54, Tripartite motif-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 358 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM54Q9BYV2 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC26.73■■□□□ 1.87
TRIM54Q9BYV2 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
TRIM54Q9BYV2 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
TRIM54Q9BYV2 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
TRIM54Q9BYV2 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC26.68■■□□□ 1.86
TRIM54Q9BYV2 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
TRIM54Q9BYV2 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
TRIM54Q9BYV2 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
TRIM54Q9BYV2 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
TRIM54Q9BYV2 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
TRIM54Q9BYV2 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
TRIM54Q9BYV2 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
TRIM54Q9BYV2 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
TRIM54Q9BYV2 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
TRIM54Q9BYV2 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.59■■□□□ 1.85
TRIM54Q9BYV2 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC26.58■■□□□ 1.85
TRIM54Q9BYV2 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC26.58■■□□□ 1.85
TRIM54Q9BYV2 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
TRIM54Q9BYV2 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
TRIM54Q9BYV2 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
TRIM54Q9BYV2 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
TRIM54Q9BYV2 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
TRIM54Q9BYV2 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
TRIM54Q9BYV2 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC26.53■■□□□ 1.84
TRIM54Q9BYV2 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC26.52■■□□□ 1.84
TRIM54Q9BYV2 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
TRIM54Q9BYV2 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
TRIM54Q9BYV2 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
TRIM54Q9BYV2 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
TRIM54Q9BYV2 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
TRIM54Q9BYV2 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC26.49■■□□□ 1.83
TRIM54Q9BYV2 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
TRIM54Q9BYV2 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
TRIM54Q9BYV2 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC26.48■■□□□ 1.83
TRIM54Q9BYV2 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC26.47■■□□□ 1.83
TRIM54Q9BYV2 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC26.45■■□□□ 1.82
TRIM54Q9BYV2 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC26.43■■□□□ 1.82
TRIM54Q9BYV2 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
TRIM54Q9BYV2 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
TRIM54Q9BYV2 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
TRIM54Q9BYV2 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
TRIM54Q9BYV2 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
TRIM54Q9BYV2 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC26.4■■□□□ 1.82
TRIM54Q9BYV2 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
TRIM54Q9BYV2 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
TRIM54Q9BYV2 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
TRIM54Q9BYV2 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
TRIM54Q9BYV2 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
TRIM54Q9BYV2 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
TRIM54Q9BYV2 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
TRIM54Q9BYV2 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
TRIM54Q9BYV2 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC26.36■■□□□ 1.81
TRIM54Q9BYV2 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
TRIM54Q9BYV2 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
TRIM54Q9BYV2 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
TRIM54Q9BYV2 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
TRIM54Q9BYV2 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC26.34■■□□□ 1.81
TRIM54Q9BYV2 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
TRIM54Q9BYV2 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.8
TRIM54Q9BYV2 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
TRIM54Q9BYV2 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
TRIM54Q9BYV2 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC26.32■■□□□ 1.8
TRIM54Q9BYV2 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
TRIM54Q9BYV2 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
TRIM54Q9BYV2 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
TRIM54Q9BYV2 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
TRIM54Q9BYV2 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
TRIM54Q9BYV2 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
TRIM54Q9BYV2 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
TRIM54Q9BYV2 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
TRIM54Q9BYV2 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
TRIM54Q9BYV2 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
TRIM54Q9BYV2 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
TRIM54Q9BYV2 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC26.27■■□□□ 1.8
TRIM54Q9BYV2 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
TRIM54Q9BYV2 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
TRIM54Q9BYV2 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
TRIM54Q9BYV2 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
TRIM54Q9BYV2 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
TRIM54Q9BYV2 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
TRIM54Q9BYV2 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
TRIM54Q9BYV2 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
TRIM54Q9BYV2 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
TRIM54Q9BYV2 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
TRIM54Q9BYV2 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC26.23■■□□□ 1.79
TRIM54Q9BYV2 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
TRIM54Q9BYV2 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
TRIM54Q9BYV2 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
TRIM54Q9BYV2 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
TRIM54Q9BYV2 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC26.21■■□□□ 1.79
TRIM54Q9BYV2 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
TRIM54Q9BYV2 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
TRIM54Q9BYV2 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
TRIM54Q9BYV2 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
TRIM54Q9BYV2 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
TRIM54Q9BYV2 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC26.16■■□□□ 1.78
TRIM54Q9BYV2 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
TRIM54Q9BYV2 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
TRIM54Q9BYV2 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC26.15■■□□□ 1.78
TRIM54Q9BYV2 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 8.4 ms