Protein–RNA interactions for Protein: Q96CF2

CHMP4C, Charged multivesicular body protein 4c, humanhuman

Predictions only

Length 233 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4CQ96CF2 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.28■■■□□ 2.76
CHMP4CQ96CF2 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC32.27■■■□□ 2.76
CHMP4CQ96CF2 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC32.27■■■□□ 2.76
CHMP4CQ96CF2 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.26■■■□□ 2.75
CHMP4CQ96CF2 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.26■■■□□ 2.75
CHMP4CQ96CF2 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC32.26■■■□□ 2.75
CHMP4CQ96CF2 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC32.26■■■□□ 2.75
CHMP4CQ96CF2 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.25■■■□□ 2.75
CHMP4CQ96CF2 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC32.24■■■□□ 2.75
CHMP4CQ96CF2 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC32.23■■■□□ 2.75
CHMP4CQ96CF2 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC32.22■■■□□ 2.75
CHMP4CQ96CF2 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC32.22■■■□□ 2.75
CHMP4CQ96CF2 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.22■■■□□ 2.75
CHMP4CQ96CF2 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.22■■■□□ 2.75
CHMP4CQ96CF2 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.22■■■□□ 2.75
CHMP4CQ96CF2 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC32.2■■■□□ 2.75
CHMP4CQ96CF2 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.19■■■□□ 2.74
CHMP4CQ96CF2 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.17■■■□□ 2.74
CHMP4CQ96CF2 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC32.17■■■□□ 2.74
CHMP4CQ96CF2 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC32.17■■■□□ 2.74
CHMP4CQ96CF2 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC32.17■■■□□ 2.74
CHMP4CQ96CF2 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC32.16■■■□□ 2.74
CHMP4CQ96CF2 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.15■■■□□ 2.74
CHMP4CQ96CF2 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.14■■■□□ 2.74
CHMP4CQ96CF2 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC32.14■■■□□ 2.74
CHMP4CQ96CF2 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.13■■■□□ 2.73
CHMP4CQ96CF2 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.13■■■□□ 2.73
CHMP4CQ96CF2 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC32.12■■■□□ 2.73
CHMP4CQ96CF2 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC32.1■■■□□ 2.73
CHMP4CQ96CF2 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC32.1■■■□□ 2.73
CHMP4CQ96CF2 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.08■■■□□ 2.73
CHMP4CQ96CF2 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.72
CHMP4CQ96CF2 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.72
CHMP4CQ96CF2 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC32.07■■■□□ 2.72
CHMP4CQ96CF2 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.06■■■□□ 2.72
CHMP4CQ96CF2 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC32.05■■■□□ 2.72
CHMP4CQ96CF2 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.05■■■□□ 2.72
CHMP4CQ96CF2 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.04■■■□□ 2.72
CHMP4CQ96CF2 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC32.02■■■□□ 2.72
CHMP4CQ96CF2 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.01■■■□□ 2.71
CHMP4CQ96CF2 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC32■■■□□ 2.71
CHMP4CQ96CF2 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC32■■■□□ 2.71
CHMP4CQ96CF2 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC32■■■□□ 2.71
CHMP4CQ96CF2 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC31.99■■■□□ 2.71
CHMP4CQ96CF2 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC31.97■■■□□ 2.71
CHMP4CQ96CF2 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC31.96■■■□□ 2.71
CHMP4CQ96CF2 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.95■■■□□ 2.71
CHMP4CQ96CF2 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC31.94■■■□□ 2.7
CHMP4CQ96CF2 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC31.93■■■□□ 2.7
CHMP4CQ96CF2 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC31.93■■■□□ 2.7
CHMP4CQ96CF2 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.93■■■□□ 2.7
CHMP4CQ96CF2 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC31.93■■■□□ 2.7
CHMP4CQ96CF2 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.93■■■□□ 2.7
CHMP4CQ96CF2 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.9■■■□□ 2.7
CHMP4CQ96CF2 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC31.9■■■□□ 2.7
CHMP4CQ96CF2 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.9■■■□□ 2.7
CHMP4CQ96CF2 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC31.89■■■□□ 2.7
CHMP4CQ96CF2 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.89■■■□□ 2.7
CHMP4CQ96CF2 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.89■■■□□ 2.7
CHMP4CQ96CF2 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC31.88■■■□□ 2.69
CHMP4CQ96CF2 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.88■■■□□ 2.69
CHMP4CQ96CF2 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC31.87■■■□□ 2.69
CHMP4CQ96CF2 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC31.87■■■□□ 2.69
CHMP4CQ96CF2 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.87■■■□□ 2.69
CHMP4CQ96CF2 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC31.87■■■□□ 2.69
CHMP4CQ96CF2 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.86■■■□□ 2.69
CHMP4CQ96CF2 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.85■■■□□ 2.69
CHMP4CQ96CF2 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC31.85■■■□□ 2.69
CHMP4CQ96CF2 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC31.85■■■□□ 2.69
CHMP4CQ96CF2 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.83■■■□□ 2.69
CHMP4CQ96CF2 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.83■■■□□ 2.69
CHMP4CQ96CF2 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC31.82■■■□□ 2.68
CHMP4CQ96CF2 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.82■■■□□ 2.68
CHMP4CQ96CF2 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC31.82■■■□□ 2.68
CHMP4CQ96CF2 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC31.82■■■□□ 2.68
CHMP4CQ96CF2 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC31.82■■■□□ 2.68
CHMP4CQ96CF2 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.81■■■□□ 2.68
CHMP4CQ96CF2 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.8■■■□□ 2.68
CHMP4CQ96CF2 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.8■■■□□ 2.68
CHMP4CQ96CF2 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC31.79■■■□□ 2.68
CHMP4CQ96CF2 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC31.79■■■□□ 2.68
CHMP4CQ96CF2 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC31.79■■■□□ 2.68
CHMP4CQ96CF2 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.78■■■□□ 2.68
CHMP4CQ96CF2 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC31.76■■■□□ 2.67
CHMP4CQ96CF2 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.75■■■□□ 2.67
CHMP4CQ96CF2 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.75■■■□□ 2.67
CHMP4CQ96CF2 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC31.74■■■□□ 2.67
CHMP4CQ96CF2 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.74■■■□□ 2.67
CHMP4CQ96CF2 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC31.72■■■□□ 2.67
CHMP4CQ96CF2 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.71■■■□□ 2.67
CHMP4CQ96CF2 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC31.7■■■□□ 2.67
CHMP4CQ96CF2 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC31.7■■■□□ 2.67
CHMP4CQ96CF2 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.69■■■□□ 2.66
CHMP4CQ96CF2 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC31.69■■■□□ 2.66
CHMP4CQ96CF2 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.68■■■□□ 2.66
CHMP4CQ96CF2 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.68■■■□□ 2.66
CHMP4CQ96CF2 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC31.67■■■□□ 2.66
CHMP4CQ96CF2 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC31.67■■■□□ 2.66
CHMP4CQ96CF2 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC31.66■■■□□ 2.66
CHMP4CQ96CF2 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.65■■■□□ 2.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.2 ms