Protein–RNA interactions for Protein: Q709C8

VPS13C, Vacuolar protein sorting-associated protein 13C, humanhuman

Predictions only

Length 3,753 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS13CQ709C8 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
VPS13CQ709C8 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
VPS13CQ709C8 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
VPS13CQ709C8 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS13CQ709C8 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS13CQ709C8 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS13CQ709C8 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS13CQ709C8 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
VPS13CQ709C8 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS13CQ709C8 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS13CQ709C8 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
VPS13CQ709C8 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
VPS13CQ709C8 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
VPS13CQ709C8 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS13CQ709C8 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS13CQ709C8 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
VPS13CQ709C8 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
VPS13CQ709C8 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS13CQ709C8 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS13CQ709C8 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS13CQ709C8 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
VPS13CQ709C8 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS13CQ709C8 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS13CQ709C8 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
VPS13CQ709C8 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS13CQ709C8 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS13CQ709C8 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
VPS13CQ709C8 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS13CQ709C8 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
VPS13CQ709C8 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
VPS13CQ709C8 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
VPS13CQ709C8 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS13CQ709C8 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS13CQ709C8 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
VPS13CQ709C8 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS13CQ709C8 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS13CQ709C8 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS13CQ709C8 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS13CQ709C8 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS13CQ709C8 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS13CQ709C8 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS13CQ709C8 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS13CQ709C8 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS13CQ709C8 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS13CQ709C8 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS13CQ709C8 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS13CQ709C8 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS13CQ709C8 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS13CQ709C8 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS13CQ709C8 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.27
VPS13CQ709C8 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS13CQ709C8 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
VPS13CQ709C8 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS13CQ709C8 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS13CQ709C8 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS13CQ709C8 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS13CQ709C8 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS13CQ709C8 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS13CQ709C8 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS13CQ709C8 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS13CQ709C8 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
VPS13CQ709C8 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS13CQ709C8 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS13CQ709C8 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS13CQ709C8 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS13CQ709C8 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS13CQ709C8 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS13CQ709C8 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS13CQ709C8 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS13CQ709C8 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS13CQ709C8 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS13CQ709C8 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS13CQ709C8 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS13CQ709C8 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS13CQ709C8 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS13CQ709C8 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS13CQ709C8 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS13CQ709C8 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
VPS13CQ709C8 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
VPS13CQ709C8 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
VPS13CQ709C8 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.25
VPS13CQ709C8 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS13CQ709C8 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS13CQ709C8 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS13CQ709C8 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS13CQ709C8 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS13CQ709C8 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS13CQ709C8 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS13CQ709C8 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC22.83■■□□□ 1.24
VPS13CQ709C8 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS13CQ709C8 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS13CQ709C8 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS13CQ709C8 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS13CQ709C8 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS13CQ709C8 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS13CQ709C8 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS13CQ709C8 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS13CQ709C8 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS13CQ709C8 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS13CQ709C8 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC22.77■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 8.5 ms