Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
USF3Q68DE3 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USF3Q68DE3 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USF3Q68DE3 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.33
USF3Q68DE3 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
USF3Q68DE3 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
USF3Q68DE3 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
USF3Q68DE3 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC23.37■■□□□ 1.33
USF3Q68DE3 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
USF3Q68DE3 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
USF3Q68DE3 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
USF3Q68DE3 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
USF3Q68DE3 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
USF3Q68DE3 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
USF3Q68DE3 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
USF3Q68DE3 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
USF3Q68DE3 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
USF3Q68DE3 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC23.32■■□□□ 1.32
USF3Q68DE3 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
USF3Q68DE3 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
USF3Q68DE3 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
USF3Q68DE3 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
USF3Q68DE3 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
USF3Q68DE3 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
USF3Q68DE3 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
USF3Q68DE3 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
USF3Q68DE3 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
USF3Q68DE3 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
USF3Q68DE3 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
USF3Q68DE3 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
USF3Q68DE3 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
USF3Q68DE3 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
USF3Q68DE3 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
USF3Q68DE3 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
USF3Q68DE3 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
USF3Q68DE3 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
USF3Q68DE3 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
USF3Q68DE3 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
USF3Q68DE3 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
USF3Q68DE3 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
USF3Q68DE3 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
USF3Q68DE3 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
USF3Q68DE3 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
USF3Q68DE3 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
USF3Q68DE3 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
USF3Q68DE3 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
USF3Q68DE3 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
USF3Q68DE3 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
USF3Q68DE3 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
USF3Q68DE3 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
USF3Q68DE3 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
USF3Q68DE3 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
USF3Q68DE3 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
USF3Q68DE3 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
USF3Q68DE3 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
USF3Q68DE3 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
USF3Q68DE3 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC23.14■■□□□ 1.29
USF3Q68DE3 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
USF3Q68DE3 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
USF3Q68DE3 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
USF3Q68DE3 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
USF3Q68DE3 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
USF3Q68DE3 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
USF3Q68DE3 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
USF3Q68DE3 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
USF3Q68DE3 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
USF3Q68DE3 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
USF3Q68DE3 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
USF3Q68DE3 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
USF3Q68DE3 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
USF3Q68DE3 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
USF3Q68DE3 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
USF3Q68DE3 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
USF3Q68DE3 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
USF3Q68DE3 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.28
USF3Q68DE3 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.28
USF3Q68DE3 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
USF3Q68DE3 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
USF3Q68DE3 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC23.06■■□□□ 1.28
USF3Q68DE3 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC23.06■■□□□ 1.28
USF3Q68DE3 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
USF3Q68DE3 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC23.04■■□□□ 1.28
USF3Q68DE3 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
USF3Q68DE3 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
USF3Q68DE3 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
USF3Q68DE3 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
USF3Q68DE3 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
USF3Q68DE3 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
USF3Q68DE3 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
USF3Q68DE3 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
USF3Q68DE3 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
USF3Q68DE3 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
USF3Q68DE3 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.27
USF3Q68DE3 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
USF3Q68DE3 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
USF3Q68DE3 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
USF3Q68DE3 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
USF3Q68DE3 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
USF3Q68DE3 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
USF3Q68DE3 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.6 ms