Protein–RNA interactions for Protein: Q2UY09

COL28A1, Collagen alpha-1(XXVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,125 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL28A1Q2UY09 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC26.2■■□□□ 1.78
COL28A1Q2UY09 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
COL28A1Q2UY09 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC26.19■■□□□ 1.78
COL28A1Q2UY09 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
COL28A1Q2UY09 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
COL28A1Q2UY09 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
COL28A1Q2UY09 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC26.18■■□□□ 1.78
COL28A1Q2UY09 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
COL28A1Q2UY09 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
COL28A1Q2UY09 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC26.16■■□□□ 1.78
COL28A1Q2UY09 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
COL28A1Q2UY09 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
COL28A1Q2UY09 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
COL28A1Q2UY09 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
COL28A1Q2UY09 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
COL28A1Q2UY09 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
COL28A1Q2UY09 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
COL28A1Q2UY09 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
COL28A1Q2UY09 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
COL28A1Q2UY09 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL28A1Q2UY09 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL28A1Q2UY09 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL28A1Q2UY09 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
COL28A1Q2UY09 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL28A1Q2UY09 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL28A1Q2UY09 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC26.1■■□□□ 1.77
COL28A1Q2UY09 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC26.07■■□□□ 1.76
COL28A1Q2UY09 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
COL28A1Q2UY09 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
COL28A1Q2UY09 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
COL28A1Q2UY09 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
COL28A1Q2UY09 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
COL28A1Q2UY09 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
COL28A1Q2UY09 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
COL28A1Q2UY09 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
COL28A1Q2UY09 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC26.01■■□□□ 1.75
COL28A1Q2UY09 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
COL28A1Q2UY09 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
COL28A1Q2UY09 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
COL28A1Q2UY09 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC25.97■■□□□ 1.75
COL28A1Q2UY09 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
COL28A1Q2UY09 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
COL28A1Q2UY09 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
COL28A1Q2UY09 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
COL28A1Q2UY09 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
COL28A1Q2UY09 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
COL28A1Q2UY09 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL28A1Q2UY09 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC25.92■■□□□ 1.74
COL28A1Q2UY09 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
COL28A1Q2UY09 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC25.89■■□□□ 1.74
COL28A1Q2UY09 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC25.88■■□□□ 1.73
COL28A1Q2UY09 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
COL28A1Q2UY09 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
COL28A1Q2UY09 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
COL28A1Q2UY09 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC25.87■■□□□ 1.73
COL28A1Q2UY09 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC25.87■■□□□ 1.73
COL28A1Q2UY09 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC25.87■■□□□ 1.73
COL28A1Q2UY09 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
COL28A1Q2UY09 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
COL28A1Q2UY09 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
COL28A1Q2UY09 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC25.85■■□□□ 1.73
COL28A1Q2UY09 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
COL28A1Q2UY09 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
COL28A1Q2UY09 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
COL28A1Q2UY09 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
COL28A1Q2UY09 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
COL28A1Q2UY09 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
COL28A1Q2UY09 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
COL28A1Q2UY09 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
COL28A1Q2UY09 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC25.82■■□□□ 1.72
COL28A1Q2UY09 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
COL28A1Q2UY09 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC25.81■■□□□ 1.72
COL28A1Q2UY09 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
COL28A1Q2UY09 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
COL28A1Q2UY09 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC25.8■■□□□ 1.72
COL28A1Q2UY09 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
COL28A1Q2UY09 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
COL28A1Q2UY09 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
COL28A1Q2UY09 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC25.78■■□□□ 1.72
COL28A1Q2UY09 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL28A1Q2UY09 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.72
COL28A1Q2UY09 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL28A1Q2UY09 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL28A1Q2UY09 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL28A1Q2UY09 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL28A1Q2UY09 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL28A1Q2UY09 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL28A1Q2UY09 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL28A1Q2UY09 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL28A1Q2UY09 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL28A1Q2UY09 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL28A1Q2UY09 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.71
COL28A1Q2UY09 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC25.7■■□□□ 1.7
COL28A1Q2UY09 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
COL28A1Q2UY09 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
COL28A1Q2UY09 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
COL28A1Q2UY09 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
COL28A1Q2UY09 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
COL28A1Q2UY09 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
COL28A1Q2UY09 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.4 ms