Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CHD3Q12873 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CHD3Q12873 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CHD3Q12873 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CHD3Q12873 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC23.33■■□□□ 1.32
CHD3Q12873 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHD3Q12873 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHD3Q12873 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHD3Q12873 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHD3Q12873 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHD3Q12873 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHD3Q12873 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHD3Q12873 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHD3Q12873 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHD3Q12873 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHD3Q12873 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHD3Q12873 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHD3Q12873 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHD3Q12873 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHD3Q12873 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHD3Q12873 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHD3Q12873 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHD3Q12873 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CHD3Q12873 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHD3Q12873 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
CHD3Q12873 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHD3Q12873 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHD3Q12873 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CHD3Q12873 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHD3Q12873 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHD3Q12873 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CHD3Q12873 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CHD3Q12873 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CHD3Q12873 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CHD3Q12873 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CHD3Q12873 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CHD3Q12873 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CHD3Q12873 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CHD3Q12873 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CHD3Q12873 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CHD3Q12873 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CHD3Q12873 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CHD3Q12873 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CHD3Q12873 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CHD3Q12873 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
CHD3Q12873 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CHD3Q12873 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CHD3Q12873 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CHD3Q12873 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CHD3Q12873 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CHD3Q12873 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
CHD3Q12873 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
CHD3Q12873 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
CHD3Q12873 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CHD3Q12873 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHD3Q12873 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CHD3Q12873 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHD3Q12873 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHD3Q12873 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHD3Q12873 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHD3Q12873 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
CHD3Q12873 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHD3Q12873 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHD3Q12873 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHD3Q12873 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHD3Q12873 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHD3Q12873 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHD3Q12873 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHD3Q12873 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CHD3Q12873 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CHD3Q12873 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CHD3Q12873 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
CHD3Q12873 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CHD3Q12873 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CHD3Q12873 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CHD3Q12873 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CHD3Q12873 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CHD3Q12873 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHD3Q12873 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHD3Q12873 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHD3Q12873 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
CHD3Q12873 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
CHD3Q12873 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CHD3Q12873 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CHD3Q12873 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CHD3Q12873 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CHD3Q12873 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CHD3Q12873 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CHD3Q12873 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CHD3Q12873 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHD3Q12873 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHD3Q12873 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHD3Q12873 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHD3Q12873 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHD3Q12873 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CHD3Q12873 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
CHD3Q12873 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CHD3Q12873 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CHD3Q12873 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CHD3Q12873 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC22.96■■□□□ 1.27
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