Protein–RNA interactions for Protein: P55317

FOXA1, Hepatocyte nuclear factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 472 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
FOXA1P55317 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
FOXA1P55317 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
FOXA1P55317 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
FOXA1P55317 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
FOXA1P55317 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
FOXA1P55317 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
FOXA1P55317 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
FOXA1P55317 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC26.37■■□□□ 1.81
FOXA1P55317 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.37■■□□□ 1.81
FOXA1P55317 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
FOXA1P55317 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
FOXA1P55317 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
FOXA1P55317 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
FOXA1P55317 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
FOXA1P55317 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
FOXA1P55317 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
FOXA1P55317 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
FOXA1P55317 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
FOXA1P55317 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
FOXA1P55317 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
FOXA1P55317 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
FOXA1P55317 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
FOXA1P55317 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
FOXA1P55317 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
FOXA1P55317 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
FOXA1P55317 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
FOXA1P55317 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.79
FOXA1P55317 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
FOXA1P55317 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
FOXA1P55317 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC26.22■■□□□ 1.79
FOXA1P55317 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
FOXA1P55317 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
FOXA1P55317 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
FOXA1P55317 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
FOXA1P55317 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC26.21■■□□□ 1.79
FOXA1P55317 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
FOXA1P55317 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC26.2■■□□□ 1.78
FOXA1P55317 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
FOXA1P55317 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
FOXA1P55317 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
FOXA1P55317 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
FOXA1P55317 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
FOXA1P55317 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
FOXA1P55317 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
FOXA1P55317 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
FOXA1P55317 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
FOXA1P55317 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
FOXA1P55317 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
FOXA1P55317 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
FOXA1P55317 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
FOXA1P55317 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
FOXA1P55317 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
FOXA1P55317 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC26.13■■□□□ 1.77
FOXA1P55317 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
FOXA1P55317 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
FOXA1P55317 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
FOXA1P55317 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
FOXA1P55317 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
FOXA1P55317 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
FOXA1P55317 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
FOXA1P55317 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
FOXA1P55317 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
FOXA1P55317 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
FOXA1P55317 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
FOXA1P55317 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC26.09■■□□□ 1.77
FOXA1P55317 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
FOXA1P55317 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
FOXA1P55317 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
FOXA1P55317 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
FOXA1P55317 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
FOXA1P55317 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
FOXA1P55317 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC26.07■■□□□ 1.76
FOXA1P55317 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
FOXA1P55317 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
FOXA1P55317 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC26.06■■□□□ 1.76
FOXA1P55317 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
FOXA1P55317 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
FOXA1P55317 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
FOXA1P55317 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
FOXA1P55317 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
FOXA1P55317 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
FOXA1P55317 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
FOXA1P55317 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
FOXA1P55317 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
FOXA1P55317 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
FOXA1P55317 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
FOXA1P55317 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
FOXA1P55317 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
FOXA1P55317 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
FOXA1P55317 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
FOXA1P55317 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
FOXA1P55317 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
FOXA1P55317 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
FOXA1P55317 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
FOXA1P55317 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
FOXA1P55317 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
FOXA1P55317 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
FOXA1P55317 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
FOXA1P55317 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
FOXA1P55317 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.2 ms