Protein–RNA interactions for Protein: P50479

PDLIM4, PDZ and LIM domain protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PDLIM4P50479 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
PDLIM4P50479 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
PDLIM4P50479 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
PDLIM4P50479 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
PDLIM4P50479 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
PDLIM4P50479 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
PDLIM4P50479 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
PDLIM4P50479 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
PDLIM4P50479 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
PDLIM4P50479 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
PDLIM4P50479 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
PDLIM4P50479 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC23■■□□□ 1.27
PDLIM4P50479 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC22.99■■□□□ 1.27
PDLIM4P50479 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
PDLIM4P50479 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
PDLIM4P50479 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
PDLIM4P50479 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC22.94■■□□□ 1.26
PDLIM4P50479 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
PDLIM4P50479 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
PDLIM4P50479 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
PDLIM4P50479 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
PDLIM4P50479 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
PDLIM4P50479 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
PDLIM4P50479 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
PDLIM4P50479 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
PDLIM4P50479 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
PDLIM4P50479 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
PDLIM4P50479 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
PDLIM4P50479 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
PDLIM4P50479 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
PDLIM4P50479 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
PDLIM4P50479 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
PDLIM4P50479 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
PDLIM4P50479 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC22.87■■□□□ 1.25
PDLIM4P50479 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
PDLIM4P50479 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
PDLIM4P50479 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
PDLIM4P50479 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
PDLIM4P50479 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
PDLIM4P50479 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
PDLIM4P50479 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
PDLIM4P50479 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
PDLIM4P50479 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
PDLIM4P50479 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
PDLIM4P50479 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
PDLIM4P50479 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
PDLIM4P50479 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
PDLIM4P50479 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
PDLIM4P50479 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
PDLIM4P50479 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
PDLIM4P50479 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
PDLIM4P50479 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
PDLIM4P50479 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
PDLIM4P50479 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
PDLIM4P50479 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
PDLIM4P50479 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
PDLIM4P50479 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
PDLIM4P50479 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
PDLIM4P50479 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
PDLIM4P50479 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
PDLIM4P50479 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
PDLIM4P50479 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
PDLIM4P50479 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
PDLIM4P50479 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
PDLIM4P50479 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
PDLIM4P50479 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
PDLIM4P50479 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
PDLIM4P50479 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
PDLIM4P50479 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
PDLIM4P50479 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
PDLIM4P50479 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
PDLIM4P50479 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
PDLIM4P50479 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
PDLIM4P50479 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
PDLIM4P50479 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
PDLIM4P50479 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
PDLIM4P50479 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
PDLIM4P50479 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
PDLIM4P50479 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
PDLIM4P50479 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
PDLIM4P50479 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
PDLIM4P50479 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
PDLIM4P50479 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
PDLIM4P50479 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
PDLIM4P50479 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
PDLIM4P50479 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
PDLIM4P50479 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
PDLIM4P50479 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
PDLIM4P50479 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
PDLIM4P50479 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
PDLIM4P50479 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
PDLIM4P50479 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
PDLIM4P50479 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
PDLIM4P50479 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
PDLIM4P50479 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC22.65■■□□□ 1.22
PDLIM4P50479 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
PDLIM4P50479 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
PDLIM4P50479 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
PDLIM4P50479 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
PDLIM4P50479 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.4 ms