Protein–RNA interactions for Protein: P46736

BRCC3, Lys-63-specific deubiquitinase BRCC36, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRCC3P46736 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.23■■■□□ 2.27
BRCC3P46736 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
BRCC3P46736 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
BRCC3P46736 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC29.21■■■□□ 2.27
BRCC3P46736 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
BRCC3P46736 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC29.21■■■□□ 2.27
BRCC3P46736 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC29.2■■■□□ 2.26
BRCC3P46736 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
BRCC3P46736 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
BRCC3P46736 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC29.19■■■□□ 2.26
BRCC3P46736 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.18■■■□□ 2.26
BRCC3P46736 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC29.18■■■□□ 2.26
BRCC3P46736 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC29.18■■■□□ 2.26
BRCC3P46736 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
BRCC3P46736 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC29.17■■■□□ 2.26
BRCC3P46736 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC29.17■■■□□ 2.26
BRCC3P46736 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
BRCC3P46736 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
BRCC3P46736 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.15■■■□□ 2.26
BRCC3P46736 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
BRCC3P46736 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
BRCC3P46736 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
BRCC3P46736 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
BRCC3P46736 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC29.12■■■□□ 2.25
BRCC3P46736 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
BRCC3P46736 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
BRCC3P46736 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
BRCC3P46736 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
BRCC3P46736 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
BRCC3P46736 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
BRCC3P46736 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC29.09■■■□□ 2.25
BRCC3P46736 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
BRCC3P46736 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.08■■■□□ 2.25
BRCC3P46736 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
BRCC3P46736 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC29.07■■■□□ 2.24
BRCC3P46736 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.03■■■□□ 2.24
BRCC3P46736 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
BRCC3P46736 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC29.02■■■□□ 2.24
BRCC3P46736 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
BRCC3P46736 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC29.01■■■□□ 2.23
BRCC3P46736 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
BRCC3P46736 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
BRCC3P46736 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC29■■■□□ 2.23
BRCC3P46736 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
BRCC3P46736 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.99■■■□□ 2.23
BRCC3P46736 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
BRCC3P46736 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC28.98■■■□□ 2.23
BRCC3P46736 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
BRCC3P46736 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
BRCC3P46736 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.95■■■□□ 2.22
BRCC3P46736 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC28.95■■■□□ 2.22
BRCC3P46736 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC28.95■■■□□ 2.22
BRCC3P46736 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC28.94■■■□□ 2.22
BRCC3P46736 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
BRCC3P46736 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
BRCC3P46736 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
BRCC3P46736 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
BRCC3P46736 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC28.92■■■□□ 2.22
BRCC3P46736 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
BRCC3P46736 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
BRCC3P46736 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC28.88■■■□□ 2.21
BRCC3P46736 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
BRCC3P46736 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
BRCC3P46736 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
BRCC3P46736 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.21
BRCC3P46736 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.21
BRCC3P46736 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC28.85■■■□□ 2.21
BRCC3P46736 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.84■■■□□ 2.21
BRCC3P46736 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
BRCC3P46736 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.2
BRCC3P46736 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
BRCC3P46736 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC28.82■■■□□ 2.2
BRCC3P46736 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC28.81■■■□□ 2.2
BRCC3P46736 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
BRCC3P46736 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
BRCC3P46736 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
BRCC3P46736 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
BRCC3P46736 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC28.79■■■□□ 2.2
BRCC3P46736 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
BRCC3P46736 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
BRCC3P46736 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC28.79■■■□□ 2.2
BRCC3P46736 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
BRCC3P46736 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
BRCC3P46736 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC28.78■■■□□ 2.2
BRCC3P46736 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
BRCC3P46736 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
BRCC3P46736 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC28.77■■■□□ 2.2
BRCC3P46736 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
BRCC3P46736 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.2
BRCC3P46736 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
BRCC3P46736 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
BRCC3P46736 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
BRCC3P46736 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
BRCC3P46736 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
BRCC3P46736 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC28.74■■■□□ 2.19
BRCC3P46736 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
BRCC3P46736 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
BRCC3P46736 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
BRCC3P46736 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
BRCC3P46736 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.3 ms