Protein–RNA interactions for Protein: P43489

TNFRSF4, Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4, humanhuman

Predictions only

Length 277 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TNFRSF4P43489 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.83■■■□□ 2.05
TNFRSF4P43489 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
TNFRSF4P43489 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC27.82■■■□□ 2.04
TNFRSF4P43489 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
TNFRSF4P43489 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
TNFRSF4P43489 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
TNFRSF4P43489 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
TNFRSF4P43489 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
TNFRSF4P43489 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
TNFRSF4P43489 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
TNFRSF4P43489 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC27.78■■■□□ 2.04
TNFRSF4P43489 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
TNFRSF4P43489 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
TNFRSF4P43489 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.03
TNFRSF4P43489 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
TNFRSF4P43489 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
TNFRSF4P43489 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
TNFRSF4P43489 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC27.72■■■□□ 2.03
TNFRSF4P43489 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
TNFRSF4P43489 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
TNFRSF4P43489 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
TNFRSF4P43489 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
TNFRSF4P43489 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
TNFRSF4P43489 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
TNFRSF4P43489 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
TNFRSF4P43489 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
TNFRSF4P43489 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
TNFRSF4P43489 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC27.66■■■□□ 2.02
TNFRSF4P43489 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
TNFRSF4P43489 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC27.65■■■□□ 2.02
TNFRSF4P43489 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
TNFRSF4P43489 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
TNFRSF4P43489 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
TNFRSF4P43489 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
TNFRSF4P43489 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.64■■■□□ 2.02
TNFRSF4P43489 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.02
TNFRSF4P43489 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.02
TNFRSF4P43489 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.02
TNFRSF4P43489 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
TNFRSF4P43489 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
TNFRSF4P43489 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
TNFRSF4P43489 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
TNFRSF4P43489 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
TNFRSF4P43489 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
TNFRSF4P43489 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
TNFRSF4P43489 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC27.59■■■□□ 2.01
TNFRSF4P43489 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC27.59■■■□□ 2.01
TNFRSF4P43489 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
TNFRSF4P43489 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
TNFRSF4P43489 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC27.56■■■□□ 2
TNFRSF4P43489 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC27.56■■■□□ 2
TNFRSF4P43489 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
TNFRSF4P43489 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
TNFRSF4P43489 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC27.55■■■□□ 2
TNFRSF4P43489 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
TNFRSF4P43489 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
TNFRSF4P43489 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
TNFRSF4P43489 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
TNFRSF4P43489 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
TNFRSF4P43489 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
TNFRSF4P43489 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC27.52■■■□□ 2
TNFRSF4P43489 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
TNFRSF4P43489 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
TNFRSF4P43489 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
TNFRSF4P43489 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC27.51■■□□□ 1.99
TNFRSF4P43489 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
TNFRSF4P43489 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC27.5■■□□□ 1.99
TNFRSF4P43489 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
TNFRSF4P43489 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
TNFRSF4P43489 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
TNFRSF4P43489 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
TNFRSF4P43489 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
TNFRSF4P43489 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC27.47■■□□□ 1.99
TNFRSF4P43489 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC27.47■■□□□ 1.99
TNFRSF4P43489 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
TNFRSF4P43489 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
TNFRSF4P43489 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC27.46■■□□□ 1.99
TNFRSF4P43489 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.99
TNFRSF4P43489 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.99
TNFRSF4P43489 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC27.45■■□□□ 1.98
TNFRSF4P43489 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
TNFRSF4P43489 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
TNFRSF4P43489 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
TNFRSF4P43489 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
TNFRSF4P43489 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
TNFRSF4P43489 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
TNFRSF4P43489 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
TNFRSF4P43489 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
TNFRSF4P43489 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
TNFRSF4P43489 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC27.41■■□□□ 1.98
TNFRSF4P43489 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
TNFRSF4P43489 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
TNFRSF4P43489 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
TNFRSF4P43489 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
TNFRSF4P43489 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC27.39■■□□□ 1.98
TNFRSF4P43489 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC27.38■■□□□ 1.97
TNFRSF4P43489 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
TNFRSF4P43489 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
TNFRSF4P43489 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
TNFRSF4P43489 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.5 ms