Protein–RNA interactions for Protein: P34897

SHMT2, Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial, humanhuman

Predictions only

Length 504 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT2P34897 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC26.56■■□□□ 1.84
SHMT2P34897 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
SHMT2P34897 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
SHMT2P34897 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.54■■□□□ 1.84
SHMT2P34897 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
SHMT2P34897 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
SHMT2P34897 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
SHMT2P34897 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC26.52■■□□□ 1.84
SHMT2P34897 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
SHMT2P34897 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
SHMT2P34897 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
SHMT2P34897 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
SHMT2P34897 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
SHMT2P34897 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
SHMT2P34897 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
SHMT2P34897 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC26.46■■□□□ 1.83
SHMT2P34897 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.46■■□□□ 1.83
SHMT2P34897 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC26.45■■□□□ 1.83
SHMT2P34897 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
SHMT2P34897 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
SHMT2P34897 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
SHMT2P34897 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC26.44■■□□□ 1.82
SHMT2P34897 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC26.43■■□□□ 1.82
SHMT2P34897 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
SHMT2P34897 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
SHMT2P34897 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
SHMT2P34897 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
SHMT2P34897 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC26.41■■□□□ 1.82
SHMT2P34897 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
SHMT2P34897 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC26.41■■□□□ 1.82
SHMT2P34897 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.39■■□□□ 1.82
SHMT2P34897 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC26.39■■□□□ 1.82
SHMT2P34897 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
SHMT2P34897 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
SHMT2P34897 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC26.39■■□□□ 1.82
SHMT2P34897 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.81
SHMT2P34897 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
SHMT2P34897 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
SHMT2P34897 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
SHMT2P34897 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC26.37■■□□□ 1.81
SHMT2P34897 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC26.36■■□□□ 1.81
SHMT2P34897 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
SHMT2P34897 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
SHMT2P34897 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
SHMT2P34897 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC26.34■■□□□ 1.81
SHMT2P34897 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
SHMT2P34897 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
SHMT2P34897 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
SHMT2P34897 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
SHMT2P34897 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
SHMT2P34897 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
SHMT2P34897 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
SHMT2P34897 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
SHMT2P34897 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
SHMT2P34897 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
SHMT2P34897 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC26.27■■□□□ 1.8
SHMT2P34897 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
SHMT2P34897 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
SHMT2P34897 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
SHMT2P34897 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
SHMT2P34897 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
SHMT2P34897 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
SHMT2P34897 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
SHMT2P34897 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.79
SHMT2P34897 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
SHMT2P34897 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
SHMT2P34897 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
SHMT2P34897 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
SHMT2P34897 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
SHMT2P34897 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
SHMT2P34897 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
SHMT2P34897 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
SHMT2P34897 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
SHMT2P34897 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
SHMT2P34897 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
SHMT2P34897 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
SHMT2P34897 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
SHMT2P34897 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC26.14■■□□□ 1.78
SHMT2P34897 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC26.13■■□□□ 1.77
SHMT2P34897 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
SHMT2P34897 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
SHMT2P34897 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
SHMT2P34897 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
SHMT2P34897 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
SHMT2P34897 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
SHMT2P34897 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC26.1■■□□□ 1.77
SHMT2P34897 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
SHMT2P34897 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC26.07■■□□□ 1.76
SHMT2P34897 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
SHMT2P34897 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC26.06■■□□□ 1.76
SHMT2P34897 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
SHMT2P34897 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
SHMT2P34897 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
SHMT2P34897 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
SHMT2P34897 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
SHMT2P34897 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
SHMT2P34897 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
SHMT2P34897 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
SHMT2P34897 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
SHMT2P34897 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.6 ms