Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC36.81■■■■□ 3.48
HOXC9P31274 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.78■■■■□ 3.48
HOXC9P31274 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC36.77■■■■□ 3.48
HOXC9P31274 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC36.77■■■■□ 3.48
HOXC9P31274 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.76■■■■□ 3.48
HOXC9P31274 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.76■■■■□ 3.48
HOXC9P31274 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.74■■■■□ 3.47
HOXC9P31274 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC36.73■■■■□ 3.47
HOXC9P31274 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC36.72■■■■□ 3.47
HOXC9P31274 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.72■■■■□ 3.47
HOXC9P31274 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC36.7■■■■□ 3.47
HOXC9P31274 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.7■■■■□ 3.47
HOXC9P31274 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC36.69■■■■□ 3.46
HOXC9P31274 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC36.68■■■■□ 3.46
HOXC9P31274 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.68■■■■□ 3.46
HOXC9P31274 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.64■■■■□ 3.46
HOXC9P31274 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC36.63■■■■□ 3.45
HOXC9P31274 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.61■■■■□ 3.45
HOXC9P31274 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC36.61■■■■□ 3.45
HOXC9P31274 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.61■■■■□ 3.45
HOXC9P31274 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC36.6■■■■□ 3.45
HOXC9P31274 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.6■■■■□ 3.45
HOXC9P31274 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC36.6■■■■□ 3.45
HOXC9P31274 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.6■■■■□ 3.45
HOXC9P31274 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC36.59■■■■□ 3.45
HOXC9P31274 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.58■■■■□ 3.45
HOXC9P31274 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC36.58■■■■□ 3.45
HOXC9P31274 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC36.58■■■■□ 3.45
HOXC9P31274 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC36.58■■■■□ 3.45
HOXC9P31274 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.57■■■■□ 3.44
HOXC9P31274 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC36.56■■■■□ 3.44
HOXC9P31274 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC36.54■■■■□ 3.44
HOXC9P31274 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC36.53■■■■□ 3.44
HOXC9P31274 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC36.53■■■■□ 3.44
HOXC9P31274 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC36.53■■■■□ 3.44
HOXC9P31274 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.52■■■■□ 3.44
HOXC9P31274 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC36.52■■■■□ 3.44
HOXC9P31274 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC36.52■■■■□ 3.44
HOXC9P31274 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.5■■■■□ 3.43
HOXC9P31274 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC36.5■■■■□ 3.43
HOXC9P31274 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.49■■■■□ 3.43
HOXC9P31274 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.49■■■■□ 3.43
HOXC9P31274 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.48■■■■□ 3.43
HOXC9P31274 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.48■■■■□ 3.43
HOXC9P31274 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC36.48■■■■□ 3.43
HOXC9P31274 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC36.48■■■■□ 3.43
HOXC9P31274 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC36.47■■■■□ 3.43
HOXC9P31274 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC36.47■■■■□ 3.43
HOXC9P31274 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC36.47■■■■□ 3.43
HOXC9P31274 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.47■■■■□ 3.43
HOXC9P31274 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC36.46■■■■□ 3.43
HOXC9P31274 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.46■■■■□ 3.43
HOXC9P31274 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.44■■■■□ 3.42
HOXC9P31274 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC36.44■■■■□ 3.42
HOXC9P31274 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC36.44■■■■□ 3.42
HOXC9P31274 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC36.43■■■■□ 3.42
HOXC9P31274 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC36.43■■■■□ 3.42
HOXC9P31274 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC36.42■■■■□ 3.42
HOXC9P31274 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.42■■■■□ 3.42
HOXC9P31274 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.41■■■■□ 3.42
HOXC9P31274 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC36.41■■■■□ 3.42
HOXC9P31274 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.41■■■■□ 3.42
HOXC9P31274 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC36.4■■■■□ 3.42
HOXC9P31274 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.39■■■■□ 3.42
HOXC9P31274 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC36.39■■■■□ 3.42
HOXC9P31274 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC36.39■■■■□ 3.42
HOXC9P31274 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC36.39■■■■□ 3.42
HOXC9P31274 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC36.39■■■■□ 3.42
HOXC9P31274 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.38■■■■□ 3.41
HOXC9P31274 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.36■■■■□ 3.41
HOXC9P31274 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC36.36■■■■□ 3.41
HOXC9P31274 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC36.36■■■■□ 3.41
HOXC9P31274 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.35■■■■□ 3.41
HOXC9P31274 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC36.34■■■■□ 3.41
HOXC9P31274 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC36.34■■■■□ 3.41
HOXC9P31274 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.33■■■■□ 3.41
HOXC9P31274 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC36.31■■■■□ 3.4
HOXC9P31274 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC36.3■■■■□ 3.4
HOXC9P31274 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC36.3■■■■□ 3.4
HOXC9P31274 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC36.3■■■■□ 3.4
HOXC9P31274 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC36.3■■■■□ 3.4
HOXC9P31274 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.29■■■■□ 3.4
HOXC9P31274 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC36.29■■■■□ 3.4
HOXC9P31274 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC36.28■■■■□ 3.4
HOXC9P31274 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC36.27■■■■□ 3.4
HOXC9P31274 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC36.26■■■■□ 3.4
HOXC9P31274 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC36.26■■■■□ 3.39
HOXC9P31274 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.25■■■■□ 3.39
HOXC9P31274 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.24■■■■□ 3.39
HOXC9P31274 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.24■■■■□ 3.39
HOXC9P31274 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.23■■■■□ 3.39
HOXC9P31274 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC36.23■■■■□ 3.39
HOXC9P31274 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC36.23■■■■□ 3.39
HOXC9P31274 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.22■■■■□ 3.39
HOXC9P31274 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.22■■■■□ 3.39
HOXC9P31274 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC36.22■■■■□ 3.39
HOXC9P31274 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.22■■■■□ 3.39
HOXC9P31274 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC36.21■■■■□ 3.39
HOXC9P31274 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.2■■■■□ 3.39
HOXC9P31274 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.2■■■■□ 3.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.2 ms