Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
HOXD3P31249 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
HOXD3P31249 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.95
HOXD3P31249 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
HOXD3P31249 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
HOXD3P31249 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
HOXD3P31249 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
HOXD3P31249 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
HOXD3P31249 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
HOXD3P31249 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
HOXD3P31249 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
HOXD3P31249 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
HOXD3P31249 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
HOXD3P31249 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
HOXD3P31249 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
HOXD3P31249 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
HOXD3P31249 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
HOXD3P31249 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
HOXD3P31249 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
HOXD3P31249 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
HOXD3P31249 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC20.93■□□□□ 0.94
HOXD3P31249 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
HOXD3P31249 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
HOXD3P31249 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
HOXD3P31249 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
HOXD3P31249 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
HOXD3P31249 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
HOXD3P31249 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
HOXD3P31249 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.93
HOXD3P31249 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC20.89■□□□□ 0.93
HOXD3P31249 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.93
HOXD3P31249 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC20.89■□□□□ 0.93
HOXD3P31249 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
HOXD3P31249 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
HOXD3P31249 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
HOXD3P31249 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
HOXD3P31249 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC20.86■□□□□ 0.93
HOXD3P31249 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC20.86■□□□□ 0.93
HOXD3P31249 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
HOXD3P31249 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC20.85■□□□□ 0.93
HOXD3P31249 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
HOXD3P31249 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC20.85■□□□□ 0.93
HOXD3P31249 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
HOXD3P31249 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC20.84■□□□□ 0.93
HOXD3P31249 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
HOXD3P31249 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC20.84■□□□□ 0.93
HOXD3P31249 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC20.84■□□□□ 0.93
HOXD3P31249 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
HOXD3P31249 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC20.83■□□□□ 0.93
HOXD3P31249 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC20.83■□□□□ 0.93
HOXD3P31249 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
HOXD3P31249 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC20.82■□□□□ 0.92
HOXD3P31249 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
HOXD3P31249 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
HOXD3P31249 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
HOXD3P31249 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
HOXD3P31249 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
HOXD3P31249 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC20.8■□□□□ 0.92
HOXD3P31249 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
HOXD3P31249 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
HOXD3P31249 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
HOXD3P31249 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC20.79■□□□□ 0.92
HOXD3P31249 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
HOXD3P31249 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC20.77■□□□□ 0.92
HOXD3P31249 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
HOXD3P31249 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
HOXD3P31249 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC20.75■□□□□ 0.91
HOXD3P31249 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
HOXD3P31249 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
HOXD3P31249 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
HOXD3P31249 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
HOXD3P31249 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC20.73■□□□□ 0.91
HOXD3P31249 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
HOXD3P31249 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
HOXD3P31249 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
HOXD3P31249 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
HOXD3P31249 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC20.72■□□□□ 0.91
HOXD3P31249 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
HOXD3P31249 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
HOXD3P31249 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.9
HOXD3P31249 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
HOXD3P31249 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
HOXD3P31249 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
HOXD3P31249 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
HOXD3P31249 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
HOXD3P31249 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.66■□□□□ 0.9
HOXD3P31249 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.66■□□□□ 0.9
HOXD3P31249 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.66■□□□□ 0.9
HOXD3P31249 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
HOXD3P31249 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
HOXD3P31249 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
HOXD3P31249 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.65■□□□□ 0.9
HOXD3P31249 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
HOXD3P31249 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC20.65■□□□□ 0.9
HOXD3P31249 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.64■□□□□ 0.9
HOXD3P31249 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC20.64■□□□□ 0.89
HOXD3P31249 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC20.64■□□□□ 0.89
HOXD3P31249 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
HOXD3P31249 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC20.63■□□□□ 0.89
HOXD3P31249 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.6 ms