Protein–RNA interactions for Protein: P22223

CDH3, Cadherin-3, humanhuman

Predictions only

Length 829 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CDH3P22223 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
CDH3P22223 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
CDH3P22223 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
CDH3P22223 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
CDH3P22223 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC26.35■■□□□ 1.81
CDH3P22223 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
CDH3P22223 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CDH3P22223 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CDH3P22223 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
CDH3P22223 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
CDH3P22223 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
CDH3P22223 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
CDH3P22223 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
CDH3P22223 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
CDH3P22223 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
CDH3P22223 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
CDH3P22223 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
CDH3P22223 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.26■■□□□ 1.79
CDH3P22223 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
CDH3P22223 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
CDH3P22223 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CDH3P22223 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC26.25■■□□□ 1.79
CDH3P22223 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.79
CDH3P22223 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC26.24■■□□□ 1.79
CDH3P22223 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
CDH3P22223 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
CDH3P22223 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CDH3P22223 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CDH3P22223 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CDH3P22223 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
CDH3P22223 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
CDH3P22223 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
CDH3P22223 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
CDH3P22223 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
CDH3P22223 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
CDH3P22223 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
CDH3P22223 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC26.16■■□□□ 1.78
CDH3P22223 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
CDH3P22223 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CDH3P22223 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CDH3P22223 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CDH3P22223 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
CDH3P22223 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC26.12■■□□□ 1.77
CDH3P22223 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CDH3P22223 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
CDH3P22223 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CDH3P22223 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CDH3P22223 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
CDH3P22223 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
CDH3P22223 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.76
CDH3P22223 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
CDH3P22223 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
CDH3P22223 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC26.06■■□□□ 1.76
CDH3P22223 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
CDH3P22223 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC26.06■■□□□ 1.76
CDH3P22223 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC26.06■■□□□ 1.76
CDH3P22223 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC26.06■■□□□ 1.76
CDH3P22223 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
CDH3P22223 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CDH3P22223 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CDH3P22223 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
CDH3P22223 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC26.03■■□□□ 1.76
CDH3P22223 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CDH3P22223 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
CDH3P22223 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CDH3P22223 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC26.02■■□□□ 1.76
CDH3P22223 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CDH3P22223 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
CDH3P22223 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
CDH3P22223 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
CDH3P22223 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
CDH3P22223 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
CDH3P22223 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
CDH3P22223 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
CDH3P22223 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
CDH3P22223 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC25.99■■□□□ 1.75
CDH3P22223 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
CDH3P22223 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC25.99■■□□□ 1.75
CDH3P22223 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
CDH3P22223 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
CDH3P22223 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
CDH3P22223 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
CDH3P22223 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
CDH3P22223 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC25.94■■□□□ 1.74
CDH3P22223 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC25.94■■□□□ 1.74
CDH3P22223 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
CDH3P22223 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
CDH3P22223 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
CDH3P22223 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
CDH3P22223 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
CDH3P22223 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
CDH3P22223 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
CDH3P22223 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
CDH3P22223 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
CDH3P22223 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
CDH3P22223 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC25.88■■□□□ 1.73
CDH3P22223 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
CDH3P22223 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
CDH3P22223 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
CDH3P22223 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.2 ms