Protein–RNA interactions for Protein: P12004

PCNA, Proliferating cell nuclear antigen, humanhuman

Predictions only

Length 261 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCNAP12004 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
PCNAP12004 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC26.28■■□□□ 1.8
PCNAP12004 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
PCNAP12004 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC26.26■■□□□ 1.79
PCNAP12004 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
PCNAP12004 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
PCNAP12004 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
PCNAP12004 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.23■■□□□ 1.79
PCNAP12004 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC26.23■■□□□ 1.79
PCNAP12004 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
PCNAP12004 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
PCNAP12004 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
PCNAP12004 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
PCNAP12004 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
PCNAP12004 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC26.15■■□□□ 1.78
PCNAP12004 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
PCNAP12004 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.77
PCNAP12004 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC26.13■■□□□ 1.77
PCNAP12004 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
PCNAP12004 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
PCNAP12004 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
PCNAP12004 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
PCNAP12004 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC26.11■■□□□ 1.77
PCNAP12004 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
PCNAP12004 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
PCNAP12004 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
PCNAP12004 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
PCNAP12004 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
PCNAP12004 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
PCNAP12004 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
PCNAP12004 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
PCNAP12004 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
PCNAP12004 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
PCNAP12004 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
PCNAP12004 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
PCNAP12004 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC26.03■■□□□ 1.76
PCNAP12004 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
PCNAP12004 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC26.01■■□□□ 1.75
PCNAP12004 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC26.01■■□□□ 1.75
PCNAP12004 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
PCNAP12004 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
PCNAP12004 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
PCNAP12004 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
PCNAP12004 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
PCNAP12004 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
PCNAP12004 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
PCNAP12004 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
PCNAP12004 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
PCNAP12004 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC25.95■■□□□ 1.74
PCNAP12004 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
PCNAP12004 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC25.95■■□□□ 1.74
PCNAP12004 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
PCNAP12004 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
PCNAP12004 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
PCNAP12004 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
PCNAP12004 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
PCNAP12004 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
PCNAP12004 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC25.93■■□□□ 1.74
PCNAP12004 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
PCNAP12004 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
PCNAP12004 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.9■■□□□ 1.74
PCNAP12004 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
PCNAP12004 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
PCNAP12004 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
PCNAP12004 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.74
PCNAP12004 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC25.89■■□□□ 1.74
PCNAP12004 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
PCNAP12004 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
PCNAP12004 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
PCNAP12004 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
PCNAP12004 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
PCNAP12004 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
PCNAP12004 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
PCNAP12004 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
PCNAP12004 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
PCNAP12004 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
PCNAP12004 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
PCNAP12004 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
PCNAP12004 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
PCNAP12004 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
PCNAP12004 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
PCNAP12004 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
PCNAP12004 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
PCNAP12004 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
PCNAP12004 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
PCNAP12004 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
PCNAP12004 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
PCNAP12004 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
PCNAP12004 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
PCNAP12004 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC25.77■■□□□ 1.72
PCNAP12004 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.72
PCNAP12004 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
PCNAP12004 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
PCNAP12004 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
PCNAP12004 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
PCNAP12004 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
PCNAP12004 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
PCNAP12004 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
PCNAP12004 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
PCNAP12004 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.8 ms