Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 KANSL2-212ENST00000550347 2714 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.472e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 CAP1-211ENST00000421589 824 ntTSL 217.87■□□□□ 0.452e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 PRMT1-203ENST00000524771 713 ntTSL 317.85■□□□□ 0.452e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 COPS7B-208ENST00000412591 571 ntTSL 417.72■□□□□ 0.432e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 NDFIP1-201ENST00000253814 3851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.422e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 COMT-207ENST00000412786 871 ntAPPRIS ALT2 TSL 217.69■□□□□ 0.426e-7■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 COMT-209ENST00000449653 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.426e-7■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 PAM16-201ENST00000318059 587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.412e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 CORO7-PAM16-201ENST00000572274 672 ntTSL 517.58■□□□□ 0.42e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 KAT7-213ENST00000510819 1769 ntTSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.42e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 OSGEP-201ENST00000206542 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.392e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 TDG-209ENST00000544861 1387 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.392e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 SND1-203ENST00000463020 793 ntTSL 217.38■□□□□ 0.372e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 RIPOR3-205ENST00000482129 811 ntTSL 317.3■□□□□ 0.362e-7■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 PAM16-215ENST00000577031 548 ntTSL 4 BASIC17.3■□□□□ 0.362e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 CCNG1-209ENST00000511490 418 ntTSL 517.29■□□□□ 0.362e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 CSNK1D-223ENST00000584472 586 ntTSL 417.28■□□□□ 0.366e-7■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 TDG-205ENST00000537100 923 ntTSL 317.21■□□□□ 0.352e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 RAN-212ENST00000543796 2661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.342e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 TMEM123-204ENST00000526676 467 ntTSL 417.18■□□□□ 0.342e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 NDFIP1-204ENST00000509436 584 ntTSL 517.14■□□□□ 0.332e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 CREBRF-206ENST00000523161 559 ntTSL 417.12■□□□□ 0.332e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 L3MBTL1-207ENST00000430781 903 ntTSL 1 (best)17.11■□□□□ 0.332e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 ARHGAP11A-201ENST00000361627 5898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.331e-11■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 SNHG15-207ENST00000582727 1039 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.331e-11■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 LUZP1-204ENST00000471849 1190 ntTSL 1 (best)17.06■□□□□ 0.322e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 ZNF37BP-204ENST00000473592 2929 ntTSL 1 (best)17.05■□□□□ 0.322e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 Z98749.3-201ENST00000400206 1770 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.32e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 SART1-201ENST00000312397 3293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.32e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 KAT7-209ENST00000509124 564 ntTSL 516.85■□□□□ 0.292e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 CCNG1-204ENST00000506186 580 ntTSL 216.81■□□□□ 0.282e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 PPM1D-201ENST00000305921 4778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.8■□□□□ 0.282e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 PFKP-210ENST00000468050 425 ntTSL 316.78■□□□□ 0.282e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 CSNK1E-208ENST00000431611 814 ntTSL 516.73■□□□□ 0.272e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 COMT-201ENST00000207636 1319 ntTSL 516.64■□□□□ 0.256e-7■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 COMT-205ENST00000406520 1339 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.256e-7■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 PAM16-209ENST00000573614 650 ntTSL 516.64■□□□□ 0.252e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 MYCL-203ENST00000397332 3256 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.252e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 PRMT1-214ENST00000529836 580 ntTSL 316.62■□□□□ 0.252e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 DGKD-203ENST00000427930 482 ntTSL 516.52■□□□□ 0.242e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 AC011530.1-203ENST00000597712 432 ntTSL 216.52■□□□□ 0.242e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 SNHG15-202ENST00000577700 3116 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.231e-11■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 KANSL2-207ENST00000548254 468 ntTSL 216.38■□□□□ 0.212e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 CSNK1E-210ENST00000442216 787 ntTSL 216.34■□□□□ 0.212e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 UGDH-202ENST00000501493 2826 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.212e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 KAT7-210ENST00000509773 1774 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.192e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 UQCRC1-204ENST00000460105 622 ntTSL 216.24■□□□□ 0.192e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 SEC24D-208ENST00000506622 1319 ntTSL 216.1■□□□□ 0.172e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 SMS-201ENST00000379404 1174 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.162e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 PAM16-202ENST00000571178 353 ntTSL 315.96■□□□□ 0.152e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 CCNG1-207ENST00000510097 564 ntTSL 415.94■□□□□ 0.142e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 CALM1-216ENST00000626705 1341 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.142e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 GTF3C4-201ENST00000372146 9043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.142e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 GULP1-215ENST00000479019 1026 ntTSL 515.89■□□□□ 0.132e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 CAP1-210ENST00000420216 668 ntTSL 515.86■□□□□ 0.132e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 CACTIN-206ENST00000588749 391 ntTSL 315.85■□□□□ 0.132e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 OSGEP-207ENST00000555223 773 ntTSL 515.83■□□□□ 0.122e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 PAM16-214ENST00000576217 493 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.112e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 CSNK1D-213ENST00000580446 612 ntTSL 315.75■□□□□ 0.116e-7■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 RAN-210ENST00000541630 1475 ntTSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.12e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 PI4K2B-201ENST00000264864 3540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.091e-11■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 IMPAD1-202ENST00000517461 487 ntTSL 515.56■□□□□ 0.082e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 CDK5RAP3-201ENST00000338399 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.081e-11■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 CDK5RAP3-236ENST00000584991 1862 ntTSL 515.55■□□□□ 0.081e-11■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 UGDH-201ENST00000316423 3216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.082e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 CSNK1E-209ENST00000431632 763 ntTSL 215.52■□□□□ 0.082e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 SYMPK-202ENST00000593504 5107 ntTSL 215.52■□□□□ 0.075e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 PPP1R12A-208ENST00000547330 2275 ntTSL 1 (best)15.52■□□□□ 0.078e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 KANSL2-214ENST00000550931 461 ntTSL 515.5■□□□□ 0.072e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 CSNK1D-211ENST00000579316 692 ntTSL 215.48■□□□□ 0.076e-7■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 CSNK1D-219ENST00000581660 611 ntTSL 515.48■□□□□ 0.076e-7■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 CDK5RAP3-218ENST00000580391 1957 ntTSL 515.46■□□□□ 0.071e-11■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 SOD2-202ENST00000367054 815 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.062e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 PPM1D-202ENST00000392995 2996 ntTSL 215.31■□□□□ 0.042e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 PDE7A-203ENST00000401827 3673 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.042e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 IDH1-204ENST00000417583 702 ntTSL 415.27■□□□□ 0.042e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 LEMD3-201ENST00000308330 4764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.032e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 SYMPK-213ENST00000599460 5449 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.035e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 CACTIN-203ENST00000429344 3612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.022e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 AC011530.1-204ENST00000595946 321 ntAPPRIS ALT2 TSL 215.18■□□□□ 0.022e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 AC011530.1-202ENST00000596586 397 ntAPPRIS P5 TSL 215.18■□□□□ 0.022e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 UBE2A-202ENST00000371558 1874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.022e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 COMT-208ENST00000428707 724 ntTSL 315.15■□□□□ 0.026e-7■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 PFKP-209ENST00000460445 552 ntTSL 515.12■□□□□ 0.012e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 SCAF1-203ENST00000598359 662 ntAPPRIS ALT2 TSL 315.09■□□□□ 0.012e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 GULP1-208ENST00000409927 583 ntTSL 315.08■□□□□ 02e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 GULP1-204ENST00000409637 1242 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -02e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 PFKP-206ENST00000415005 1140 ntTSL 214.95□□□□□ -0.022e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 CNOT1-206ENST00000564557 582 ntTSL 314.92□□□□□ -0.022e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 PAM16-213ENST00000575942 806 ntTSL 314.92□□□□□ -0.022e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 SNHG15-205ENST00000580458 710 ntTSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.031e-11■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 TMEM123-208ENST00000532161 743 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC14.84□□□□□ -0.032e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 CCNG1-202ENST00000393929 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.042e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 COPS7B-204ENST00000409091 806 ntTSL 5 BASIC14.82□□□□□ -0.042e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 CDK5RAP3-213ENST00000579605 560 ntTSL 414.71□□□□□ -0.051e-11■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 CDK5RAP3-219ENST00000580670 1768 ntTSL 514.67□□□□□ -0.061e-11■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 PPM1D-203ENST00000590418 489 ntTSL 414.66□□□□□ -0.062e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 KAT7-204ENST00000454930 1774 ntTSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.062e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 UBE2A-206ENST00000625938 1381 ntTSL 2 BASIC14.65□□□□□ -0.062e-6■■■■■ 43.1
SF3B1O75533 TYW5-202ENST00000441832 2042 ntTSL 1 (best)14.62□□□□□ -0.072e-6■■■■■ 43.1
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 626.6 ms