Protein–RNA interactions for Protein: Q9BRZ2

TRIM56, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM56, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 755 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM56Q9BRZ2 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 GRIK4-205ENST00000527524 5861 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 HNRNPUL2-201ENST00000301785 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 DYRK2-202ENST00000344096 8912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 HRK-201ENST00000257572 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 MOGS-202ENST00000409065 2668 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
TRIM56Q9BRZ2 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 93.7 ms