Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
CPSF3Q9UKF6 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.1 ms