Protein–RNA interactions for Protein: Q92900

UPF1, Regulator of nonsense transcripts 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,129 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF1Q92900 SCRN1-206ENST00000426154 5275 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC9.62□□□□□ -0.872e-9■■■■■ 32.9
UPF1Q92900 EDC3-201ENST00000315127 3763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.013e-7■■■■■ 32.9
UPF1Q92900 CDIP1-209ENST00000567695 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.313e-8■■■■■ 32.9
UPF1Q92900 CDIP1-205ENST00000563332 2774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.063e-8■■■■■ 32.9
UPF1Q92900 CDIP1-201ENST00000399599 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.013e-8■■■■■ 32.9
UPF1Q92900 RNF41-202ENST00000394013 2452 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.138e-9■■■■■ 32.9
UPF1Q92900 RNF41-203ENST00000547967 2552 ntTSL 1 (best)13.16□□□□□ -0.38e-9■■■■■ 32.9
UPF1Q92900 RNF41-201ENST00000345093 5596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.53□□□□□ -0.728e-9■■■■■ 32.9
UPF1Q92900 RNF41-212ENST00000615206 5216 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC9.93□□□□□ -0.828e-9■■■■■ 32.9
UPF1Q92900 SSR1-204ENST00000474597 1808 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.32e-12■■■■■ 32.9
UPF1Q92900 SSR1-205ENST00000475213 446 ntTSL 317.58■□□□□ 0.42e-12■■■■■ 32.9
UPF1Q92900 SSR1-201ENST00000244763 9669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.37□□□□□ -1.232e-12■■■■■ 32.9
UPF1Q92900 ARFGAP1-205ENST00000468975 2640 ntTSL 218.7■□□□□ 0.586e-9■■■■■ 32.9
UPF1Q92900 ARFGAP1-204ENST00000395285 2697 ntTSL 218.03■□□□□ 0.486e-9■■■■■ 32.9
UPF1Q92900 ARFGAP1-210ENST00000519273 3176 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.116e-9■■■■■ 32.9
UPF1Q92900 ARFGAP1-202ENST00000370275 3467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.1□□□□□ -0.156e-9■■■■■ 32.9
UPF1Q92900 ARFGAP1-212ENST00000519604 3191 ntTSL 2 BASIC13.93□□□□□ -0.186e-9■■■■■ 32.9
UPF1Q92900 ARFGAP1-203ENST00000370283 3281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.186e-9■■■■■ 32.9
UPF1Q92900 IL1RN-205ENST00000409930 848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.425e-7■■■■■ 32.9
UPF1Q92900 CTNNBIP1-203ENST00000377263 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.274e-9■■■■■ 32.9
UPF1Q92900 ANO8-202ENST00000597643 4618 ntTSL 221.98■■□□□ 1.117e-7■■■■■ 32.9
UPF1Q92900 ANO8-201ENST00000159087 4152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.937e-7■■■■■ 32.9
UPF1Q92900 MAN2A2-230ENST00000561448 1443 ntTSL 217.21■□□□□ 0.352e-16■■■■■ 32.9
UPF1Q92900 CALR-202ENST00000586760 913 ntTSL 217.62■□□□□ 0.416e-25■■■■■ 32.8
UPF1Q92900 PPP6R1-201ENST00000412770 3961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.595e-7■■■■■ 32.8
UPF1Q92900 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC34.87■■■■□ 3.176e-9■■■■■ 32.8
UPF1Q92900 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC27.56■■■□□ 26e-9■■■■■ 32.8
UPF1Q92900 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.976e-9■■■■■ 32.8
UPF1Q92900 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.856e-9■■■■■ 32.8
UPF1Q92900 UNC45A-204ENST00000471780 1730 ntTSL 524.1■■□□□ 1.456e-9■■■■■ 32.8
UPF1Q92900 METTL7B-202ENST00000614691 1368 ntTSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.726e-9■■■■■ 32.8
UPF1Q92900 VOPP1-204ENST00000418904 1317 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.436e-9■■■■■ 32.8
UPF1Q92900 METTL7B-201ENST00000394252 1506 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.376e-9■■■■■ 32.8
UPF1Q92900 DHFR2-204ENST00000481631 632 ntTSL 315.13■□□□□ 0.016e-9■■■■■ 32.8
UPF1Q92900 UNC45A-207ENST00000487875 2641 ntTSL 214.44□□□□□ -0.16e-9■■■■■ 32.8
UPF1Q92900 HPCAL1-204ENST00000422133 587 ntTSL 314.22□□□□□ -0.136e-9■■■■■ 32.8
UPF1Q92900 UNC45A-202ENST00000418476 3252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.39□□□□□ -0.436e-9■■■■■ 32.8
UPF1Q92900 UNC45A-201ENST00000394275 4002 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.82□□□□□ -0.686e-9■■■■■ 32.8
UPF1Q92900 DHFR2-203ENST00000461173 1831 ntTSL 1 (best)10.17□□□□□ -0.786e-9■■■■■ 32.8
UPF1Q92900 DHFR2-206ENST00000619045 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.17□□□□□ -0.786e-9■■■■■ 32.8
UPF1Q92900 HAUS2-201ENST00000260372 3949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.43□□□□□ -0.99e-8■■■■■ 32.8
UPF1Q92900 DHFR2-201ENST00000314636 3927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.52□□□□□ -1.046e-9■■■■■ 32.8
UPF1Q92900 DHFR2-202ENST00000394221 4038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.29□□□□□ -1.086e-9■■■■■ 32.8
UPF1Q92900 TTYH3-204ENST00000407643 4537 ntTSL 5 BASIC13.75□□□□□ -0.211e-13■■■■■ 32.8
UPF1Q92900 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.212e-10■■■■■ 32.8
UPF1Q92900 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.892e-10■■■■■ 32.8
UPF1Q92900 LHPP-205ENST00000482963 1555 ntTSL 225.82■■□□□ 1.722e-10■■■■■ 32.8
UPF1Q92900 EIF3I-202ENST00000373586 1458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.151e-9■■■■■ 32.8
UPF1Q92900 NFE2L1-219ENST00000584137 529 ntTSL 433.98■■■■□ 3.034e-33■■■■■ 32.8
UPF1Q92900 NFE2L1-216ENST00000583060 477 ntTSL 330.62■■■□□ 2.494e-33■■■■■ 32.8
UPF1Q92900 NFE2L1-215ENST00000582574 556 ntTSL 323.85■■□□□ 1.414e-33■■■■■ 32.8
UPF1Q92900 NFE2L1-223ENST00000585299 537 ntTSL 423.65■■□□□ 1.384e-33■■■■■ 32.8
UPF1Q92900 NFE2L1-221ENST00000585062 556 ntTSL 422.69■■□□□ 1.224e-33■■■■■ 32.8
UPF1Q92900 NFE2L1-207ENST00000579481 564 ntTSL 222.46■■□□□ 1.194e-33■■■■■ 32.8
UPF1Q92900 NFE2L1-213ENST00000581441 552 ntTSL 418.42■□□□□ 0.544e-33■■■■■ 32.8
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UPF1Q92900 PLXND1-204ENST00000504524 1701 ntTSL 1 (best)21.64■■□□□ 1.068e-8■■■■■ 32.8
UPF1Q92900 PLXND1-202ENST00000501038 1633 ntTSL 1 (best)20.95■□□□□ 0.948e-8■■■■■ 32.8
UPF1Q92900 PLXND1-214ENST00000512744 2662 ntTSL 1 (best)16.47■□□□□ 0.238e-8■■■■■ 32.8
UPF1Q92900 PLXND1-201ENST00000324093 7094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.218e-8■■■■■ 32.8
UPF1Q92900 POLR3A-205ENST00000616246 1668 ntTSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.037e-7■■■■■ 32.8
UPF1Q92900 POLR3A-201ENST00000372371 6640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.74□□□□□ -0.857e-7■■■■■ 32.8
UPF1Q92900 MFSD13A-201ENST00000238936 2852 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.222e-8■■■■■ 32.7
UPF1Q92900 GPN2-201ENST00000374133 715 ntTSL 3 BASIC12.8□□□□□ -0.362e-8■■■■■ 32.7
UPF1Q92900 PRR11-201ENST00000262293 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.1□□□□□ -0.634e-13■■■■■ 32.7
UPF1Q92900 KCTD21-201ENST00000340067 3585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.51e-6■■■■■ 32.7
UPF1Q92900 MFNG-210ENST00000489515 615 ntTSL 324.63■■□□□ 1.535e-7■■■■■ 32.7
UPF1Q92900 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.032e-7■■■■■ 32.7
UPF1Q92900 PTDSS2-205ENST00000526878 3134 ntTSL 212.77□□□□□ -0.372e-7■■■■■ 32.7
UPF1Q92900 ERCC2-203ENST00000391944 2334 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.934e-7■■■■■ 32.7
UPF1Q92900 NAT9-212ENST00000581136 1011 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.983e-8■■■■■ 32.7
UPF1Q92900 NAT9-225ENST00000583834 1993 ntTSL 320.08■□□□□ 0.84e-8■■■■■ 32.7
UPF1Q92900 NAT9-210ENST00000580301 1860 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.654e-8■■■■■ 32.7
UPF1Q92900 NAT9-201ENST00000357814 1875 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.624e-8■■■■■ 32.7
UPF1Q92900 PQLC1-212ENST00000590895 865 ntTSL 325.06■■□□□ 1.66e-11■■■■■ 32.7
UPF1Q92900 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.341e-9■■■■■ 32.6
UPF1Q92900 RNF166-208ENST00000567408 313 ntTSL 227.42■■□□□ 1.981e-9■■■■■ 32.6
UPF1Q92900 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC26.97■■□□□ 1.911e-9■■■■■ 32.6
UPF1Q92900 RNF166-205ENST00000562544 502 ntTSL 522.31■■□□□ 1.161e-9■■■■■ 32.6
UPF1Q92900 RNF166-203ENST00000541206 2419 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.541e-9■■■■■ 32.6
UPF1Q92900 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.712e-7■■■■■ 32.6
UPF1Q92900 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.682e-7■■■■■ 32.6
UPF1Q92900 RAB40C-206ENST00000561781 2439 ntTSL 220.96■□□□□ 0.952e-7■■■■■ 32.6
UPF1Q92900 RAB40C-203ENST00000535977 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.6■□□□□ 0.732e-7■■■■■ 32.6
UPF1Q92900 RAB40C-205ENST00000539661 2609 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.3■□□□□ 0.362e-7■■■■■ 32.6
UPF1Q92900 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.876e-10■■■■■ 32.6
UPF1Q92900 INPPL1-203ENST00000535985 353 ntTSL 216.8■□□□□ 0.286e-10■■■■■ 32.6
UPF1Q92900 INPPL1-207ENST00000538751 4656 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.116e-10■■■■■ 32.6
UPF1Q92900 INPPL1-213ENST00000541756 4649 ntTSL 5 BASIC14.73□□□□□ -0.056e-10■■■■■ 32.6
UPF1Q92900 SLC2A10-201ENST00000359271 4389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.133e-7■■■■■ 32.6
UPF1Q92900 PSEN1-202ENST00000357710 2776 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.77□□□□□ -0.532e-6■■■■■ 32.6
UPF1Q92900 PSEN1-204ENST00000394164 3046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC10.08□□□□□ -0.82e-6■■■■■ 32.6
UPF1Q92900 PSEN1-205ENST00000406768 4062 ntTSL 2 BASIC8.76□□□□□ -1.012e-6■■■■■ 32.6
UPF1Q92900 PSEN1-201ENST00000324501 6078 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC7.69□□□□□ -1.182e-6■■■■■ 32.6
UPF1Q92900 SSR1-210ENST00000489567 1893 ntTSL 3 BASIC10.67□□□□□ -0.78e-16■■■■■ 32.6
UPF1Q92900 SNU13-205ENST00000463675 786 ntTSL 320.96■□□□□ 0.951e-9■■■■■ 32.5
UPF1Q92900 OS9-205ENST00000413095 1660 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.81e-10■■■■■ 32.5
UPF1Q92900 ASB3-203ENST00000406053 2648 ntTSL 59.34□□□□□ -0.913e-11■■■■■ 32.5
UPF1Q92900 AC004223.3-201ENST00000593039 1638 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.143e-7■■■■■ 32.5
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