Protein–RNA interactions for Protein: Q92900

UPF1, Regulator of nonsense transcripts 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,129 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF1Q92900 IMP4-201ENST00000259239 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.082e-7■■■■■ 33.4
UPF1Q92900 IMP4-207ENST00000460100 721 ntTSL 319.84■□□□□ 0.772e-7■■■■■ 33.4
UPF1Q92900 IMP4-214ENST00000475074 512 ntTSL 213.99□□□□□ -0.172e-7■■■■■ 33.4
UPF1Q92900 FOXO4-202ENST00000374259 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.81□□□□□ -0.522e-7■■■■■ 33.4
UPF1Q92900 CEBPG-201ENST00000284000 4109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.326e-10■■■■■ 33.3
UPF1Q92900 CHD8-214ENST00000557727 1146 nt12.04□□□□□ -0.486e-10■■■■■ 33.3
UPF1Q92900 CHD8-201ENST00000399982 8229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC8.2□□□□□ -1.16e-10■■■■■ 33.3
UPF1Q92900 CEBPG-202ENST00000585933 3845 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC8.05□□□□□ -1.126e-10■■■■■ 33.3
UPF1Q92900 CHD8-202ENST00000430710 7420 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC6.36□□□□□ -1.396e-10■■■■■ 33.3
UPF1Q92900 TTYH3-203ENST00000403167 4263 ntTSL 5 BASIC12.76□□□□□ -0.375e-19■■■■■ 33.3
UPF1Q92900 GLB1-202ENST00000307377 2018 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.314e-11■■■■■ 33.3
UPF1Q92900 GLB1-201ENST00000307363 2616 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.184e-11■■■■■ 33.3
UPF1Q92900 GLB1-203ENST00000399402 2512 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.54e-11■■■■■ 33.3
UPF1Q92900 MLEC-201ENST00000228506 6626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.139e-12■■■■■ 33.3
UPF1Q92900 GCC1-201ENST00000321407 4149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.152e-7■■■■■ 33.3
UPF1Q92900 MPDU1-211ENST00000572936 1102 ntTSL 526.43■■□□□ 1.822e-12■■■■■ 33.2
UPF1Q92900 MPDU1-202ENST00000359822 840 ntTSL 316.57■□□□□ 0.242e-12■■■■■ 33.2
UPF1Q92900 MPDU1-207ENST00000571822 1020 ntTSL 215.87■□□□□ 0.135e-9■■■■■ 33.2
UPF1Q92900 MPDU1-209ENST00000572719 917 ntTSL 511.56□□□□□ -0.562e-12■■■■■ 33.2
UPF1Q92900 MPDU1-215ENST00000576272 809 ntTSL 210.47□□□□□ -0.732e-12■■■■■ 33.2
UPF1Q92900 VAT1-201ENST00000355653 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.42□□□□□ -0.16e-13■■■■■ 33.2
UPF1Q92900 VAT1-209ENST00000592388 478 ntTSL 512.42□□□□□ -0.426e-13■■■■■ 33.2
UPF1Q92900 PPP6R1-204ENST00000587457 2389 ntTSL 216.85■□□□□ 0.296e-7■■■■■ 33.2
UPF1Q92900 TLE3-226ENST00000627388 5742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.66■□□□□ 0.583e-8■■■■■ 33.2
UPF1Q92900 TLE3-214ENST00000558939 6004 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.473e-8■■■■■ 33.2
UPF1Q92900 CSRP1-201ENST00000340006 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.592e-7■■■■■ 33.2
UPF1Q92900 CSRP1-202ENST00000367306 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.8■□□□□ 0.282e-7■■■■■ 33.2
UPF1Q92900 CSRP1-215ENST00000532313 5239 ntTSL 1 (best)13.01□□□□□ -0.332e-7■■■■■ 33.2
UPF1Q92900 CSRP1-211ENST00000527662 4208 ntTSL 29.23□□□□□ -0.932e-7■■■■■ 33.2
UPF1Q92900 CSRP1-218ENST00000533402 8475 ntTSL 1 (best)7.68□□□□□ -1.182e-7■■■■■ 33.2
UPF1Q92900 PTDSS2-209ENST00000530029 579 ntTSL 224.68■■□□□ 1.544e-7■■■■■ 33.2
UPF1Q92900 SND1-212ENST00000485871 597 ntTSL 315.47■□□□□ 0.076e-36■■■■■ 33.2
UPF1Q92900 AAGAB-201ENST00000261880 2841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.94□□□□□ -0.343e-8■■■■■ 33.2
UPF1Q92900 BET1L-207ENST00000529614 560 ntTSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.236e-13■■■■■ 33.2
UPF1Q92900 BET1L-202ENST00000332865 533 ntTSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.96e-13■■■■■ 33.2
UPF1Q92900 B4GALT2-201ENST00000309519 2004 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.171e-7■■■■■ 33.2
UPF1Q92900 B4GALT2-202ENST00000356836 2629 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.381e-7■■■■■ 33.2
UPF1Q92900 CSNK1G2-211ENST00000615564 964 ntTSL 527.2■■□□□ 1.944e-18■■■■■ 33.2
UPF1Q92900 COPS2-207ENST00000560240 514 ntTSL 410.52□□□□□ -0.732e-6■■■■■ 33.2
UPF1Q92900 COPS2-202ENST00000388901 6628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.32□□□□□ -1.722e-6■■■■■ 33.2
UPF1Q92900 ARHGEF12-201ENST00000356641 6891 ntTSL 5 BASIC7.81□□□□□ -1.168e-9■■■■■ 33.2
UPF1Q92900 FZR1-207ENST00000591290 1331 ntTSL 528.42■■■□□ 2.144e-9■■■■■ 33.1
UPF1Q92900 FZR1-202ENST00000395095 1491 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.444e-9■■■■■ 33.1
UPF1Q92900 FZR1-201ENST00000313639 1215 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.794e-9■■■■■ 33.1
UPF1Q92900 C15orf38-AP3S2-201ENST00000398333 2439 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.497e-9■■■■■ 33.1
UPF1Q92900 AP3S2-201ENST00000336418 5891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.02□□□□□ -0.641e-7■■■■■ 33.1
UPF1Q92900 ESRRB-208ENST00000611036 2190 nt13.86□□□□□ -0.192e-7■■■■■ 33.1
UPF1Q92900 TK1-201ENST00000301634 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.894e-18■■■■■ 33.1
UPF1Q92900 TK1-203ENST00000588734 1681 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.854e-18■■■■■ 33.1
UPF1Q92900 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC30.71■■■□□ 2.516e-8■■■■■ 33.1
UPF1Q92900 MLLT6-209ENST00000620482 1556 ntTSL 1 (best)25.45■■□□□ 1.665e-8■■■■■ 33.1
UPF1Q92900 L2HGDH-203ENST00000421284 1958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.526e-8■■■■■ 33.1
UPF1Q92900 MLLT6-207ENST00000618652 624 ntTSL 321.53■■□□□ 1.046e-8■■■■■ 33.1
UPF1Q92900 L2HGDH-201ENST00000261699 1377 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.516e-8■■■■■ 33.1
UPF1Q92900 PIAS3-206ENST00000472114 2386 ntTSL 417.44■□□□□ 0.386e-8■■■■■ 33.1
UPF1Q92900 MLLT6-210ENST00000620609 2714 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.285e-8■■■■■ 33.1
UPF1Q92900 L2HGDH-202ENST00000267436 6414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.176e-8■■■■■ 33.1
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UPF1Q92900 DES-203ENST00000483395 462 ntTSL 214.68□□□□□ -0.066e-8■■■■■ 33.1
UPF1Q92900 PIAS3-207ENST00000475261 2679 ntTSL 1 (best)14.6□□□□□ -0.076e-8■■■■■ 33.1
UPF1Q92900 PIAS3-203ENST00000393045 2901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.196e-8■■■■■ 33.1
UPF1Q92900 TWISTNB-201ENST00000222567 3942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.29□□□□□ -0.66e-8■■■■■ 33.1
UPF1Q92900 THG1L-201ENST00000231198 3107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.33□□□□□ -0.926e-8■■■■■ 33.1
UPF1Q92900 PXMP4-203ENST00000409299 5684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.36□□□□□ -0.431e-6■■■■■ 33.1
UPF1Q92900 TTYH3-201ENST00000258796 4840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.671e-13■■■■■ 33.1
UPF1Q92900 KCNAB2-207ENST00000378111 822 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 14e-8■■■■■ 33.1
UPF1Q92900 LTBR-201ENST00000228918 2260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.272e-7■■■■■ 33.1
UPF1Q92900 LTBR-203ENST00000441074 2327 ntTSL 1 (best)13.63□□□□□ -0.232e-7■■■■■ 33.1
UPF1Q92900 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.031e-8■■■■■ 33.1
UPF1Q92900 PRKACA-202ENST00000350356 3105 ntTSL 214.55□□□□□ -0.081e-8■■■■■ 33.1
UPF1Q92900 SEC24C-201ENST00000339365 4513 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.28□□□□□ -0.447e-17■■■■■ 33
UPF1Q92900 SEC24C-203ENST00000465076 4668 ntTSL 1 (best)11.93□□□□□ -0.57e-17■■■■■ 33
UPF1Q92900 SEC24C-202ENST00000345254 4433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.25□□□□□ -0.617e-17■■■■■ 33
UPF1Q92900 RNF187-202ENST00000482739 2467 ntTSL 514.05□□□□□ -0.161e-17■■■■■ 33
UPF1Q92900 SERPINA7-203ENST00000487487 395 ntTSL 37.98□□□□□ -1.136e-12■■■■■ 33
UPF1Q92900 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.576e-10■■■■■ 33
UPF1Q92900 CDC25A-201ENST00000302506 3783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.497e-7■■■■■ 33
UPF1Q92900 CDC25A-202ENST00000351231 3663 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.267e-7■■■■■ 33
UPF1Q92900 ELF3-202ENST00000367283 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.384e-7■■■■■ 33
UPF1Q92900 ELF3-201ENST00000359651 4994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.34e-7■■■■■ 33
UPF1Q92900 ELF3-203ENST00000367284 3179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.95□□□□□ -0.664e-7■■■■■ 33
UPF1Q92900 ERLIN1-203ENST00000421367 5792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.454e-8■■■■■ 33
UPF1Q92900 SFT2D3-201ENST00000310981 3735 ntAPPRIS P1 BASIC17.62■□□□□ 0.411e-7■■■■■ 33
UPF1Q92900 PLEC-202ENST00000345136 14803 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.76□□□□□ -0.537e-8■■■■■ 33
UPF1Q92900 PLEC-208ENST00000436759 14787 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.547e-8■■■■■ 33
UPF1Q92900 PLEC-201ENST00000322810 15249 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.06□□□□□ -0.647e-8■■■■■ 33
UPF1Q92900 PLEC-204ENST00000354958 14751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.63□□□□□ -0.717e-8■■■■■ 33
UPF1Q92900 PLEC-205ENST00000356346 14683 ntTSL 1 (best) BASIC10.57□□□□□ -0.727e-8■■■■■ 33
UPF1Q92900 PLEC-206ENST00000357649 14689 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.57□□□□□ -0.727e-8■■■■■ 33
UPF1Q92900 PLEC-203ENST00000354589 14736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.48□□□□□ -0.737e-8■■■■■ 33
UPF1Q92900 PLEC-207ENST00000398774 14646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.78□□□□□ -0.847e-8■■■■■ 33
UPF1Q92900 POLR1A-201ENST00000263857 12749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.71□□□□□ -1.335e-8■■■■■ 33
UPF1Q92900 MBD3-208ENST00000590830 1035 ntTSL 1 (best)31.33■■■□□ 2.611e-10■■■■■ 33
UPF1Q92900 C8orf4-201ENST00000315792 1854 ntAPPRIS P1 BASIC8.47□□□□□ -1.056e-7■■■■■ 33
UPF1Q92900 ABHD2-201ENST00000352732 8735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.04□□□□□ -0.86e-8■■■■■ 33
UPF1Q92900 MFNG-208ENST00000454291 570 ntTSL 224.28■■□□□ 1.486e-7■■■■■ 32.9
UPF1Q92900 PGM1-205ENST00000540265 2345 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.679e-10■■■■■ 32.9
UPF1Q92900 PGM1-202ENST00000371084 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.219e-10■■■■■ 32.9
UPF1Q92900 PGM1-203ENST00000473117 373 ntTSL 512.05□□□□□ -0.489e-10■■■■■ 32.9
UPF1Q92900 SCRN1-201ENST00000242059 5257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.07□□□□□ -0.82e-9■■■■■ 32.9
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