Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 UQCRC1-207ENST00000471189 955 ntTSL 311.85□□□□□ -0.516e-8■■■■■ 40
SF3A3Q12874 UQCRC1-209ENST00000480561 1014 ntTSL 211.65□□□□□ -0.546e-8■■■■■ 40
SF3A3Q12874 DHRS11-212ENST00000612538 756 ntTSL 521.78■■□□□ 1.083e-6■■■■■ 39.8
SF3A3Q12874 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.023e-6■■■■■ 39.8
SF3A3Q12874 TBL3-201ENST00000332704 2091 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best)18.21■□□□□ 0.513e-6■■■■■ 39.8
SF3A3Q12874 TICRR-203ENST00000561095 2367 ntTSL 1 (best)15.98■□□□□ 0.153e-6■■■■■ 39.8
SF3A3Q12874 UNKL-206ENST00000402641 669 ntTSL 315.9■□□□□ 0.143e-6■■■■■ 39.8
SF3A3Q12874 DHRS11-210ENST00000611337 1341 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.143e-6■■■■■ 39.8
SF3A3Q12874 DHRS11-213ENST00000615432 926 ntTSL 315.64■□□□□ 0.093e-6■■■■■ 39.8
SF3A3Q12874 UNKL-214ENST00000515195 481 ntTSL 414.5□□□□□ -0.093e-6■■■■■ 39.8
SF3A3Q12874 DHRS11-209ENST00000610443 4505 nt13.06□□□□□ -0.323e-6■■■■■ 39.8
SF3A3Q12874 UNKL-213ENST00000513783 582 ntTSL 412.97□□□□□ -0.333e-6■■■■■ 39.8
SF3A3Q12874 CDC45-212ENST00000493724 469 ntTSL 211.83□□□□□ -0.523e-6■■■■■ 39.8
SF3A3Q12874 RABGGTB-206ENST00000467748 468 ntTSL 34.57□□□□□ -1.688e-13■■■■■ 39.8
SF3A3Q12874 CAPNS1-206ENST00000588815 1471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.419e-8■■■■■ 39.8
SF3A3Q12874 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.969e-8■■■■■ 39.8
SF3A3Q12874 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.729e-8■■■■■ 39.8
SF3A3Q12874 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.59e-8■■■■■ 39.8
SF3A3Q12874 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.269e-8■■■■■ 39.8
SF3A3Q12874 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.199e-8■■■■■ 39.8
SF3A3Q12874 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.189e-8■■■■■ 39.8
SF3A3Q12874 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.019e-8■■■■■ 39.8
SF3A3Q12874 NRBP1-203ENST00000379852 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.729e-8■■■■■ 39.8
SF3A3Q12874 NRBP1-204ENST00000379863 2174 ntTSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.659e-8■■■■■ 39.8
SF3A3Q12874 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.379e-8■■■■■ 39.8
SF3A3Q12874 NRBP1-201ENST00000233557 2887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.39e-8■■■■■ 39.8
SF3A3Q12874 CAPNS1-209ENST00000590049 592 ntAPPRIS ALT2 TSL 510.86□□□□□ -0.679e-8■■■■■ 39.8
SF3A3Q12874 CAPNS1-202ENST00000586851 616 ntTSL 38□□□□□ -1.139e-8■■■■■ 39.8
SF3A3Q12874 CAPNS1-210ENST00000590211 403 ntTSL 54.5□□□□□ -1.699e-8■■■■■ 39.8
SF3A3Q12874 TBL3-205ENST00000568546 6803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.524e-6■■■■■ 39.7
SF3A3Q12874 TBL3-206ENST00000569628 2594 ntTSL 217.64■□□□□ 0.414e-6■■■■■ 39.7
SF3A3Q12874 TBL3-208ENST00000615855 2472 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.034e-6■■■■■ 39.7
SF3A3Q12874 SUPT7L-203ENST00000405491 2280 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.042e-6■■■■■ 39.7
SF3A3Q12874 SUPT7L-204ENST00000406540 2869 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.72□□□□□ -0.372e-6■■■■■ 39.7
SF3A3Q12874 SUPT7L-201ENST00000337768 4488 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC9.85□□□□□ -0.832e-6■■■■■ 39.7
SF3A3Q12874 SUPT7L-202ENST00000404798 4114 ntTSL 2 BASIC8.11□□□□□ -1.112e-6■■■■■ 39.7
SF3A3Q12874 SUPT7L-205ENST00000464789 2664 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC8.09□□□□□ -1.112e-6■■■■■ 39.7
SF3A3Q12874 CHTF18-204ENST00000440239 1801 ntTSL 1 (best)21.57■■□□□ 1.041e-11■■■■■ 39.7
SF3A3Q12874 CHTF18-216ENST00000565787 607 ntTSL 520.95■□□□□ 0.941e-11■■■■■ 39.7
SF3A3Q12874 CHTF18-218ENST00000569270 711 ntTSL 516.61■□□□□ 0.251e-11■■■■■ 39.7
SF3A3Q12874 ERCC2-201ENST00000391941 2871 ntTSL 1 (best)20.02■□□□□ 0.86e-8■■■■■ 39.6
SF3A3Q12874 ERCC2-203ENST00000391944 2334 ntTSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.746e-8■■■■■ 39.6
SF3A3Q12874 ERCC2-205ENST00000485403 1538 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.446e-8■■■■■ 39.6
SF3A3Q12874 ERCC2-204ENST00000391945 4153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.79□□□□□ -0.26e-8■■■■■ 39.6
SF3A3Q12874 MICAL1-201ENST00000358577 3142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.319e-12■■■■■ 39.6
SF3A3Q12874 MICAL1-202ENST00000358807 3645 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.029e-12■■■■■ 39.6
SF3A3Q12874 MICAL1-208ENST00000630715 3678 ntTSL 2 BASIC14.43□□□□□ -0.19e-12■■■■■ 39.6
SF3A3Q12874 MICAL1-205ENST00000456101 4112 ntTSL 213.22□□□□□ -0.299e-12■■■■■ 39.6
SF3A3Q12874 MICAL1-207ENST00000483856 568 ntTSL 37.89□□□□□ -1.159e-12■■■■■ 39.6
SF3A3Q12874 MCF2L-219ENST00000453297 1819 ntTSL 524.67■■□□□ 1.545e-9■■■■■ 39.6
SF3A3Q12874 MCF2L-201ENST00000261963 2419 ntTSL 1 (best)24.06■■□□□ 1.445e-9■■■■■ 39.6
SF3A3Q12874 MCF2L-211ENST00000413354 952 ntTSL 513.81□□□□□ -0.25e-9■■■■■ 39.6
SF3A3Q12874 TMEM94-232ENST00000585105 5632 ntTSL 215.37■□□□□ 0.051e-6■■■■■ 39.6
SF3A3Q12874 TMEM94-201ENST00000314256 5213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.191e-6■■■■■ 39.6
SF3A3Q12874 TMEM94-217ENST00000581085 5432 ntTSL 213.84□□□□□ -0.191e-6■■■■■ 39.6
SF3A3Q12874 TMEM94-209ENST00000579208 3543 ntTSL 5 BASIC12.73□□□□□ -0.371e-6■■■■■ 39.6
SF3A3Q12874 TMEM94-202ENST00000375248 4703 ntTSL 2 BASIC11.45□□□□□ -0.581e-6■■■■■ 39.6
SF3A3Q12874 GIGYF1-203ENST00000471340 478 ntTSL 514.42□□□□□ -0.12e-6■■■■■ 39.6
SF3A3Q12874 KIAA0319L-201ENST00000325722 4789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.311e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 KIAA0319L-203ENST00000426982 3213 ntTSL 513.13□□□□□ -0.311e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 KIAA0319L-202ENST00000373266 2377 ntTSL 5 BASIC12.34□□□□□ -0.431e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.035e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.965e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.845e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.75e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.595e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ST7L-219ENST00000480988 1857 ntTSL 224.94■■□□□ 1.585e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.555e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 MAPKAPK3-202ENST00000430409 1160 ntTSL 524.47■■□□□ 1.515e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.515e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.55e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 STIP1-208ENST00000540501 880 ntTSL 324.2■■□□□ 1.465e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 VPS16-201ENST00000380443 1825 ntTSL 1 (best)23.63■■□□□ 1.374e-11■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 TRAF7-206ENST00000569686 586 ntTSL 223.51■■□□□ 1.355e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 EML3-207ENST00000460939 1770 ntTSL 523.3■■□□□ 1.325e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.265e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.245e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 HGH1-205ENST00000533266 2106 ntTSL 222.71■■□□□ 1.235e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 AURKAIP1-205ENST00000489799 695 ntTSL 1 (best)22.42■■□□□ 1.185e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.175e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.165e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 STX4-204ENST00000460668 842 ntTSL 321.88■■□□□ 1.095e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 STX4-212ENST00000496977 983 ntTSL 521.88■■□□□ 1.095e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 HGH1-201ENST00000347708 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.075e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.065e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 CBFB-205ENST00000564034 509 ntTSL 221.62■■□□□ 1.055e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 RPUSD1-202ENST00000561734 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.055e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 STX4-211ENST00000493902 1588 ntTSL 521.61■■□□□ 1.055e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 CRTC1-203ENST00000594658 2384 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.044e-11■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.045e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 PPP5C-212ENST00000527193 548 ntTSL 321.41■■□□□ 1.025e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 PTPRF-207ENST00000436724 2168 ntTSL 1 (best)21.38■■□□□ 1.015e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 PPTC7-201ENST00000354300 4996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 15e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 HOOK2-204ENST00000586284 851 ntTSL 321.22■□□□□ 0.995e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 AGAP5-203ENST00000581191 2779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.985e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 SULT1A1-205ENST00000562058 1876 ntTSL 1 (best)21.19■□□□□ 0.985e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 RPUSD1-209ENST00000567283 835 ntTSL 321.13■□□□□ 0.975e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 SCART1-204ENST00000482993 4904 ntTSL 221.11■□□□□ 0.975e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 GUSB-204ENST00000446111 933 ntTSL 1 (best)21.1■□□□□ 0.975e-6■■■■■ 39.5
SF3A3Q12874 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.965e-6■■■■■ 39.5
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