RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000540501.1

STIP1-208, Transcript of stress induced phosphoprotein 1, human

TSL 3

Gene STIP1, Length 880 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
STIP1-208	ENST00000540501	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		60.59	■■■■■ 7.29
STIP1-208	ENST00000540501	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		53.54	■■■■■ 6.16
STIP1-208	ENST00000540501	ABCC9	O60706	1549 aa		51.38	■■■■■ 5.82
STIP1-208	ENST00000540501	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	50.65	■■■■■ 5.7
STIP1-208	ENST00000540501	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		50.27	■■■■■ 5.64
STIP1-208	ENST00000540501	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		50.23	■■■■■ 5.63
STIP1-208	ENST00000540501	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		50.17	■■■■■ 5.62
STIP1-208	ENST00000540501	NACAD	O15069	1562 aa		50.14	■■■■■ 5.62
STIP1-208	ENST00000540501	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		49.96	■■■■■ 5.59
STIP1-208	ENST00000540501	SCRIB	Q14160	1630 aa		48.79	■■■■■ 5.4
STIP1-208	ENST00000540501	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		48.75	■■■■■ 5.39
STIP1-208	ENST00000540501	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		48.29	■■■■■ 5.32
STIP1-208	ENST00000540501	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		48.27	■■■■■ 5.32
STIP1-208	ENST00000540501	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	48.13	■■■■■ 5.3
STIP1-208	ENST00000540501	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		47.7	■■■■■ 5.23
STIP1-208	ENST00000540501	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		47	■■■■■ 5.11
STIP1-208	ENST00000540501	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	46.98	■■■■■ 5.11
STIP1-208	ENST00000540501	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	46.95	■■■■■ 5.11
STIP1-208	ENST00000540501	SMARCA4	P51532	1647 aa		46.82	■■■■■ 5.09
STIP1-208	ENST00000540501	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		46.64	■■■■■ 5.06
STIP1-208	ENST00000540501	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		46.56	■■■■■ 5.04
STIP1-208	ENST00000540501	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	46.46	■■■■■ 5.03
STIP1-208	ENST00000540501	SMARCA2	P51531	1590 aa		46.4	■■■■■ 5.02
STIP1-208	ENST00000540501	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		46.39	■■■■■ 5.02
STIP1-208	ENST00000540501	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		46.33	■■■■■ 5.01
STIP1-208	ENST00000540501	NCAPD3	P42695	1498 aa		46.22	■■■■■ 4.99
STIP1-208	ENST00000540501	WIZ	O95785	1651 aa		46.2	■■■■■ 4.99
STIP1-208	ENST00000540501	HMGXB3	Q12766	1538 aa		46.08	■■■■■ 4.97
STIP1-208	ENST00000540501	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	46.03	■■■■■ 4.96
STIP1-208	ENST00000540501	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	45.96	■■■■■ 4.95
STIP1-208	ENST00000540501	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	45.82	■■■■■ 4.93
STIP1-208	ENST00000540501	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		45.24	■■■■■ 4.83
STIP1-208	ENST00000540501	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		44.92	■■■■■ 4.78
STIP1-208	ENST00000540501	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		44.88	■■■■■ 4.78
STIP1-208	ENST00000540501	CFTR	P13569	1480 aa		44.82	■■■■■ 4.77
STIP1-208	ENST00000540501	NES	P48681	1621 aa		44.68	■■■■■ 4.74
STIP1-208	ENST00000540501	PRDM2	Q13029	1718 aa		44.63	■■■■■ 4.73
STIP1-208	ENST00000540501	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		44.57	■■■■■ 4.72
STIP1-208	ENST00000540501	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		44.37	■■■■■ 4.69
STIP1-208	ENST00000540501	ERCC6	Q03468	1493 aa		44.3	■■■■■ 4.68
STIP1-208	ENST00000540501	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		44.26	■■■■■ 4.68
STIP1-208	ENST00000540501	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		44.26	■■■■■ 4.68
STIP1-208	ENST00000540501	DNAJC5	Q9H3Z4	198 aa		44.15	■■■■■ 4.66
STIP1-208	ENST00000540501	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		43.99	■■■■■ 4.63
STIP1-208	ENST00000540501	ABCC8	Q09428	1581 aa		43.95	■■■■■ 4.63
STIP1-208	ENST00000540501	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	43.88	■■■■■ 4.62
STIP1-208	ENST00000540501	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	43.84	■■■■■ 4.61	6e-7	■■■■■ 33.4
STIP1-208	ENST00000540501	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		43.81	■■■■■ 4.6
STIP1-208	ENST00000540501	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	43.81	■■■■■ 4.6
STIP1-208	ENST00000540501	WDR62	O43379	1518 aa		43.8	■■■■■ 4.6
STIP1-208	ENST00000540501	TOPBP1	Q92547	1522 aa		43.75	■■■■■ 4.59
STIP1-208	ENST00000540501	CUX1	P39880	1505 aa		43.71	■■■■■ 4.59
STIP1-208	ENST00000540501	TOP2B	Q02880	1626 aa		43.65	■■■■■ 4.58
STIP1-208	ENST00000540501	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		43.64	■■■■■ 4.58
STIP1-208	ENST00000540501	CUX2	O14529	1486 aa		43.64	■■■■■ 4.58
STIP1-208	ENST00000540501	SYNJ1	O43426	1573 aa		43.59	■■■■■ 4.57
STIP1-208	ENST00000540501	TRIM41	Q8WV44	630 aa		43.46	■■■■■ 4.55
STIP1-208	ENST00000540501	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		43.45	■■■■■ 4.55
STIP1-208	ENST00000540501	CHIC1	Q5VXU3	224 aa		43.45	■■■■■ 4.55
STIP1-208	ENST00000540501	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	43.43	■■■■■ 4.54
STIP1-208	ENST00000540501	IFT140	Q96RY7	1462 aa		43.32	■■■■■ 4.52
STIP1-208	ENST00000540501	SOGA1	O94964	1423 aa		43.31	■■■■■ 4.52
STIP1-208	ENST00000540501	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	43.19	■■■■■ 4.5
STIP1-208	ENST00000540501	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		43.18	■■■■■ 4.5
STIP1-208	ENST00000540501	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		43.13	■■■■■ 4.5
STIP1-208	ENST00000540501	WDR97	A6NE52	1622 aa		43.06	■■■■■ 4.48
STIP1-208	ENST00000540501	KIF27	Q86VH2	1401 aa		42.9	■■■■■ 4.46
STIP1-208	ENST00000540501	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	42.9	■■■■■ 4.46
STIP1-208	ENST00000540501	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	42.89	■■■■■ 4.46
STIP1-208	ENST00000540501	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		42.84	■■■■■ 4.45
STIP1-208	ENST00000540501	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	42.83	■■■■■ 4.45
STIP1-208	ENST00000540501	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		42.83	■■■■■ 4.45
STIP1-208	ENST00000540501	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	42.81	■■■■■ 4.44	6e-7	■■■■□ 22.8
STIP1-208	ENST00000540501	EEA1	Q15075	1411 aa		42.76	■■■■■ 4.44
STIP1-208	ENST00000540501	GRIN2B	Q13224	1484 aa		42.72	■■■■■ 4.43
STIP1-208	ENST00000540501	PBRM1	Q86U86	1689 aa		42.66	■■■■■ 4.42
STIP1-208	ENST00000540501	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		42.66	■■■■■ 4.42
STIP1-208	ENST00000540501	RUSC2	Q8N2Y8	1516 aa		42.61	■■■■■ 4.41
STIP1-208	ENST00000540501	IGF1R	P08069	1367 aa		42.55	■■■■■ 4.4
STIP1-208	ENST00000540501	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	42.53	■■■■■ 4.4
STIP1-208	ENST00000540501	CSRNP3	Q8WYN3	585 aa		42.48	■■■■■ 4.39
STIP1-208	ENST00000540501	CUL7	Q14999	1698 aa		42.47	■■■■■ 4.39
STIP1-208	ENST00000540501	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		42.46	■■■■■ 4.39
STIP1-208	ENST00000540501	FAM9A	Q8IZU1	332 aa	Predicted RBP	42.41	■■■■■ 4.38
STIP1-208	ENST00000540501	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		42.39	■■■■■ 4.38
STIP1-208	ENST00000540501	ADAMTS12	P58397	1594 aa		42.36	■■■■■ 4.37
STIP1-208	ENST00000540501	CARMIL1	Q5VZK9	1371 aa		42.36	■■■■■ 4.37
STIP1-208	ENST00000540501	SYNJ2	O15056	1496 aa		42.32	■■■■■ 4.37
STIP1-208	ENST00000540501	PRX	Q9BXM0	1461 aa		42.25	■■■■■ 4.35
STIP1-208	ENST00000540501	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	42.25	■■■■■ 4.35
STIP1-208	ENST00000540501	RAPGEF2	Q9Y4G8	1499 aa		42.21	■■■■■ 4.35
STIP1-208	ENST00000540501	FBLN2	P98095	1184 aa		42.17	■■■■■ 4.34
STIP1-208	ENST00000540501	KIF21B	O75037	1637 aa		42.15	■■■■■ 4.34
STIP1-208	ENST00000540501	GRIN2A	Q12879	1464 aa		42.13	■■■■■ 4.34
STIP1-208	ENST00000540501	CHD1	O14646	1710 aa		42.13	■■■■■ 4.33
STIP1-208	ENST00000540501	GOLGA3	Q08378	1498 aa		41.98	■■■■■ 4.31
STIP1-208	ENST00000540501	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		41.92	■■■■■ 4.3
STIP1-208	ENST00000540501	NUP160	Q12769	1436 aa		41.92	■■■■■ 4.3
STIP1-208	ENST00000540501	CEP170	Q5SW79	1584 aa		41.83	■■■■■ 4.29
STIP1-208	ENST00000540501	UBTF	P17480	764 aa	Known RBP	41.79	■■■■■ 4.28

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 48.2 ms