Protein–RNA interactions for Protein: Q9HD42

CHMP1A, Charged multivesicular body protein 1a, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 196 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP1AQ9HD42 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CHMP1AQ9HD42 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CHMP1AQ9HD42 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
CHMP1AQ9HD42 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CHMP1AQ9HD42 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CHMP1AQ9HD42 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CHMP1AQ9HD42 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CHMP1AQ9HD42 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CHMP1AQ9HD42 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP1AQ9HD42 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CHMP1AQ9HD42 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CHMP1AQ9HD42 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHMP1AQ9HD42 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CHMP1AQ9HD42 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CHMP1AQ9HD42 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
CHMP1AQ9HD42 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CHMP1AQ9HD42 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CHMP1AQ9HD42 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHMP1AQ9HD42 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHMP1AQ9HD42 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CHMP1AQ9HD42 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CHMP1AQ9HD42 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHMP1AQ9HD42 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CHMP1AQ9HD42 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CHMP1AQ9HD42 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CHMP1AQ9HD42 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CHMP1AQ9HD42 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CHMP1AQ9HD42 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CHMP1AQ9HD42 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CHMP1AQ9HD42 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CHMP1AQ9HD42 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CHMP1AQ9HD42 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CHMP1AQ9HD42 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP1AQ9HD42 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP1AQ9HD42 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CHMP1AQ9HD42 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CHMP1AQ9HD42 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHMP1AQ9HD42 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CHMP1AQ9HD42 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CHMP1AQ9HD42 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CHMP1AQ9HD42 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CHMP1AQ9HD42 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CHMP1AQ9HD42 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CHMP1AQ9HD42 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CHMP1AQ9HD42 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CHMP1AQ9HD42 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
CHMP1AQ9HD42 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
CHMP1AQ9HD42 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP1AQ9HD42 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
CHMP1AQ9HD42 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP1AQ9HD42 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CHMP1AQ9HD42 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP1AQ9HD42 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CHMP1AQ9HD42 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP1AQ9HD42 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CHMP1AQ9HD42 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHMP1AQ9HD42 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHMP1AQ9HD42 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHMP1AQ9HD42 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CHMP1AQ9HD42 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHMP1AQ9HD42 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CHMP1AQ9HD42 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHMP1AQ9HD42 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHMP1AQ9HD42 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CHMP1AQ9HD42 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CHMP1AQ9HD42 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CHMP1AQ9HD42 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CHMP1AQ9HD42 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CHMP1AQ9HD42 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CHMP1AQ9HD42 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CHMP1AQ9HD42 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CHMP1AQ9HD42 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CHMP1AQ9HD42 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CHMP1AQ9HD42 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CHMP1AQ9HD42 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CHMP1AQ9HD42 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CHMP1AQ9HD42 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CHMP1AQ9HD42 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CHMP1AQ9HD42 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CHMP1AQ9HD42 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CHMP1AQ9HD42 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CHMP1AQ9HD42 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CHMP1AQ9HD42 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CHMP1AQ9HD42 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CHMP1AQ9HD42 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
CHMP1AQ9HD42 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CHMP1AQ9HD42 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CHMP1AQ9HD42 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
CHMP1AQ9HD42 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
CHMP1AQ9HD42 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
CHMP1AQ9HD42 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CHMP1AQ9HD42 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CHMP1AQ9HD42 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP1AQ9HD42 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CHMP1AQ9HD42 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CHMP1AQ9HD42 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHMP1AQ9HD42 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHMP1AQ9HD42 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CHMP1AQ9HD42 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CHMP1AQ9HD42 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.4 ms