Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0D2

ZNF541, Zinc finger protein 541, humanhuman

Predictions only

Length 1,346 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF541Q9H0D2 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC34.64■■■■□ 3.14
ZNF541Q9H0D2 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC34.64■■■■□ 3.14
ZNF541Q9H0D2 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.61■■■■□ 3.13
ZNF541Q9H0D2 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC34.6■■■■□ 3.13
ZNF541Q9H0D2 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.59■■■■□ 3.13
ZNF541Q9H0D2 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC34.59■■■■□ 3.13
ZNF541Q9H0D2 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC34.58■■■■□ 3.13
ZNF541Q9H0D2 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC34.58■■■■□ 3.13
ZNF541Q9H0D2 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.55■■■■□ 3.12
ZNF541Q9H0D2 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.53■■■■□ 3.12
ZNF541Q9H0D2 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC34.52■■■■□ 3.12
ZNF541Q9H0D2 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC34.5■■■■□ 3.11
ZNF541Q9H0D2 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC34.5■■■■□ 3.11
ZNF541Q9H0D2 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC34.5■■■■□ 3.11
ZNF541Q9H0D2 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.48■■■■□ 3.11
ZNF541Q9H0D2 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC34.46■■■■□ 3.11
ZNF541Q9H0D2 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC34.46■■■■□ 3.11
ZNF541Q9H0D2 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.45■■■■□ 3.1
ZNF541Q9H0D2 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC34.44■■■■□ 3.1
ZNF541Q9H0D2 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC34.44■■■■□ 3.1
ZNF541Q9H0D2 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC34.44■■■■□ 3.1
ZNF541Q9H0D2 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.42■■■■□ 3.1
ZNF541Q9H0D2 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.42■■■■□ 3.1
ZNF541Q9H0D2 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC34.4■■■■□ 3.1
ZNF541Q9H0D2 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.38■■■■□ 3.09
ZNF541Q9H0D2 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC34.37■■■■□ 3.09
ZNF541Q9H0D2 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC34.36■■■■□ 3.09
ZNF541Q9H0D2 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC34.36■■■■□ 3.09
ZNF541Q9H0D2 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC34.35■■■■□ 3.09
ZNF541Q9H0D2 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC34.35■■■■□ 3.09
ZNF541Q9H0D2 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC34.33■■■■□ 3.09
ZNF541Q9H0D2 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.33■■■■□ 3.09
ZNF541Q9H0D2 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC34.31■■■■□ 3.08
ZNF541Q9H0D2 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.3■■■■□ 3.08
ZNF541Q9H0D2 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC34.28■■■■□ 3.08
ZNF541Q9H0D2 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC34.26■■■■□ 3.08
ZNF541Q9H0D2 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC34.25■■■■□ 3.07
ZNF541Q9H0D2 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.25■■■■□ 3.07
ZNF541Q9H0D2 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC34.24■■■■□ 3.07
ZNF541Q9H0D2 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC34.22■■■■□ 3.07
ZNF541Q9H0D2 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.2■■■■□ 3.07
ZNF541Q9H0D2 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.2■■■■□ 3.06
ZNF541Q9H0D2 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC34.19■■■■□ 3.06
ZNF541Q9H0D2 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC34.15■■■■□ 3.06
ZNF541Q9H0D2 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC34.15■■■■□ 3.06
ZNF541Q9H0D2 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.15■■■■□ 3.06
ZNF541Q9H0D2 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC34.15■■■■□ 3.06
ZNF541Q9H0D2 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC34.14■■■■□ 3.06
ZNF541Q9H0D2 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC34.14■■■■□ 3.06
ZNF541Q9H0D2 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC34.14■■■■□ 3.06
ZNF541Q9H0D2 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.13■■■■□ 3.05
ZNF541Q9H0D2 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC34.13■■■■□ 3.05
ZNF541Q9H0D2 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.11■■■■□ 3.05
ZNF541Q9H0D2 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC34.1■■■■□ 3.05
ZNF541Q9H0D2 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC34.09■■■■□ 3.05
ZNF541Q9H0D2 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.08■■■■□ 3.05
ZNF541Q9H0D2 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC34.07■■■■□ 3.05
ZNF541Q9H0D2 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.04■■■■□ 3.04
ZNF541Q9H0D2 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC34.04■■■■□ 3.04
ZNF541Q9H0D2 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC34.03■■■■□ 3.04
ZNF541Q9H0D2 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.01■■■■□ 3.03
ZNF541Q9H0D2 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC34.01■■■■□ 3.03
ZNF541Q9H0D2 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC33.98■■■■□ 3.03
ZNF541Q9H0D2 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC33.98■■■■□ 3.03
ZNF541Q9H0D2 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC33.98■■■■□ 3.03
ZNF541Q9H0D2 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC33.98■■■■□ 3.03
ZNF541Q9H0D2 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC33.97■■■■□ 3.03
ZNF541Q9H0D2 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC33.97■■■■□ 3.03
ZNF541Q9H0D2 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.96■■■■□ 3.03
ZNF541Q9H0D2 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC33.95■■■■□ 3.03
ZNF541Q9H0D2 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC33.94■■■■□ 3.02
ZNF541Q9H0D2 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC33.94■■■■□ 3.02
ZNF541Q9H0D2 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.93■■■■□ 3.02
ZNF541Q9H0D2 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC33.87■■■■□ 3.01
ZNF541Q9H0D2 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC33.86■■■■□ 3.01
ZNF541Q9H0D2 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
ZNF541Q9H0D2 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC33.85■■■■□ 3.01
ZNF541Q9H0D2 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
ZNF541Q9H0D2 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.84■■■■□ 3.01
ZNF541Q9H0D2 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.83■■■■□ 3.01
ZNF541Q9H0D2 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC33.83■■■■□ 3.01
ZNF541Q9H0D2 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.82■■■■□ 3
ZNF541Q9H0D2 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC33.81■■■■□ 3
ZNF541Q9H0D2 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC33.8■■■■□ 3
ZNF541Q9H0D2 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC33.79■■■■□ 3
ZNF541Q9H0D2 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC33.79■■■■□ 3
ZNF541Q9H0D2 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.79■■■■□ 3
ZNF541Q9H0D2 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC33.79■■■■□ 3
ZNF541Q9H0D2 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC33.78■■■■□ 3
ZNF541Q9H0D2 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.78■■■■□ 3
ZNF541Q9H0D2 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC33.78■■■■□ 3
ZNF541Q9H0D2 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC33.77■■■■□ 3
ZNF541Q9H0D2 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC33.77■■■■□ 3
ZNF541Q9H0D2 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.76■■■□□ 2.99
ZNF541Q9H0D2 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.74■■■□□ 2.99
ZNF541Q9H0D2 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC33.73■■■□□ 2.99
ZNF541Q9H0D2 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.71■■■□□ 2.99
ZNF541Q9H0D2 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.68■■■□□ 2.98
ZNF541Q9H0D2 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC33.67■■■□□ 2.98
ZNF541Q9H0D2 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC33.67■■■□□ 2.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.1 ms