Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY12

SCAPER, S phase cyclin A-associated protein in the endoplasmic reticulum, humanhuman

Predictions only

Length 1,400 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCAPERQ9BY12 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.43■■■■■ 4.54
SCAPERQ9BY12 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC43.41■■■■■ 4.54
SCAPERQ9BY12 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC43.39■■■■■ 4.54
SCAPERQ9BY12 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC43.39■■■■■ 4.54
SCAPERQ9BY12 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.38■■■■■ 4.53
SCAPERQ9BY12 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC43.34■■■■■ 4.53
SCAPERQ9BY12 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC43.34■■■■■ 4.53
SCAPERQ9BY12 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.32■■■■■ 4.53
SCAPERQ9BY12 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.29■■■■■ 4.52
SCAPERQ9BY12 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC43.28■■■■■ 4.52
SCAPERQ9BY12 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.28■■■■■ 4.52
SCAPERQ9BY12 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC43.24■■■■■ 4.51
SCAPERQ9BY12 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC43.23■■■■■ 4.51
SCAPERQ9BY12 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC43.21■■■■■ 4.51
SCAPERQ9BY12 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC43.21■■■■■ 4.51
SCAPERQ9BY12 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC43.2■■■■■ 4.51
SCAPERQ9BY12 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC43.19■■■■■ 4.5
SCAPERQ9BY12 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC43.19■■■■■ 4.5
SCAPERQ9BY12 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.19■■■■■ 4.5
SCAPERQ9BY12 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC43.17■■■■■ 4.5
SCAPERQ9BY12 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC43.17■■■■■ 4.5
SCAPERQ9BY12 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC43.14■■■■■ 4.5
SCAPERQ9BY12 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC43.11■■■■■ 4.49
SCAPERQ9BY12 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC43.1■■■■■ 4.49
SCAPERQ9BY12 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.09■■■■■ 4.49
SCAPERQ9BY12 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC43.08■■■■■ 4.49
SCAPERQ9BY12 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC43.08■■■■■ 4.49
SCAPERQ9BY12 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC43.06■■■■■ 4.48
SCAPERQ9BY12 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC43.03■■■■■ 4.48
SCAPERQ9BY12 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC43.03■■■■■ 4.48
SCAPERQ9BY12 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC43.01■■■■■ 4.48
SCAPERQ9BY12 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC43.01■■■■■ 4.48
SCAPERQ9BY12 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC43.01■■■■■ 4.48
SCAPERQ9BY12 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.99■■■■■ 4.47
SCAPERQ9BY12 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC42.98■■■■■ 4.47
SCAPERQ9BY12 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC42.94■■■■■ 4.46
SCAPERQ9BY12 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.94■■■■■ 4.46
SCAPERQ9BY12 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC42.88■■■■■ 4.45
SCAPERQ9BY12 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC42.87■■■■■ 4.45
SCAPERQ9BY12 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC42.86■■■■■ 4.45
SCAPERQ9BY12 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.86■■■■■ 4.45
SCAPERQ9BY12 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC42.86■■■■■ 4.45
SCAPERQ9BY12 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC42.85■■■■■ 4.45
SCAPERQ9BY12 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.84■■■■■ 4.45
SCAPERQ9BY12 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC42.83■■■■■ 4.45
SCAPERQ9BY12 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC42.83■■■■■ 4.45
SCAPERQ9BY12 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC42.82■■■■■ 4.45
SCAPERQ9BY12 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.82■■■■■ 4.45
SCAPERQ9BY12 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC42.81■■■■■ 4.44
SCAPERQ9BY12 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC42.8■■■■■ 4.44
SCAPERQ9BY12 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC42.8■■■■■ 4.44
SCAPERQ9BY12 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC42.8■■■■■ 4.44
SCAPERQ9BY12 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC42.74■■■■■ 4.43
SCAPERQ9BY12 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC42.73■■■■■ 4.43
SCAPERQ9BY12 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC42.72■■■■■ 4.43
SCAPERQ9BY12 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC42.72■■■■■ 4.43
SCAPERQ9BY12 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC42.71■■■■■ 4.43
SCAPERQ9BY12 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC42.71■■■■■ 4.43
SCAPERQ9BY12 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC42.69■■■■■ 4.42
SCAPERQ9BY12 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC42.67■■■■■ 4.42
SCAPERQ9BY12 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC42.64■■■■■ 4.42
SCAPERQ9BY12 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.6■■■■■ 4.41
SCAPERQ9BY12 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC42.59■■■■■ 4.41
SCAPERQ9BY12 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.58■■■■■ 4.41
SCAPERQ9BY12 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC42.58■■■■■ 4.41
SCAPERQ9BY12 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC42.55■■■■■ 4.4
SCAPERQ9BY12 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC42.53■■■■■ 4.4
SCAPERQ9BY12 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.52■■■■■ 4.4
SCAPERQ9BY12 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC42.52■■■■■ 4.4
SCAPERQ9BY12 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC42.51■■■■■ 4.4
SCAPERQ9BY12 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.5■■■■■ 4.39
SCAPERQ9BY12 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC42.5■■■■■ 4.39
SCAPERQ9BY12 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC42.5■■■■■ 4.39
SCAPERQ9BY12 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC42.5■■■■■ 4.39
SCAPERQ9BY12 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC42.47■■■■■ 4.39
SCAPERQ9BY12 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC42.47■■■■■ 4.39
SCAPERQ9BY12 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC42.46■■■■■ 4.39
SCAPERQ9BY12 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC42.46■■■■■ 4.39
SCAPERQ9BY12 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC42.45■■■■■ 4.39
SCAPERQ9BY12 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC42.44■■■■■ 4.39
SCAPERQ9BY12 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC42.42■■■■■ 4.38
SCAPERQ9BY12 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC42.42■■■■■ 4.38
SCAPERQ9BY12 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC42.39■■■■■ 4.38
SCAPERQ9BY12 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC42.38■■■■■ 4.38
SCAPERQ9BY12 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC42.38■■■■■ 4.38
SCAPERQ9BY12 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.38■■■■■ 4.37
SCAPERQ9BY12 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC42.37■■■■■ 4.37
SCAPERQ9BY12 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.37■■■■■ 4.37
SCAPERQ9BY12 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.37■■■■■ 4.37
SCAPERQ9BY12 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC42.34■■■■■ 4.37
SCAPERQ9BY12 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.33■■■■■ 4.37
SCAPERQ9BY12 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC42.3■■■■■ 4.36
SCAPERQ9BY12 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC42.29■■■■■ 4.36
SCAPERQ9BY12 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.29■■■■■ 4.36
SCAPERQ9BY12 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC42.28■■■■■ 4.36
SCAPERQ9BY12 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC42.27■■■■■ 4.36
SCAPERQ9BY12 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.27■■■■■ 4.36
SCAPERQ9BY12 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC42.27■■■■■ 4.36
SCAPERQ9BY12 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.24■■■■■ 4.35
SCAPERQ9BY12 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.22■■■■■ 4.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.3 ms