Protein–RNA interactions for Protein: Q13286

CLN3, Battenin, humanhuman

Predictions only

Length 438 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3Q13286 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
CLN3Q13286 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
CLN3Q13286 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
CLN3Q13286 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC26.62■■□□□ 1.85
CLN3Q13286 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
CLN3Q13286 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
CLN3Q13286 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC26.6■■□□□ 1.85
CLN3Q13286 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
CLN3Q13286 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC26.58■■□□□ 1.85
CLN3Q13286 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
CLN3Q13286 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
CLN3Q13286 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
CLN3Q13286 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
CLN3Q13286 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
CLN3Q13286 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
CLN3Q13286 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC26.49■■□□□ 1.83
CLN3Q13286 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
CLN3Q13286 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
CLN3Q13286 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
CLN3Q13286 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC26.47■■□□□ 1.83
CLN3Q13286 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.45■■□□□ 1.82
CLN3Q13286 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.82
CLN3Q13286 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.82
CLN3Q13286 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC26.45■■□□□ 1.82
CLN3Q13286 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
CLN3Q13286 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC26.43■■□□□ 1.82
CLN3Q13286 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC26.43■■□□□ 1.82
CLN3Q13286 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC26.43■■□□□ 1.82
CLN3Q13286 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
CLN3Q13286 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
CLN3Q13286 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
CLN3Q13286 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
CLN3Q13286 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
CLN3Q13286 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC26.36■■□□□ 1.81
CLN3Q13286 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC26.36■■□□□ 1.81
CLN3Q13286 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
CLN3Q13286 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
CLN3Q13286 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
CLN3Q13286 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC26.33■■□□□ 1.81
CLN3Q13286 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CLN3Q13286 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC26.32■■□□□ 1.8
CLN3Q13286 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC26.31■■□□□ 1.8
CLN3Q13286 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
CLN3Q13286 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
CLN3Q13286 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC26.3■■□□□ 1.8
CLN3Q13286 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC26.27■■□□□ 1.8
CLN3Q13286 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
CLN3Q13286 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
CLN3Q13286 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC26.24■■□□□ 1.79
CLN3Q13286 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC26.24■■□□□ 1.79
CLN3Q13286 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CLN3Q13286 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CLN3Q13286 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
CLN3Q13286 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
CLN3Q13286 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
CLN3Q13286 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC26.19■■□□□ 1.78
CLN3Q13286 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
CLN3Q13286 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
CLN3Q13286 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.17■■□□□ 1.78
CLN3Q13286 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
CLN3Q13286 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC26.14■■□□□ 1.78
CLN3Q13286 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CLN3Q13286 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CLN3Q13286 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CLN3Q13286 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CLN3Q13286 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CLN3Q13286 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
CLN3Q13286 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CLN3Q13286 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
CLN3Q13286 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
CLN3Q13286 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
CLN3Q13286 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
CLN3Q13286 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
CLN3Q13286 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
CLN3Q13286 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
CLN3Q13286 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
CLN3Q13286 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CLN3Q13286 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
CLN3Q13286 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CLN3Q13286 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CLN3Q13286 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
CLN3Q13286 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
CLN3Q13286 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
CLN3Q13286 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC26.02■■□□□ 1.76
CLN3Q13286 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
CLN3Q13286 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
CLN3Q13286 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC26.01■■□□□ 1.75
CLN3Q13286 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
CLN3Q13286 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
CLN3Q13286 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
CLN3Q13286 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
CLN3Q13286 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
CLN3Q13286 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
CLN3Q13286 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
CLN3Q13286 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
CLN3Q13286 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
CLN3Q13286 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC25.94■■□□□ 1.74
CLN3Q13286 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC25.94■■□□□ 1.74
CLN3Q13286 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
CLN3Q13286 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12 ms