Protein–RNA interactions for Protein: P43489

TNFRSF4, Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4, humanhuman

Predictions only

Length 277 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TNFRSF4P43489 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
TNFRSF4P43489 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
TNFRSF4P43489 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC28.56■■■□□ 2.16
TNFRSF4P43489 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
TNFRSF4P43489 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
TNFRSF4P43489 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC28.53■■■□□ 2.16
TNFRSF4P43489 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
TNFRSF4P43489 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC28.51■■■□□ 2.15
TNFRSF4P43489 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
TNFRSF4P43489 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.15
TNFRSF4P43489 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
TNFRSF4P43489 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
TNFRSF4P43489 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.49■■■□□ 2.15
TNFRSF4P43489 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
TNFRSF4P43489 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
TNFRSF4P43489 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
TNFRSF4P43489 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
TNFRSF4P43489 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
TNFRSF4P43489 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
TNFRSF4P43489 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
TNFRSF4P43489 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC28.42■■■□□ 2.14
TNFRSF4P43489 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC28.41■■■□□ 2.14
TNFRSF4P43489 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
TNFRSF4P43489 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
TNFRSF4P43489 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
TNFRSF4P43489 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
TNFRSF4P43489 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC28.37■■■□□ 2.13
TNFRSF4P43489 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
TNFRSF4P43489 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
TNFRSF4P43489 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
TNFRSF4P43489 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC28.32■■■□□ 2.12
TNFRSF4P43489 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
TNFRSF4P43489 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
TNFRSF4P43489 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
TNFRSF4P43489 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
TNFRSF4P43489 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
TNFRSF4P43489 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
TNFRSF4P43489 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
TNFRSF4P43489 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
TNFRSF4P43489 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
TNFRSF4P43489 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
TNFRSF4P43489 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
TNFRSF4P43489 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC28.24■■■□□ 2.11
TNFRSF4P43489 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
TNFRSF4P43489 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
TNFRSF4P43489 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
TNFRSF4P43489 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
TNFRSF4P43489 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
TNFRSF4P43489 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.11
TNFRSF4P43489 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
TNFRSF4P43489 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC28.2■■■□□ 2.1
TNFRSF4P43489 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
TNFRSF4P43489 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
TNFRSF4P43489 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC28.18■■■□□ 2.1
TNFRSF4P43489 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
TNFRSF4P43489 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
TNFRSF4P43489 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC28.16■■■□□ 2.1
TNFRSF4P43489 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
TNFRSF4P43489 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
TNFRSF4P43489 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
TNFRSF4P43489 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
TNFRSF4P43489 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
TNFRSF4P43489 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC28.1■■■□□ 2.09
TNFRSF4P43489 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
TNFRSF4P43489 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC28.07■■■□□ 2.08
TNFRSF4P43489 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
TNFRSF4P43489 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
TNFRSF4P43489 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
TNFRSF4P43489 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
TNFRSF4P43489 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
TNFRSF4P43489 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
TNFRSF4P43489 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
TNFRSF4P43489 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
TNFRSF4P43489 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
TNFRSF4P43489 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
TNFRSF4P43489 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
TNFRSF4P43489 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
TNFRSF4P43489 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
TNFRSF4P43489 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC27.98■■■□□ 2.07
TNFRSF4P43489 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
TNFRSF4P43489 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC27.97■■■□□ 2.07
TNFRSF4P43489 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
TNFRSF4P43489 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
TNFRSF4P43489 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
TNFRSF4P43489 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
TNFRSF4P43489 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC27.94■■■□□ 2.06
TNFRSF4P43489 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
TNFRSF4P43489 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC27.93■■■□□ 2.06
TNFRSF4P43489 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC27.92■■■□□ 2.06
TNFRSF4P43489 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
TNFRSF4P43489 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
TNFRSF4P43489 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC27.89■■■□□ 2.06
TNFRSF4P43489 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
TNFRSF4P43489 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
TNFRSF4P43489 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC27.86■■■□□ 2.05
TNFRSF4P43489 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
TNFRSF4P43489 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
TNFRSF4P43489 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
TNFRSF4P43489 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC27.83■■■□□ 2.05
TNFRSF4P43489 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC27.83■■■□□ 2.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.2 ms