Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC38.02■■■■□ 3.68
COL18A1P39060 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC38.02■■■■□ 3.68
COL18A1P39060 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.99■■■■□ 3.67
COL18A1P39060 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC37.98■■■■□ 3.67
COL18A1P39060 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.95■■■■□ 3.67
COL18A1P39060 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC37.95■■■■□ 3.67
COL18A1P39060 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC37.91■■■■□ 3.66
COL18A1P39060 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC37.91■■■■□ 3.66
COL18A1P39060 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.85■■■■□ 3.65
COL18A1P39060 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC37.85■■■■□ 3.65
COL18A1P39060 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.85■■■■□ 3.65
COL18A1P39060 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC37.83■■■■□ 3.65
COL18A1P39060 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC37.83■■■■□ 3.65
COL18A1P39060 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC37.81■■■■□ 3.64
COL18A1P39060 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC37.77■■■■□ 3.64
COL18A1P39060 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC37.74■■■■□ 3.63
COL18A1P39060 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.73■■■■□ 3.63
COL18A1P39060 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC37.72■■■■□ 3.63
COL18A1P39060 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.72■■■■□ 3.63
COL18A1P39060 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC37.72■■■■□ 3.63
COL18A1P39060 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC37.69■■■■□ 3.62
COL18A1P39060 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC37.68■■■■□ 3.62
COL18A1P39060 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC37.66■■■■□ 3.62
COL18A1P39060 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC37.66■■■■□ 3.62
COL18A1P39060 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC37.6■■■■□ 3.61
COL18A1P39060 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC37.6■■■■□ 3.61
COL18A1P39060 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC37.6■■■■□ 3.61
COL18A1P39060 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.59■■■■□ 3.61
COL18A1P39060 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC37.58■■■■□ 3.61
COL18A1P39060 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC37.57■■■■□ 3.61
COL18A1P39060 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC37.57■■■■□ 3.61
COL18A1P39060 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC37.57■■■■□ 3.6
COL18A1P39060 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC37.57■■■■□ 3.6
COL18A1P39060 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.57■■■■□ 3.6
COL18A1P39060 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC37.57■■■■□ 3.6
COL18A1P39060 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC37.56■■■■□ 3.6
COL18A1P39060 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC37.56■■■■□ 3.6
COL18A1P39060 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.55■■■■□ 3.6
COL18A1P39060 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.53■■■■□ 3.6
COL18A1P39060 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC37.51■■■■□ 3.6
COL18A1P39060 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.5■■■■□ 3.59
COL18A1P39060 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC37.5■■■■□ 3.59
COL18A1P39060 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC37.49■■■■□ 3.59
COL18A1P39060 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC37.48■■■■□ 3.59
COL18A1P39060 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.47■■■■□ 3.59
COL18A1P39060 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.47■■■■□ 3.59
COL18A1P39060 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC37.47■■■■□ 3.59
COL18A1P39060 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC37.47■■■■□ 3.59
COL18A1P39060 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.47■■■■□ 3.59
COL18A1P39060 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC37.43■■■■□ 3.58
COL18A1P39060 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.42■■■■□ 3.58
COL18A1P39060 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.41■■■■□ 3.58
COL18A1P39060 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.41■■■■□ 3.58
COL18A1P39060 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.4■■■■□ 3.58
COL18A1P39060 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC37.4■■■■□ 3.58
COL18A1P39060 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC37.4■■■■□ 3.58
COL18A1P39060 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC37.4■■■■□ 3.58
COL18A1P39060 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC37.4■■■■□ 3.58
COL18A1P39060 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.38■■■■□ 3.58
COL18A1P39060 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC37.37■■■■□ 3.57
COL18A1P39060 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.37■■■■□ 3.57
COL18A1P39060 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC37.37■■■■□ 3.57
COL18A1P39060 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC37.36■■■■□ 3.57
COL18A1P39060 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.36■■■■□ 3.57
COL18A1P39060 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.36■■■■□ 3.57
COL18A1P39060 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC37.35■■■■□ 3.57
COL18A1P39060 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC37.35■■■■□ 3.57
COL18A1P39060 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC37.33■■■■□ 3.57
COL18A1P39060 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.31■■■■□ 3.56
COL18A1P39060 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC37.3■■■■□ 3.56
COL18A1P39060 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.29■■■■□ 3.56
COL18A1P39060 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC37.29■■■■□ 3.56
COL18A1P39060 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC37.29■■■■□ 3.56
COL18A1P39060 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC37.27■■■■□ 3.56
COL18A1P39060 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.26■■■■□ 3.56
COL18A1P39060 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC37.26■■■■□ 3.55
COL18A1P39060 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.24■■■■□ 3.55
COL18A1P39060 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC37.24■■■■□ 3.55
COL18A1P39060 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.24■■■■□ 3.55
COL18A1P39060 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.23■■■■□ 3.55
COL18A1P39060 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC37.22■■■■□ 3.55
COL18A1P39060 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC37.19■■■■□ 3.54
COL18A1P39060 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC37.17■■■■□ 3.54
COL18A1P39060 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC37.14■■■■□ 3.54
COL18A1P39060 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.14■■■■□ 3.54
COL18A1P39060 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC37.14■■■■□ 3.54
COL18A1P39060 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC37.14■■■■□ 3.54
COL18A1P39060 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC37.13■■■■□ 3.53
COL18A1P39060 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC37.12■■■■□ 3.53
COL18A1P39060 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC37.07■■■■□ 3.52
COL18A1P39060 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.06■■■■□ 3.52
COL18A1P39060 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.06■■■■□ 3.52
COL18A1P39060 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.06■■■■□ 3.52
COL18A1P39060 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.03■■■■□ 3.52
COL18A1P39060 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC37.03■■■■□ 3.52
COL18A1P39060 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.02■■■■□ 3.52
COL18A1P39060 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.02■■■■□ 3.52
COL18A1P39060 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC37.01■■■■□ 3.52
COL18A1P39060 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC36.99■■■■□ 3.51
COL18A1P39060 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC36.99■■■■□ 3.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.2 ms