Protein–RNA interactions for Protein: O75161

NPHP4, Nephrocystin-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,426 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP4O75161 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC40.99■■■■■ 4.15
NPHP4O75161 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC40.97■■■■■ 4.15
NPHP4O75161 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.97■■■■■ 4.15
NPHP4O75161 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC40.96■■■■■ 4.15
NPHP4O75161 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC40.96■■■■■ 4.15
NPHP4O75161 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC40.95■■■■■ 4.15
NPHP4O75161 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC40.95■■■■■ 4.15
NPHP4O75161 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC40.94■■■■■ 4.14
NPHP4O75161 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC40.94■■■■■ 4.14
NPHP4O75161 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.92■■■■■ 4.14
NPHP4O75161 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC40.92■■■■■ 4.14
NPHP4O75161 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.92■■■■■ 4.14
NPHP4O75161 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC40.9■■■■■ 4.14
NPHP4O75161 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC40.88■■■■■ 4.13
NPHP4O75161 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC40.88■■■■■ 4.13
NPHP4O75161 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC40.84■■■■■ 4.13
NPHP4O75161 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC40.84■■■■■ 4.13
NPHP4O75161 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC40.83■■■■■ 4.13
NPHP4O75161 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC40.82■■■■■ 4.12
NPHP4O75161 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC40.81■■■■■ 4.12
NPHP4O75161 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC40.81■■■■■ 4.12
NPHP4O75161 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.81■■■■■ 4.12
NPHP4O75161 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC40.8■■■■■ 4.12
NPHP4O75161 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC40.78■■■■■ 4.12
NPHP4O75161 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC40.78■■■■■ 4.12
NPHP4O75161 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC40.76■■■■■ 4.12
NPHP4O75161 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC40.76■■■■■ 4.11
NPHP4O75161 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC40.71■■■■■ 4.11
NPHP4O75161 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC40.69■■■■■ 4.1
NPHP4O75161 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC40.68■■■■■ 4.1
NPHP4O75161 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC40.65■■■■■ 4.1
NPHP4O75161 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC40.62■■■■■ 4.09
NPHP4O75161 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC40.62■■■■■ 4.09
NPHP4O75161 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC40.62■■■■■ 4.09
NPHP4O75161 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC40.6■■■■■ 4.09
NPHP4O75161 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC40.6■■■■■ 4.09
NPHP4O75161 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC40.59■■■■■ 4.09
NPHP4O75161 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC40.57■■■■■ 4.09
NPHP4O75161 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC40.57■■■■■ 4.09
NPHP4O75161 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.56■■■■■ 4.08
NPHP4O75161 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC40.54■■■■■ 4.08
NPHP4O75161 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC40.53■■■■■ 4.08
NPHP4O75161 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC40.53■■■■■ 4.08
NPHP4O75161 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC40.51■■■■■ 4.08
NPHP4O75161 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC40.48■■■■■ 4.07
NPHP4O75161 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.47■■■■■ 4.07
NPHP4O75161 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC40.44■■■■■ 4.06
NPHP4O75161 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC40.43■■■■■ 4.06
NPHP4O75161 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC40.43■■■■■ 4.06
NPHP4O75161 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC40.42■■■■■ 4.06
NPHP4O75161 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC40.42■■■■■ 4.06
NPHP4O75161 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC40.42■■■■■ 4.06
NPHP4O75161 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.42■■■■■ 4.06
NPHP4O75161 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC40.41■■■■■ 4.06
NPHP4O75161 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC40.41■■■■■ 4.06
NPHP4O75161 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC40.41■■■■■ 4.06
NPHP4O75161 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.4■■■■■ 4.06
NPHP4O75161 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.38■■■■■ 4.05
NPHP4O75161 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC40.38■■■■■ 4.05
NPHP4O75161 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC40.37■■■■■ 4.05
NPHP4O75161 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC40.36■■■■■ 4.05
NPHP4O75161 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC40.35■■■■■ 4.05
NPHP4O75161 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC40.33■■■■■ 4.05
NPHP4O75161 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC40.33■■■■■ 4.05
NPHP4O75161 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC40.33■■■■■ 4.05
NPHP4O75161 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC40.27■■■■■ 4.04
NPHP4O75161 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC40.25■■■■■ 4.03
NPHP4O75161 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC40.25■■■■■ 4.03
NPHP4O75161 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC40.22■■■■■ 4.03
NPHP4O75161 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.21■■■■■ 4.03
NPHP4O75161 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC40.2■■■■■ 4.03
NPHP4O75161 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.2■■■■■ 4.03
NPHP4O75161 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC40.2■■■■■ 4.03
NPHP4O75161 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.19■■■■■ 4.02
NPHP4O75161 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.18■■■■■ 4.02
NPHP4O75161 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.18■■■■■ 4.02
NPHP4O75161 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC40.18■■■■■ 4.02
NPHP4O75161 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC40.18■■■■■ 4.02
NPHP4O75161 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC40.16■■■■■ 4.02
NPHP4O75161 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC40.16■■■■■ 4.02
NPHP4O75161 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC40.15■■■■■ 4.02
NPHP4O75161 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.14■■■■■ 4.02
NPHP4O75161 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC40.13■■■■■ 4.01
NPHP4O75161 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC40.12■■■■■ 4.01
NPHP4O75161 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC40.11■■■■■ 4.01
NPHP4O75161 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC40.1■■■■■ 4.01
NPHP4O75161 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.06■■■■■ 4
NPHP4O75161 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC40.06■■■■■ 4
NPHP4O75161 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC40.06■■■■■ 4
NPHP4O75161 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC40.01■■■■■ 4
NPHP4O75161 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC39.99■■■■□ 3.99
NPHP4O75161 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC39.98■■■■□ 3.99
NPHP4O75161 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC39.98■■■■□ 3.99
NPHP4O75161 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC39.97■■■■□ 3.99
NPHP4O75161 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC39.93■■■■□ 3.98
NPHP4O75161 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC39.9■■■■□ 3.98
NPHP4O75161 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC39.89■■■■□ 3.98
NPHP4O75161 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.88■■■■□ 3.97
NPHP4O75161 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.86■■■■□ 3.97
NPHP4O75161 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC39.86■■■■□ 3.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.9 ms