Protein–RNA interactions for Protein: A6NC98

CCDC88B, Coiled-coil domain-containing protein 88B, humanhuman

Predictions only

Length 1,476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88BA6NC98 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC49.78■■■■■ 5.56
CCDC88BA6NC98 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC49.75■■■■■ 5.55
CCDC88BA6NC98 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC49.67■■■■■ 5.54
CCDC88BA6NC98 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC49.65■■■■■ 5.54
CCDC88BA6NC98 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC49.65■■■■■ 5.54
CCDC88BA6NC98 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC49.61■■■■■ 5.53
CCDC88BA6NC98 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC49.61■■■■■ 5.53
CCDC88BA6NC98 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC49.6■■■■■ 5.53
CCDC88BA6NC98 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC49.59■■■■■ 5.53
CCDC88BA6NC98 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC49.55■■■■■ 5.52
CCDC88BA6NC98 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC49.52■■■■■ 5.52
CCDC88BA6NC98 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC49.52■■■■■ 5.52
CCDC88BA6NC98 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC49.52■■■■■ 5.52
CCDC88BA6NC98 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC49.49■■■■■ 5.51
CCDC88BA6NC98 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC49.48■■■■■ 5.51
CCDC88BA6NC98 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC49.48■■■■■ 5.51
CCDC88BA6NC98 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC49.44■■■■■ 5.51
CCDC88BA6NC98 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC49.44■■■■■ 5.5
CCDC88BA6NC98 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC49.38■■■■■ 5.5
CCDC88BA6NC98 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC49.36■■■■■ 5.49
CCDC88BA6NC98 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC49.31■■■■■ 5.48
CCDC88BA6NC98 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC49.31■■■■■ 5.48
CCDC88BA6NC98 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC49.29■■■■■ 5.48
CCDC88BA6NC98 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC49.28■■■■■ 5.48
CCDC88BA6NC98 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC49.27■■■■■ 5.48
CCDC88BA6NC98 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC49.26■■■■■ 5.48
CCDC88BA6NC98 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC49.25■■■■■ 5.48
CCDC88BA6NC98 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC49.24■■■■■ 5.47
CCDC88BA6NC98 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC49.24■■■■■ 5.47
CCDC88BA6NC98 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC49.22■■■■■ 5.47
CCDC88BA6NC98 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC49.22■■■■■ 5.47
CCDC88BA6NC98 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC49.22■■■■■ 5.47
CCDC88BA6NC98 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC49.22■■■■■ 5.47
CCDC88BA6NC98 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC49.22■■■■■ 5.47
CCDC88BA6NC98 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC49.21■■■■■ 5.47
CCDC88BA6NC98 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC49.21■■■■■ 5.47
CCDC88BA6NC98 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC49.2■■■■■ 5.47
CCDC88BA6NC98 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC49.18■■■■■ 5.46
CCDC88BA6NC98 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC49.17■■■■■ 5.46
CCDC88BA6NC98 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC49.17■■■■■ 5.46
CCDC88BA6NC98 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC49.13■■■■■ 5.46
CCDC88BA6NC98 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC49.13■■■■■ 5.46
CCDC88BA6NC98 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC49.13■■■■■ 5.46
CCDC88BA6NC98 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC49.12■■■■■ 5.45
CCDC88BA6NC98 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC49.11■■■■■ 5.45
CCDC88BA6NC98 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC49.11■■■■■ 5.45
CCDC88BA6NC98 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC49.1■■■■■ 5.45
CCDC88BA6NC98 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC49.1■■■■■ 5.45
CCDC88BA6NC98 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC49.09■■■■■ 5.45
CCDC88BA6NC98 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC49.08■■■■■ 5.45
CCDC88BA6NC98 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC49.06■■■■■ 5.44
CCDC88BA6NC98 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC49.05■■■■■ 5.44
CCDC88BA6NC98 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC49.04■■■■■ 5.44
CCDC88BA6NC98 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC49.04■■■■■ 5.44
CCDC88BA6NC98 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC49■■■■■ 5.43
CCDC88BA6NC98 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC48.99■■■■■ 5.43
CCDC88BA6NC98 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC48.99■■■■■ 5.43
CCDC88BA6NC98 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC48.98■■■■■ 5.43
CCDC88BA6NC98 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.96■■■■■ 5.43
CCDC88BA6NC98 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC48.94■■■■■ 5.43
CCDC88BA6NC98 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.93■■■■■ 5.42
CCDC88BA6NC98 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC48.9■■■■■ 5.42
CCDC88BA6NC98 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC48.9■■■■■ 5.42
CCDC88BA6NC98 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC48.88■■■■■ 5.41
CCDC88BA6NC98 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC48.86■■■■■ 5.41
CCDC88BA6NC98 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC48.86■■■■■ 5.41
CCDC88BA6NC98 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC48.83■■■■■ 5.41
CCDC88BA6NC98 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC48.83■■■■■ 5.41
CCDC88BA6NC98 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.82■■■■■ 5.41
CCDC88BA6NC98 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.79■■■■■ 5.4
CCDC88BA6NC98 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC48.79■■■■■ 5.4
CCDC88BA6NC98 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC48.79■■■■■ 5.4
CCDC88BA6NC98 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC48.77■■■■■ 5.4
CCDC88BA6NC98 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.75■■■■■ 5.39
CCDC88BA6NC98 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC48.74■■■■■ 5.39
CCDC88BA6NC98 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC48.74■■■■■ 5.39
CCDC88BA6NC98 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC48.74■■■■■ 5.39
CCDC88BA6NC98 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC48.74■■■■■ 5.39
CCDC88BA6NC98 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC48.74■■■■■ 5.39
CCDC88BA6NC98 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC48.74■■■■■ 5.39
CCDC88BA6NC98 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC48.73■■■■■ 5.39
CCDC88BA6NC98 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC48.67■■■■■ 5.38
CCDC88BA6NC98 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC48.66■■■■■ 5.38
CCDC88BA6NC98 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC48.64■■■■■ 5.38
CCDC88BA6NC98 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.59■■■■■ 5.37
CCDC88BA6NC98 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC48.59■■■■■ 5.37
CCDC88BA6NC98 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC48.56■■■■■ 5.36
CCDC88BA6NC98 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC48.55■■■■■ 5.36
CCDC88BA6NC98 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC48.55■■■■■ 5.36
CCDC88BA6NC98 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC48.53■■■■■ 5.36
CCDC88BA6NC98 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC48.53■■■■■ 5.36
CCDC88BA6NC98 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC48.51■■■■■ 5.36
CCDC88BA6NC98 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC48.51■■■■■ 5.36
CCDC88BA6NC98 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.5■■■■■ 5.35
CCDC88BA6NC98 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC48.5■■■■■ 5.35
CCDC88BA6NC98 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC48.49■■■■■ 5.35
CCDC88BA6NC98 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC48.48■■■■■ 5.35
CCDC88BA6NC98 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC48.45■■■■■ 5.35
CCDC88BA6NC98 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.44■■■■■ 5.34
CCDC88BA6NC98 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.43■■■■■ 5.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.1 ms