Protein–RNA interactions for Protein: Q01081

U2AF1, Splicing factor U2AF 35 kDa subunit, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 240 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
U2AF1Q01081 MMP24-AS1-203ENST00000435366 1499 ntTSL 221.07■□□□□ 0.962e-6■■■■□ 20.5
U2AF1Q01081 MMP24-AS1-207ENST00000455178 395 ntTSL 520.48■□□□□ 0.872e-6■■■■□ 20.5
U2AF1Q01081 AUP1-208ENST00000486234 984 ntTSL 517.46■□□□□ 0.396e-7■■■■□ 20.5
U2AF1Q01081 MMP24-AS1-212ENST00000635104 1227 ntTSL 515.92■□□□□ 0.142e-6■■■■□ 20.5
U2AF1Q01081 PCK1-206ENST00000498194 783 ntTSL 214.93□□□□□ -0.022e-6■■■■□ 20.5
U2AF1Q01081 PCK1-201ENST00000319441 4341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.222e-6■■■■□ 20.5
U2AF1Q01081 PCK1-202ENST00000467047 5074 ntTSL 1 (best)13.35□□□□□ -0.272e-6■■■■□ 20.5
U2AF1Q01081 TXNIP-202ENST00000486597 509 ntTSL 26.22□□□□□ -1.415e-29■■■■□ 20.5
U2AF1Q01081 RAB27A-201ENST00000336787 3446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.15□□□□□ -0.147e-10■■■■□ 20.4
U2AF1Q01081 RAB27A-204ENST00000563262 702 ntTSL 313.95□□□□□ -0.187e-10■■■■□ 20.4
U2AF1Q01081 RAB27A-202ENST00000396307 3459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.48□□□□□ -0.737e-10■■■■□ 20.4
U2AF1Q01081 RAB27A-205ENST00000564609 1057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.19□□□□□ -0.947e-10■■■■□ 20.4
U2AF1Q01081 RAB27A-212ENST00000569493 1013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.69□□□□□ -1.027e-10■■■■□ 20.4
U2AF1Q01081 RAB27A-207ENST00000565972 809 ntTSL 36.99□□□□□ -1.297e-10■■■■□ 20.4
U2AF1Q01081 RAB27A-211ENST00000568803 432 ntTSL 36.28□□□□□ -1.47e-10■■■■□ 20.4
U2AF1Q01081 RAB27A-208ENST00000566877 663 ntTSL 35.25□□□□□ -1.577e-10■■■■□ 20.4
U2AF1Q01081 RAB27A-209ENST00000567380 701 ntTSL 33.38□□□□□ -1.877e-10■■■■□ 20.4
U2AF1Q01081 ASNS-216ENST00000487714 689 ntTSL 27.41□□□□□ -1.226e-11■■■■□ 20.4
U2AF1Q01081 YWHAG-201ENST00000307630 3750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.264e-10■■■■□ 20.4
U2AF1Q01081 SBNO1-201ENST00000267176 11121 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC7.95□□□□□ -1.145e-8■■■■□ 20.4
U2AF1Q01081 SBNO1-202ENST00000420886 10981 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC7.66□□□□□ -1.185e-8■■■■□ 20.4
U2AF1Q01081 ABHD5-205ENST00000458276 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.774e-9■■■■□ 20.4
U2AF1Q01081 ABHD5-201ENST00000013894 833 ntTSL 324.75■■□□□ 1.554e-9■■■■□ 20.4
U2AF1Q01081 KMT2C-206ENST00000424877 5874 ntTSL 57.66□□□□□ -1.183e-6■■■■□ 20.4
U2AF1Q01081 KMT2C-203ENST00000360104 11186 ntTSL 1 (best)6.8□□□□□ -1.323e-6■■■■□ 20.4
U2AF1Q01081 TF-201ENST00000402696 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.133e-12■■■■□ 20.4
U2AF1Q01081 TF-204ENST00000461695 990 ntTSL 313.78□□□□□ -0.23e-12■■■■□ 20.4
U2AF1Q01081 TF-205ENST00000462495 582 ntTSL 210.9□□□□□ -0.663e-12■■■■□ 20.4
U2AF1Q01081 DDX5-213ENST00000579996 820 ntTSL 212.12□□□□□ -0.474e-17■■■■□ 20.4
U2AF1Q01081 DDX5-212ENST00000579461 814 ntTSL 37.24□□□□□ -1.254e-17■■■■□ 20.4
U2AF1Q01081 DDX5-234ENST00000585317 923 ntTSL 24.36□□□□□ -1.714e-17■■■■□ 20.4
U2AF1Q01081 DDX5-201ENST00000225792 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.943e-8■■■■□ 20.3
U2AF1Q01081 DDX5-210ENST00000578804 2021 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.273e-8■■■■□ 20.3
U2AF1Q01081 DDX5-218ENST00000581693 2156 ntTSL 515.26■□□□□ 0.033e-8■■■■□ 20.3
U2AF1Q01081 DDX5-203ENST00000540698 2225 ntTSL 514.89□□□□□ -0.033e-8■■■■□ 20.3
U2AF1Q01081 DDX5-202ENST00000450599 2077 ntTSL 2 BASIC13.32□□□□□ -0.283e-8■■■■□ 20.3
U2AF1Q01081 DDX5-215ENST00000581230 3558 ntTSL 29.99□□□□□ -0.813e-8■■■■□ 20.3
U2AF1Q01081 RIF1-204ENST00000430328 7992 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.792e-6■■■■□ 20.3
U2AF1Q01081 RIF1-205ENST00000444746 7897 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.34□□□□□ -0.752e-6■■■■□ 20.3
U2AF1Q01081 RIF1-206ENST00000453091 8053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.88□□□□□ -0.832e-6■■■■□ 20.3
U2AF1Q01081 RIF1-201ENST00000243326 15003 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC9.47□□□□□ -0.892e-6■■■■□ 20.3
U2AF1Q01081 RIF1-203ENST00000428287 7722 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC6.2□□□□□ -1.422e-6■■■■□ 20.3
U2AF1Q01081 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.182e-6■■■■□ 20.3
U2AF1Q01081 HNRNPM-204ENST00000594907 1078 ntTSL 525.57■■□□□ 1.682e-6■■■■□ 20.3
U2AF1Q01081 HNRNPM-213ENST00000600092 1086 ntTSL 224.89■■□□□ 1.582e-6■■■■□ 20.3
U2AF1Q01081 HNRNPM-201ENST00000325495 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.472e-6■■■■□ 20.3
U2AF1Q01081 HNRNPM-214ENST00000600806 2373 ntTSL 524.13■■□□□ 1.452e-6■■■■□ 20.3
U2AF1Q01081 HNRNPM-217ENST00000620401 2458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.272e-6■■■■□ 20.3
U2AF1Q01081 HNRNPM-215ENST00000601645 832 ntTSL 318.52■□□□□ 0.562e-6■■■■□ 20.3
U2AF1Q01081 HNRNPM-210ENST00000598367 298 ntTSL 513.09□□□□□ -0.312e-6■■■■□ 20.3
U2AF1Q01081 TSC1-202ENST00000403810 1507 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.816e-10■■■■□ 20.2
U2AF1Q01081 TSC1-205ENST00000475903 820 ntTSL 419.43■□□□□ 0.76e-10■■■■□ 20.2
U2AF1Q01081 ZNF330-203ENST00000506302 1180 ntTSL 216.67■□□□□ 0.267e-7■■■■□ 20.2
U2AF1Q01081 ZNF330-204ENST00000507532 836 ntTSL 314.34□□□□□ -0.117e-7■■■■□ 20.2
U2AF1Q01081 ZNF330-206ENST00000512809 838 ntTSL 313.21□□□□□ -0.297e-7■■■■□ 20.2
U2AF1Q01081 TSC1-207ENST00000493467 2219 ntTSL 1 (best)12.35□□□□□ -0.436e-10■■■■□ 20.2
U2AF1Q01081 TSC1-208ENST00000545250 8310 ntTSL 5 BASIC11.01□□□□□ -0.656e-10■■■■□ 20.2
U2AF1Q01081 TSC1-203ENST00000440111 8463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9□□□□□ -0.976e-10■■■■□ 20.2
U2AF1Q01081 TSC1-201ENST00000298552 8604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.7□□□□□ -1.026e-10■■■■□ 20.2
U2AF1Q01081 TSC1-204ENST00000461879 492 ntTSL 38.24□□□□□ -1.096e-10■■■■□ 20.2
U2AF1Q01081 UBR4-204ENST00000375254 15906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.74□□□□□ -1.173e-8■■■■□ 20.2
U2AF1Q01081 PRKDC-202ENST00000338368 12784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC8.17□□□□□ -1.11e-7■■■■□ 20.2
U2AF1Q01081 PRKDC-201ENST00000314191 13509 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC8.06□□□□□ -1.121e-7■■■■□ 20.2
U2AF1Q01081 NCOA5-202ENST00000372291 727 ntTSL 332.98■■■□□ 2.871e-6■■■■□ 20.1
U2AF1Q01081 DARS-201ENST00000264161 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.141e-6■■■■□ 20.1
U2AF1Q01081 NCOA5-201ENST00000290231 3220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.091e-6■■■■□ 20.1
U2AF1Q01081 MAP4K5-201ENST00000013125 4354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.861e-6■■■■□ 20.1
U2AF1Q01081 DARS-203ENST00000435076 717 ntTSL 216.06■□□□□ 0.161e-6■■■■□ 20.1
U2AF1Q01081 DLEU1-204ENST00000462427 1119 ntTSL 1 (best)15.45■□□□□ 0.061e-6■■■■□ 20.1
U2AF1Q01081 CNOT1-207ENST00000565605 739 ntTSL 412.86□□□□□ -0.351e-6■■■■□ 20.1
U2AF1Q01081 DLEU1-227ENST00000484869 1652 ntTSL 512.34□□□□□ -0.431e-6■■■■□ 20.1
U2AF1Q01081 DARS-206ENST00000456565 731 ntTSL 311.94□□□□□ -0.51e-6■■■■□ 20.1
U2AF1Q01081 DARS-204ENST00000441323 651 ntTSL 310.73□□□□□ -0.691e-6■■■■□ 20.1
U2AF1Q01081 DLEU1-214ENST00000470726 508 ntTSL 510.01□□□□□ -0.811e-6■■■■□ 20.1
U2AF1Q01081 DARS-205ENST00000449218 543 ntTSL 39.35□□□□□ -0.911e-6■■■■□ 20.1
U2AF1Q01081 DLEU1-221ENST00000479420 612 ntTSL 58.02□□□□□ -1.131e-6■■■■□ 20.1
U2AF1Q01081 MAP4K5-205ENST00000554990 4812 ntTSL 27.14□□□□□ -1.271e-6■■■■□ 20.1
U2AF1Q01081 DLEU1-202ENST00000460525 1031 ntTSL 1 (best)5.54□□□□□ -1.521e-6■■■■□ 20.1
U2AF1Q01081 CNOT1-223ENST00000628857 291 ntTSL 5 BASIC3.99□□□□□ -1.771e-6■■■■□ 20.1
U2AF1Q01081 SLC38A2-213ENST00000553252 846 ntTSL 222.91■■□□□ 1.261e-11■■■■□ 20.1
U2AF1Q01081 SLC38A2-210ENST00000551405 526 ntTSL 421.88■■□□□ 1.091e-11■■■■□ 20.1
U2AF1Q01081 SLC38A2-201ENST00000256689 4888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.61□□□□□ -0.551e-11■■■■□ 20.1
U2AF1Q01081 SLC38A2-208ENST00000549258 4384 ntTSL 24.88□□□□□ -1.631e-11■■■■□ 20.1
U2AF1Q01081 FASTKD1-203ENST00000445210 1850 ntTSL 210.73□□□□□ -0.694e-10■■■■□ 20.1
U2AF1Q01081 FASTKD1-204ENST00000453153 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.66□□□□□ -1.024e-10■■■■□ 20.1
U2AF1Q01081 FASTKD1-202ENST00000438035 1045 ntTSL 1 (best)8.61□□□□□ -1.034e-10■■■■□ 20.1
U2AF1Q01081 FASTKD1-201ENST00000417376 687 ntTSL 25.59□□□□□ -1.514e-10■■■■□ 20.1
U2AF1Q01081 FASTKD1-205ENST00000453929 2791 ntTSL 2 BASIC4.36□□□□□ -1.714e-10■■■■□ 20.1
U2AF1Q01081 HERC4-212ENST00000505760 578 ntTSL 433.02■■■□□ 2.881e-6■■■■□ 20.1
U2AF1Q01081 HERC4-214ENST00000513996 944 ntTSL 311.71□□□□□ -0.535e-7■■■■□ 20.1
U2AF1Q01081 HERC4-203ENST00000395185 625 ntTSL 411.21□□□□□ -0.615e-7■■■■□ 20.1
U2AF1Q01081 HERC4-202ENST00000373700 3905 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.17□□□□□ -0.785e-7■■■■□ 20.1
U2AF1Q01081 HERC4-211ENST00000492996 3385 ntTSL 1 (best) BASIC9.08□□□□□ -0.965e-7■■■■□ 20.1
U2AF1Q01081 HERC4-213ENST00000506515 540 ntTSL 47.69□□□□□ -1.181e-6■■■■□ 20.1
U2AF1Q01081 HERC4-209ENST00000473533 3593 ntTSL 1 (best)7.68□□□□□ -1.185e-7■■■■□ 20.1
U2AF1Q01081 HERC4-205ENST00000412272 4211 ntTSL 1 (best) BASIC6.15□□□□□ -1.435e-7■■■■□ 20.1
U2AF1Q01081 HERC4-204ENST00000395198 4445 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC5.26□□□□□ -1.575e-7■■■■□ 20.1
U2AF1Q01081 HERC4-215ENST00000515753 589 ntTSL 24.15□□□□□ -1.751e-6■■■■□ 20.1
U2AF1Q01081 GABRE-207ENST00000476016 813 ntTSL 410.8□□□□□ -0.687e-7■■■■□ 20.1
U2AF1Q01081 BRD2-201ENST00000374825 4894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.951e-13■■■■□ 20
Retrieved 100 of 10,096 protein–RNA pairs in 61.6 ms