Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 ANGPTL8-203ENST00000591200 504 ntTSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 EGLN2-209ENST00000594140 991 ntTSL 2 BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 CCL5-202ENST00000605140 1244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 LINC01759-203ENST00000635271 888 ntTSL 5 BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 IGF2BP2-202ENST00000382199 3688 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 TAS1R3-201ENST00000339381 3433 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 SCARB2-215ENST00000639145 4471 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 C1R-201ENST00000535233 2211 ntTSL 2 BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 GCNT7-201ENST00000243913 2064 ntTSL 2 BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 AC108134.1-201ENST00000382225 3061 ntTSL 2 BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 SDHAF2-201ENST00000301761 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 PIDD1-201ENST00000347755 2998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 CACNA1G-209ENST00000502264 6921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 CACNA1G-221ENST00000510115 6912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 SEMA6D-202ENST00000354744 5931 ntTSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 ITGB2-203ENST00000355153 2913 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 CDH16-202ENST00000394055 2821 ntTSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 CARHSP1-216ENST00000610831 2841 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 ABCB8-202ENST00000358849 4683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 P4HA1-205ENST00000440381 2790 ntTSL 3 BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 SMARCA4-205ENST00000450717 5506 ntTSL 5 BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 APBB3-201ENST00000354402 1810 ntTSL 5 BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 TMUB2-211ENST00000589184 1837 ntTSL 5 BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 TCOF1-207ENST00000504761 4467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 RGS6-217ENST00000555571 1764 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 FAM122B-202ENST00000343004 4326 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 CXorf36-201ENST00000377934 2513 ntTSL 1 (best) BASIC12.73□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 MUTYH-234ENST00000528013 1662 ntTSL 5 BASIC12.73□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 RIMS1-214ENST00000518273 4116 ntTSL 5 BASIC12.73□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 MAGIX-208ENST00000616266 3295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.73□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 TAMM41-205ENST00000444133 1619 ntTSL 2 BASIC12.73□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 ABCA2-202ENST00000341511 8063 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC12.73□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 VGLL4-202ENST00000413604 1554 ntTSL 2 BASIC12.73□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 ADCY7-202ENST00000394697 6213 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.73□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 DDN-201ENST00000421952 3749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.73□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 FAAP100-202ENST00000425898 2996 ntTSL 1 (best) BASIC12.73□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 HACD2-201ENST00000383657 4257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.73□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 TP73-211ENST00000604074 4806 ntTSL 5 BASIC12.73□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 TBCEL-205ENST00000529397 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.73□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 MED4-201ENST00000258648 2022 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.73□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 LMNA-213ENST00000473598 2015 ntTSL 2 BASIC12.73□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 PIK3R5-216ENST00000584803 2653 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC12.73□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 NICN1-201ENST00000273598 2616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.73□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 SDR42E2-201ENST00000602312 2630 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.73□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 RAB11FIP1-202ENST00000330843 7811 ntTSL 1 (best) BASIC12.73□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 ITSN1-208ENST00000399349 5191 ntTSL 1 (best) BASIC12.73□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 DDX49-214ENST00000629999 1912 ntTSL 5 BASIC12.73□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 TMEM41A-201ENST00000296254 1060 ntTSL 2 BASIC12.73□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 PHLDA2-201ENST00000314222 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.73□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 GUK1-206ENST00000366723 845 ntTSL 5 BASIC12.73□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 XAGE1A-203ENST00000375602 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.73□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 XAGE1B-203ENST00000375616 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.73□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 THAP4-202ENST00000402136 785 ntTSL 1 (best) BASIC12.73□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 RN7SKP175-201ENST00000408472 289 ntBASIC12.73□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 AC016876.1-201ENST00000415124 352 ntTSL 3 BASIC12.73□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 XXYLT1-204ENST00000429994 865 ntTSL 3 BASIC12.73□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 GNB3-202ENST00000435982 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.73□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 AC140481.1-201ENST00000448777 706 ntTSL 3 BASIC12.73□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 LINC01585-201ENST00000500496 1295 ntTSL 1 (best) BASIC12.73□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 ACRV1-202ENST00000527795 782 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.73□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 TUBB3-203ENST00000553967 736 ntTSL 2 BASIC12.73□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 AC005586.2-201ENST00000563946 837 ntBASIC12.73□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 LINC02560-201ENST00000596379 459 ntBASIC12.73□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 AC008494.3-201ENST00000606615 944 ntBASIC12.73□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 PAK1-201ENST00000278568 2543 ntTSL 2 BASIC12.73□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 LINC00475-202ENST00000416438 2506 ntTSL 2 BASIC12.73□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 LAT2-205ENST00000460943 2527 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.73□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 PHF14-201ENST00000403050 4276 ntTSL 1 (best) BASIC12.73□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 OSBPL5-203ENST00000389989 3619 ntTSL 1 (best) BASIC12.73□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 POLL-205ENST00000370169 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.73□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 PLTP-203ENST00000372431 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.73□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 CENPK-202ENST00000396679 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.73□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 OGDH-204ENST00000443864 1744 ntTSL 1 (best) BASIC12.73□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 SMAD2-212ENST00000591214 1714 ntTSL 2 BASIC12.73□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 SCYL1-205ENST00000524944 2715 ntTSL 1 (best) BASIC12.73□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 ZBTB47-201ENST00000232974 3781 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.73□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 PLAU-202ENST00000446342 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.73□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 LINC00865-202ENST00000448963 4272 ntTSL 1 (best) BASIC12.73□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 NAALADL1-202ENST00000355721 2100 ntTSL 5 BASIC12.73□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 WAC-AS1-202ENST00000528337 2608 ntTSL 1 (best) BASIC12.73□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 TTC7A-203ENST00000409245 3033 ntTSL 2 BASIC12.72□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 TIGD6-201ENST00000296736 4006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.72□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 ABCA3-202ENST00000382381 6446 ntTSL 1 (best) BASIC12.72□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 YTHDF2-201ENST00000373812 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.72□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 MFAP4-202ENST00000395592 1932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.72□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 PRICKLE3-204ENST00000453382 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.72□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 MBLAC2-202ENST00000514906 1936 ntBASIC12.72□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 AC026992.2-202ENST00000565312 1934 ntTSL 5 BASIC12.72□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 FBXO32-203ENST00000517956 6744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.72□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 TBC1D17-201ENST00000221543 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.72□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 FUBP1-203ENST00000370768 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.72□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 TBC1D17-209ENST00000622860 2370 ntTSL 5 BASIC12.72□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 ADCY7-201ENST00000254235 6138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.72□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 COL6A3-206ENST00000409809 8916 ntTSL 5 BASIC12.72□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 SELENON-201ENST00000354177 4227 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.72□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 TSPAN12-201ENST00000222747 2798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.72□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 KLK15-201ENST00000326856 1389 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC12.72□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 WSB2-202ENST00000441406 1353 ntTSL 2 BASIC12.72□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 C1QTNF9-201ENST00000332018 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.72□□□□□ -0.37
CCDC54Q8NEL0 ACSM2A-202ENST00000396104 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.72□□□□□ -0.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.1 ms