Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 FOXN3-AS2-201ENST00000554071 1262 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 AC068831.5-201ENST00000557387 328 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 DNAJC10-211ENST00000640034 888 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 BRAT1-201ENST00000340611 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 PAIP2-201ENST00000265192 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 CAMK2A-203ENST00000398376 1493 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 APP-204ENST00000357903 3543 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 DLK1-201ENST00000331224 1324 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 C12orf65-204ENST00000429587 1326 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 PRNP-201ENST00000379440 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 CKAP4-201ENST00000378026 3093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 PRICKLE3-204ENST00000453382 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 RPF1-201ENST00000370654 1385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 SYNE3-203ENST00000554873 2826 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 AC011498.7-201ENST00000624986 2027 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 AC109466.1-209ENST00000486913 1618 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 MKRN2-202ENST00000411987 1436 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 SLC26A11-202ENST00000411502 2872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 PIDD1-202ENST00000411829 2886 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 AC025171.1-202ENST00000499871 2271 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 ELFN1-202ENST00000561626 3742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 CYTH1-201ENST00000361101 3311 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 CYTH1-202ENST00000446868 3311 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 ETNPPL-206ENST00000510706 1692 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 ATAT1-206ENST00000376485 1476 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 DAD1-201ENST00000250498 731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 KRT18P4-201ENST00000422599 1288 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 AC136604.1-202ENST00000425471 771 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 AL512622.1-202ENST00000443922 478 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 HOXB-AS3-206ENST00000474040 741 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 C12orf73-210ENST00000552940 685 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 ANKRD36C-208ENST00000619511 737 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 AP000769.1-203ENST00000637245 208 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 OXSM-201ENST00000280701 1519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 BTNL8-203ENST00000400707 1512 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 MAPK14-201ENST00000229794 3779 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 CCDC88B-202ENST00000356786 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 TMEM9-203ENST00000367333 1564 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 ARHGEF1-219ENST00000599846 3393 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 PRDM8-201ENST00000339711 4095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 MYCBPAP-201ENST00000323776 3186 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 AL365181.1-201ENST00000564032 1828 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 COG3-206ENST00000617493 1809 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 ASGR1-209ENST00000619926 1384 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 AADAT-206ENST00000509167 2113 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 MRPL55-205ENST00000366731 1423 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 ABAT-203ENST00000425191 1923 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 HTR3A-205ENST00000504030 2432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 HIF3A-206ENST00000472815 1709 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 INTS11-248ENST00000545578 2263 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 ZNF239-203ENST00000426961 2027 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 SPAAR-203ENST00000636776 1538 ntAPPRIS P1 BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 PGLYRP3-201ENST00000290722 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 AC022080.1-201ENST00000366255 781 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 HIST1H4B-201ENST00000377745 438 ntAPPRIS P1 BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 FOLR1-202ENST00000393676 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 AC008026.2-201ENST00000495438 348 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 LZTS1-AS1-201ENST00000523103 892 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 CMC2-204ENST00000562713 573 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 AL590235.1-201ENST00000564650 861 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 CMC2-209ENST00000565108 399 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 GGNBP1-204ENST00000613113 887 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 LRRTM1-201ENST00000295057 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 CASR-204ENST00000638421 5088 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 ERG-207ENST00000398919 1868 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 SUDS3-204ENST00000543473 4897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 RHOH-220ENST00000615083 2156 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 WAC-AS1-202ENST00000528337 2608 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 CR382285.1-201ENST00000625012 1485 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 AC026362.1-201ENST00000540866 5618 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 NOMO1-208ENST00000620755 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 B4GALT3-213ENST00000622395 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 LINC002481-201ENST00000499502 1821 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 PCK2-208ENST00000559250 1804 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 VSTM2A-204ENST00000407838 3112 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 KCNT1-206ENST00000486577 3760 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 FAM227B-212ENST00000561064 1596 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 CTSL-202ENST00000342020 933 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 BCAS2-201ENST00000369541 1299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 TEX33-201ENST00000381821 978 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 VCX3A-202ENST00000398729 808 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 TMEM216-202ENST00000398979 908 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 COPS7B-204ENST00000409091 806 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 AC023141.7-201ENST00000430646 407 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 EEF1DP5-201ENST00000431410 772 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 SOD2-205ENST00000444946 917 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 RPS18P9-201ENST00000482817 460 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 AL121796.1-201ENST00000505702 466 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 SNX11-210ENST00000582104 1282 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 RNF167-201ENST00000262482 1915 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 NBAT1-201ENST00000566912 1940 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 GLS-201ENST00000320717 4834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 LRCH2-202ENST00000538422 4868 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 NFATC4-211ENST00000554344 2955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 NIFK-AS1-203ENST00000419902 1316 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 COLCA2-202ENST00000526216 1332 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 TTC7A-203ENST00000409245 3033 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL4A4P53420 SLC39A1-204ENST00000368623 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.2 ms