Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 LINC01669-205ENST00000624561 713 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
USP39Q53GS9 AL590644.3-201ENST00000635428 1228 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
USP39Q53GS9 CPA5-201ENST00000393213 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
USP39Q53GS9 GPSM3-207ENST00000375043 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
USP39Q53GS9 SLC41A3-211ENST00000508835 1480 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
USP39Q53GS9 FMR1-203ENST00000370470 1774 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
USP39Q53GS9 IFT52-201ENST00000373030 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
USP39Q53GS9 ANKRD42-208ENST00000531895 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
USP39Q53GS9 DRC3-202ENST00000399182 1923 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
USP39Q53GS9 PSMD14-201ENST00000409682 1954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
USP39Q53GS9 NOP9-201ENST00000267425 6033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
USP39Q53GS9 REXO1L5P-201ENST00000622260 2098 ntBASIC15.05■□□□□ -0
USP39Q53GS9 MEGF10-202ENST00000418761 2238 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
USP39Q53GS9 TOB1-202ENST00000499247 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
USP39Q53GS9 HNRNPU-226ENST00000640218 6858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
USP39Q53GS9 TMEM170A-207ENST00000569540 2331 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
USP39Q53GS9 MARS-233ENST00000628866 2583 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
USP39Q53GS9 DZIP1-204ENST00000376829 3738 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
USP39Q53GS9 NEK7-202ENST00000367385 4149 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
USP39Q53GS9 CARNMT1-202ENST00000376834 4130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
USP39Q53GS9 SNX19-201ENST00000265909 6535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
USP39Q53GS9 RGPD5-202ENST00000272454 2907 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
USP39Q53GS9 TJAP1-207ENST00000436109 2572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
USP39Q53GS9 PRPF3-201ENST00000324862 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
USP39Q53GS9 SLC25A38-201ENST00000273158 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
USP39Q53GS9 SEPT11-206ENST00000505788 2079 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
USP39Q53GS9 APBB1-218ENST00000608655 1920 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
USP39Q53GS9 GHRLOS-201ENST00000439539 1708 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
USP39Q53GS9 E2F3-201ENST00000346618 4749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
USP39Q53GS9 TMEM184C-204ENST00000508208 1528 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
USP39Q53GS9 SHH-201ENST00000297261 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
USP39Q53GS9 ZBTB45P1-201ENST00000452761 1456 ntBASIC15.04■□□□□ -0
USP39Q53GS9 SLC18A2-201ENST00000298472 3852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
USP39Q53GS9 CRK-201ENST00000300574 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
USP39Q53GS9 HMGN3-201ENST00000275036 831 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
USP39Q53GS9 HMGN3-202ENST00000344726 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
USP39Q53GS9 RN7SKP214-201ENST00000364208 315 ntBASIC15.04■□□□□ -0
USP39Q53GS9 PNRC1-203ENST00000369472 816 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
USP39Q53GS9 FGF14-202ENST00000376143 744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
USP39Q53GS9 C6orf136-202ENST00000376471 614 ntTSL 3 BASIC15.04■□□□□ -0
USP39Q53GS9 FAM3B-203ENST00000398647 864 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
USP39Q53GS9 FAM3B-204ENST00000398652 1125 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
USP39Q53GS9 AC131097.2-203ENST00000401641 507 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
USP39Q53GS9 SUMO1-204ENST00000409181 784 ntTSL 3 BASIC15.04■□□□□ -0
USP39Q53GS9 SUMO1-207ENST00000409498 779 ntTSL 3 BASIC15.04■□□□□ -0
USP39Q53GS9 PEX13-203ENST00000414712 1014 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
USP39Q53GS9 PARVG-202ENST00000415224 999 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
USP39Q53GS9 AC131097.3-203ENST00000420272 1193 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
USP39Q53GS9 CMC1-204ENST00000423894 549 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
USP39Q53GS9 PABPC5-AS1-201ENST00000456187 426 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
USP39Q53GS9 AC026434.2-201ENST00000506094 1078 ntBASIC15.04■□□□□ -0
USP39Q53GS9 WSPAR-201ENST00000513561 683 ntTSL 3 BASIC15.04■□□□□ -0
USP39Q53GS9 BHMT-206ENST00000524080 1207 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
USP39Q53GS9 FANCA-204ENST00000534992 1088 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
USP39Q53GS9 AP003065.1-201ENST00000540912 562 ntTSL 4 BASIC15.04■□□□□ -0
USP39Q53GS9 AC138123.2-203ENST00000552451 653 ntTSL 3 BASIC15.04■□□□□ -0
USP39Q53GS9 DUX4L46-201ENST00000566845 751 ntBASIC15.04■□□□□ -0
USP39Q53GS9 SMIM24-203ENST00000587847 820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
USP39Q53GS9 AC020922.3-201ENST00000595064 547 ntBASIC15.04■□□□□ -0
USP39Q53GS9 ARHGAP23-221ENST00000620417 3663 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
USP39Q53GS9 LRCH1-202ENST00000389797 3314 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
USP39Q53GS9 CDC25B-203ENST00000344256 3071 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
USP39Q53GS9 ZSCAN10-209ENST00000576985 2739 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
USP39Q53GS9 THAP10-201ENST00000249861 2399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
USP39Q53GS9 INPP5D-201ENST00000359570 5274 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
USP39Q53GS9 TUFT1-201ENST00000353024 2107 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
USP39Q53GS9 NDRG2-207ENST00000397847 2084 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
USP39Q53GS9 MEGF11-204ENST00000422354 5914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
USP39Q53GS9 CGGBP1-201ENST00000309534 4495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
USP39Q53GS9 WNT16-201ENST00000222462 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
USP39Q53GS9 INTS14-204ENST00000442903 1863 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
USP39Q53GS9 SNCAIP-207ENST00000504884 1885 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
USP39Q53GS9 JAKMIP1-205ENST00000410077 1835 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
USP39Q53GS9 MEF2C-AS1-210ENST00000514011 1754 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
USP39Q53GS9 MAGEA1-201ENST00000356661 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
USP39Q53GS9 FASTKD5-201ENST00000380266 2874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
USP39Q53GS9 SHC1P1-201ENST00000425230 1745 ntBASIC15.03■□□□□ -0
USP39Q53GS9 SYT13-201ENST00000020926 5144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
USP39Q53GS9 RBM14-201ENST00000310137 2828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
USP39Q53GS9 CCNE1-203ENST00000444983 1680 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
USP39Q53GS9 UGT3A1-204ENST00000507113 1650 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
USP39Q53GS9 VWA2-202ENST00000392982 2794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
USP39Q53GS9 UBAP1-201ENST00000297661 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
USP39Q53GS9 FAM45BP-202ENST00000592932 1624 ntBASIC15.03■□□□□ -0
USP39Q53GS9 AC004943.2-201ENST00000563328 4842 ntTSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
USP39Q53GS9 HSD17B6-206ENST00000555159 1525 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
USP39Q53GS9 APP-208ENST00000439274 2517 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
USP39Q53GS9 QRICH1-202ENST00000395443 3549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
USP39Q53GS9 FURIN-207ENST00000618099 4345 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
USP39Q53GS9 TNS2-201ENST00000314250 5010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
USP39Q53GS9 MYH6-202ENST00000405093 5941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
USP39Q53GS9 AC104667.2-202ENST00000452801 1301 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
USP39Q53GS9 AC092978.1-201ENST00000474979 1309 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
USP39Q53GS9 AC092978.1-202ENST00000637590 1327 ntBASIC15.03■□□□□ -0
USP39Q53GS9 CISH-202ENST00000443053 2167 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
USP39Q53GS9 HTR7-201ENST00000277874 3028 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
USP39Q53GS9 ZNF180-202ENST00000391956 3049 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
USP39Q53GS9 WASHC3-201ENST00000240079 916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
USP39Q53GS9 FZR1-201ENST00000313639 1215 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
USP39Q53GS9 AC011450.1-202ENST00000358234 573 ntTSL 4 BASIC15.03■□□□□ -0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 73.1 ms