Protein–RNA interactions for Protein: Q16630

CPSF6, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 551 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF6Q16630 CCT5-201ENST00000280326 3675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.56□□□□□ -1.23e-6■□□□□ 9.1
CPSF6Q16630 SMARCC1-201ENST00000254480 6375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.611e-7■□□□□ 9.1
CPSF6Q16630 SMARCC1-202ENST00000425518 3827 ntTSL 27.38□□□□□ -1.231e-7■□□□□ 9.1
CPSF6Q16630 SLC38A2-208ENST00000549258 4384 ntTSL 23.52□□□□□ -1.852e-7■□□□□ 9
CPSF6Q16630 TCOF1-206ENST00000445265 4825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.243e-9■□□□□ 9
CPSF6Q16630 TCOF1-201ENST00000323668 4832 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.67□□□□□ -0.063e-9■□□□□ 9
CPSF6Q16630 TCOF1-202ENST00000377797 5095 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.48□□□□□ -0.093e-9■□□□□ 9
CPSF6Q16630 TCOF1-207ENST00000504761 4467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.12□□□□□ -0.153e-9■□□□□ 9
CPSF6Q16630 TCOF1-215ENST00000515516 661 ntTSL 512.7□□□□□ -0.383e-9■□□□□ 9
CPSF6Q16630 TCOF1-205ENST00000439160 4644 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.34□□□□□ -0.433e-9■□□□□ 9
CPSF6Q16630 TCOF1-211ENST00000513346 4646 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.07□□□□□ -0.643e-9■□□□□ 9
CPSF6Q16630 TCOF1-204ENST00000427724 4272 ntAPPRIS ALT2 TSL 510.5□□□□□ -0.733e-9■□□□□ 9
CPSF6Q16630 DNAJA1-201ENST00000330899 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.051e-6■□□□□ 8.9
CPSF6Q16630 DNAJA1-203ENST00000495015 604 ntTSL 37.33□□□□□ -1.241e-6■□□□□ 8.9
CPSF6Q16630 LUC7L3-219ENST00000511974 507 ntTSL 37.31□□□□□ -1.244e-7■□□□□ 8.9
CPSF6Q16630 LUC7L3-222ENST00000513969 419 ntTSL 33.37□□□□□ -1.874e-7■□□□□ 8.9
CPSF6Q16630 EIF3A-201ENST00000369144 6646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.73□□□□□ -0.372e-9■□□□□ 8.9
CPSF6Q16630 EIF3A-203ENST00000541549 4495 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.1□□□□□ -0.472e-9■□□□□ 8.9
CPSF6Q16630 ZFAS1-207ENST00000458653 596 ntTSL 226.66■■□□□ 1.862e-7■□□□□ 8.8
CPSF6Q16630 ZFAS1-202ENST00000371743 1008 ntTSL 1 (best)23.43■■□□□ 1.342e-7■□□□□ 8.8
CPSF6Q16630 ZFAS1-203ENST00000417721 860 ntTSL 1 (best)22.05■■□□□ 1.122e-7■□□□□ 8.8
CPSF6Q16630 ZFAS1-205ENST00000441722 946 ntTSL 1 (best)20.5■□□□□ 0.872e-7■□□□□ 8.8
CPSF6Q16630 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.872e-7■□□□□ 8.8
CPSF6Q16630 WDR43-202ENST00000407426 3533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.14□□□□□ -0.472e-7■□□□□ 8.8
CPSF6Q16630 ZFAS1-209ENST00000620594 508 ntTSL 37.22□□□□□ -1.252e-7■□□□□ 8.8
CPSF6Q16630 ZFAS1-204ENST00000428008 566 ntTSL 27□□□□□ -1.292e-7■□□□□ 8.8
CPSF6Q16630 ZFAS1-201ENST00000326677 504 ntTSL 1 (best)6.44□□□□□ -1.382e-7■□□□□ 8.8
CPSF6Q16630 TPM3-216ENST00000473036 746 ntTSL 212.38□□□□□ -0.438e-8■□□□□ 8.8
CPSF6Q16630 TPM3-209ENST00000368527 569 ntTSL 49.94□□□□□ -0.828e-8■□□□□ 8.8
CPSF6Q16630 TPM3-218ENST00000505010 540 ntTSL 29.02□□□□□ -0.978e-8■□□□□ 8.8
CPSF6Q16630 TMEM167A-204ENST00000509770 492 ntTSL 414.17□□□□□ -0.148e-6■□□□□ 8.8
CPSF6Q16630 TMEM167A-203ENST00000504622 596 ntTSL 212.02□□□□□ -0.498e-6■□□□□ 8.8
CPSF6Q16630 TMEM167A-201ENST00000502346 4630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.88□□□□□ -0.998e-6■□□□□ 8.8
CPSF6Q16630 HEMGN-201ENST00000259456 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.01□□□□□ -1.298e-6■□□□□ 8.8
CPSF6Q16630 TMEM167A-205ENST00000511118 719 ntTSL 26.3□□□□□ -1.48e-6■□□□□ 8.8
CPSF6Q16630 TMEM167A-202ENST00000503892 562 ntTSL 45.21□□□□□ -1.588e-6■□□□□ 8.8
CPSF6Q16630 HEMGN-202ENST00000616898 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.19□□□□□ -1.588e-6■□□□□ 8.8
CPSF6Q16630 TMEM167A-206ENST00000511450 3353 ntTSL 54.63□□□□□ -1.678e-6■□□□□ 8.8
CPSF6Q16630 SLC38A2-201ENST00000256689 4888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.16□□□□□ -0.942e-7■□□□□ 8.7
CPSF6Q16630 NCOR1-206ENST00000411510 1883 ntTSL 1 (best)21.85■■□□□ 1.097e-7■□□□□ 8.7
CPSF6Q16630 NCOR1-211ENST00000460276 1848 ntTSL 221.69■■□□□ 1.067e-7■□□□□ 8.7
CPSF6Q16630 NCOR1-221ENST00000582357 1877 ntTSL 1 (best)19.56■□□□□ 0.727e-7■□□□□ 8.7
CPSF6Q16630 CRKL-202ENST00000411769 2037 ntTSL 1 (best)18.45■□□□□ 0.541e-7■□□□□ 8.7
CPSF6Q16630 NCOR1-209ENST00000436828 1969 ntTSL 1 (best)17.95■□□□□ 0.467e-7■□□□□ 8.7
CPSF6Q16630 IVNS1ABP-202ENST00000367498 4199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.461e-7■□□□□ 8.7
CPSF6Q16630 CRKL-201ENST00000354336 5325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.461e-7■□□□□ 8.7
CPSF6Q16630 NPM1-201ENST00000296930 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.037e-7■□□□□ 8.7
CPSF6Q16630 IVNS1ABP-204ENST00000459929 3657 ntTSL 512.7□□□□□ -0.381e-7■□□□□ 8.7
CPSF6Q16630 NPM1-204ENST00000517671 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.31□□□□□ -0.927e-7■□□□□ 8.7
CPSF6Q16630 EIF5-219ENST00000561380 926 ntTSL 58.23□□□□□ -1.097e-7■□□□□ 8.7
CPSF6Q16630 NPM1-202ENST00000351986 1237 ntTSL 1 (best) BASIC8.1□□□□□ -1.117e-7■□□□□ 8.7
CPSF6Q16630 NPM1-208ENST00000521672 597 ntTSL 57.82□□□□□ -1.167e-7■□□□□ 8.7
CPSF6Q16630 NPM1-205ENST00000518587 670 ntTSL 27.09□□□□□ -1.277e-7■□□□□ 8.7
CPSF6Q16630 GIGYF2-231ENST00000474312 4687 ntTSL 26.96□□□□□ -1.31e-7■□□□□ 8.7
CPSF6Q16630 NPM1-211ENST00000523622 247 ntTSL 36.02□□□□□ -1.457e-7■□□□□ 8.7
CPSF6Q16630 NPM1-203ENST00000393820 1598 ntTSL 1 (best) BASIC5.96□□□□□ -1.467e-7■□□□□ 8.7
CPSF6Q16630 NPM1-210ENST00000523339 268 ntTSL 24.05□□□□□ -1.767e-7■□□□□ 8.7
CPSF6Q16630 ARGLU1-204ENST00000472226 1336 ntTSL 29.48□□□□□ -0.892e-6■□□□□ 8.7
CPSF6Q16630 MRPS5-201ENST00000272418 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.327e-8■□□□□ 8.7
CPSF6Q16630 MRPS5-206ENST00000475895 1672 ntTSL 215.43■□□□□ 0.067e-8■□□□□ 8.7
CPSF6Q16630 MRPS5-202ENST00000345084 1359 ntTSL 211.25□□□□□ -0.617e-8■□□□□ 8.7
CPSF6Q16630 GMNN-203ENST00000378054 653 ntTSL 316.7■□□□□ 0.262e-7■□□□□ 8.7
CPSF6Q16630 GMNN-201ENST00000230056 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.86□□□□□ -0.032e-7■□□□□ 8.7
CPSF6Q16630 GMNN-207ENST00000620958 1039 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.58□□□□□ -0.562e-7■□□□□ 8.7
CPSF6Q16630 GMNN-202ENST00000356509 1133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.32□□□□□ -0.62e-7■□□□□ 8.7
CPSF6Q16630 MYC-205ENST00000524013 2150 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.548e-7■□□□□ 8.6
CPSF6Q16630 MYC-207ENST00000621592 2366 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.478e-7■□□□□ 8.6
CPSF6Q16630 MYC-202ENST00000377970 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.278e-7■□□□□ 8.6
CPSF6Q16630 RANGAP1-201ENST00000356244 3060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.17□□□□□ -0.464e-9■□□□□ 8.6
CPSF6Q16630 RANGAP1-202ENST00000405486 3469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.4□□□□□ -0.594e-9■□□□□ 8.6
CPSF6Q16630 RANGAP1-207ENST00000455915 4222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.28□□□□□ -0.764e-9■□□□□ 8.6
CPSF6Q16630 CSDE1-217ENST00000534699 2667 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC9.6□□□□□ -0.873e-7■□□□□ 8.6
CPSF6Q16630 CSDE1-212ENST00000529046 571 ntTSL 47.91□□□□□ -1.143e-7■□□□□ 8.6
CPSF6Q16630 CSDE1-214ENST00000530886 3459 ntTSL 5 BASIC7.54□□□□□ -1.23e-7■□□□□ 8.6
CPSF6Q16630 CSDE1-218ENST00000610726 4312 ntTSL 5 BASIC7.3□□□□□ -1.243e-7■□□□□ 8.6
CPSF6Q16630 CSDE1-201ENST00000261443 3228 ntTSL 1 (best) BASIC6.93□□□□□ -1.33e-7■□□□□ 8.6
CPSF6Q16630 CSDE1-205ENST00000438362 4167 ntTSL 1 (best) BASIC6.65□□□□□ -1.343e-7■□□□□ 8.6
CPSF6Q16630 CSDE1-203ENST00000358528 4076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.51□□□□□ -1.373e-7■□□□□ 8.6
CPSF6Q16630 CSDE1-204ENST00000369530 3774 ntTSL 1 (best) BASIC6.34□□□□□ -1.393e-7■□□□□ 8.6
CPSF6Q16630 CSDE1-202ENST00000339438 4006 ntTSL 1 (best) BASIC5.14□□□□□ -1.593e-7■□□□□ 8.6
CPSF6Q16630 CSDE1-209ENST00000525132 521 ntTSL 54.28□□□□□ -1.723e-7■□□□□ 8.6
CPSF6Q16630 CSDE1-216ENST00000534389 601 ntTSL 43.89□□□□□ -1.793e-7■□□□□ 8.6
CPSF6Q16630 PIEZO1-203ENST00000419505 1635 ntTSL 1 (best)19.11■□□□□ 0.654e-10■□□□□ 8.6
CPSF6Q16630 PIEZO1-208ENST00000484567 2464 ntTSL 217.41■□□□□ 0.384e-10■□□□□ 8.6
CPSF6Q16630 PIEZO1-202ENST00000327397 1246 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.374e-10■□□□□ 8.6
CPSF6Q16630 PIEZO1-201ENST00000301015 8072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.244e-10■□□□□ 8.6
CPSF6Q16630 PIEZO1-211ENST00000495568 901 ntTSL 210.88□□□□□ -0.674e-10■□□□□ 8.6
CPSF6Q16630 SRSF2-210ENST00000589919 595 ntTSL 26.69□□□□□ -1.342e-12■□□□□ 8.6
CPSF6Q16630 YBX1-203ENST00000436427 1524 ntTSL 1 (best)20.58■□□□□ 0.898e-7■□□□□ 8.5
CPSF6Q16630 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.848e-7■□□□□ 8.5
CPSF6Q16630 YBX1-202ENST00000332220 776 ntTSL 519.88■□□□□ 0.778e-7■□□□□ 8.5
CPSF6Q16630 YBX1-204ENST00000467957 770 ntTSL 217.52■□□□□ 0.48e-7■□□□□ 8.5
CPSF6Q16630 HNRNPR-204ENST00000427764 1788 ntTSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.051e-7■□□□□ 8.5
CPSF6Q16630 HNRNPR-212ENST00000606561 1837 ntTSL 2 BASIC14.54□□□□□ -0.081e-7■□□□□ 8.5
CPSF6Q16630 HNRNPR-203ENST00000374616 2691 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.551e-7■□□□□ 8.5
CPSF6Q16630 HNRNPR-202ENST00000374612 2694 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC11.6□□□□□ -0.551e-7■□□□□ 8.5
CPSF6Q16630 HNRNPR-201ENST00000302271 2629 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.22□□□□□ -0.611e-7■□□□□ 8.5
CPSF6Q16630 HNRNPR-205ENST00000463552 837 ntTSL 48.05□□□□□ -1.121e-7■□□□□ 8.5
CPSF6Q16630 HNRNPR-208ENST00000476451 814 ntTSL 48.05□□□□□ -1.121e-7■□□□□ 8.5
CPSF6Q16630 HNRNPR-210ENST00000478691 7646 ntTSL 1 (best) BASIC7.67□□□□□ -1.181e-7■□□□□ 8.5
Retrieved 100 of 2,582 protein–RNA pairs in 25.7 ms