Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY12

SCAPER, S phase cyclin A-associated protein in the endoplasmic reticulum, humanhuman

Predictions only

Length 1,400 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCAPERQ9BY12 SLC35B2-206ENST00000615337 2014 ntTSL 4 BASIC22.02■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 YWHAE-208ENST00000571732 1818 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 KIR2DS4-201ENST00000339924 1608 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 FGD4-203ENST00000472289 1629 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 LGALS12-202ENST00000340246 1425 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 ACOT7-210ENST00000608083 1403 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 ARID5A-203ENST00000454558 3079 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 TMC3-AS1-203ENST00000559781 2195 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 ELOF1-203ENST00000586683 2154 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 POMK-201ENST00000331373 1865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 RNF187-201ENST00000305943 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 PRDM8-201ENST00000339711 4095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 PCIF1-201ENST00000372409 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 FOLH1-201ENST00000256999 2635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 SMARCA4-203ENST00000429416 5691 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 MMP17-206ENST00000535291 2301 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 AC016757.1-202ENST00000409376 892 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 AC112487.1-201ENST00000498032 1097 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 AC226150.1-201ENST00000544259 466 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 ELP5-212ENST00000574255 671 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 DUSP22-213ENST00000605035 1231 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 LCORL-203ENST00000382226 5009 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 FLAD1-205ENST00000368431 1803 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 CALU-205ENST00000535011 3210 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 FGF7P3-202ENST00000640245 1707 ntTSL 4 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 TRIM7-201ENST00000274773 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 SGCE-205ENST00000437425 1508 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 E2F2-201ENST00000361729 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 TRPC4AP-202ENST00000451813 3138 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 CXXC1-201ENST00000285106 2936 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 PHC1-212ENST00000543824 4292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 PSMC3-213ENST00000619920 1580 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 WDR20-211ENST00000556807 2382 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 TRPC1-201ENST00000273482 4324 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 LONRF3-201ENST00000304778 2989 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 PUS1-208ENST00000542167 2151 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 OR2V1-201ENST00000329365 948 ntAPPRIS P1 BASIC22■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 CYB561D1-203ENST00000393709 620 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC22■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 RPA3-202ENST00000396682 847 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 PLAC9P1-201ENST00000397540 389 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 AC093673.1-201ENST00000429630 648 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 EMP1-203ENST00000431267 1039 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 AP001062.3-202ENST00000444409 619 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 DMKN-229ENST00000467637 827 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 AC015917.2-201ENST00000580714 493 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 TXNDC9-201ENST00000264255 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 MAP1LC3B-201ENST00000268607 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 ATF4-202ENST00000396680 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 YTHDF3-212ENST00000621413 2370 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 LINC00963-203ENST00000423918 1654 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 SOWAHC-201ENST00000356454 4657 ntAPPRIS P1 BASIC22■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 DRC3-202ENST00000399182 1923 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 CTBP2P8-201ENST00000422584 1330 ntBASIC22■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 PLEKHN1-201ENST00000379407 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 AL353803.2-201ENST00000436510 1846 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 SCUBE2-202ENST00000450649 2912 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 DUS2-207ENST00000565263 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 DIABLO-208ENST00000464942 2569 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 MIB2-217ENST00000504599 3311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 ZNF48-205ENST00000613509 3339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 AC010096.1-201ENST00000443897 1709 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 CAMK2D-211ENST00000511664 2210 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 P2RX5-207ENST00000551178 1863 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 SSR4P1-203ENST00000599569 2260 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 ARHGEF3-212ENST00000495373 2024 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 PTPN12-201ENST00000248594 3406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 CRYGC-201ENST00000282141 629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 PLAC9-203ENST00000372270 534 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 ZNRD1-203ENST00000376782 736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 TRBV4-1-201ENST00000390357 373 ntAPPRIS P1 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 TRBV4-2-201ENST00000390392 455 ntAPPRIS P1 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 CXorf40A-205ENST00000423540 1208 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 AL663074.1-201ENST00000436642 299 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 LINC02228-201ENST00000507600 534 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 AC012213.1-201ENST00000517376 722 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 AP005264.1-201ENST00000586226 733 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 FXYD3-204ENST00000603181 758 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 AL118522.1-201ENST00000611368 560 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 SNRPA1-216ENST00000626000 539 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 AC027559.1-203ENST00000635726 517 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 NFYC-215ENST00000456393 1911 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 TRMT11-201ENST00000334379 1565 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 MROH4P-201ENST00000431302 1578 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 CCL18-201ENST00000616054 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 LAMA1-209ENST00000638611 1310 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 CCDC120-202ENST00000496529 2415 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 GAS7-213ENST00000580865 2417 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 AL138752.2-201ENST00000540557 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 TUBA3C-202ENST00000618094 1386 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 NINL-201ENST00000278886 4969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 PYCR3-201ENST00000220966 2678 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 MBD3L3-201ENST00000333843 775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 NME4-203ENST00000397722 1232 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 RN7SL23P-201ENST00000484055 275 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 AC026191.1-204ENST00000517846 608 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 SNHG25-202ENST00000582965 278 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 AL356417.2-202ENST00000608986 532 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 AL137793.2-201ENST00000632635 659 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 PRAL-201ENST00000624952 3286 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 LINC00905-203ENST00000588838 1414 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 86.5 ms