Protein–RNA interactions for Protein: P28068

HLA-DMB, HLA class II histocompatibility antigen, DM beta chain, humanhuman

Predictions only

Length 263 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HLA-DMBP28068 ITGBL1-207ENST00000622834 2369 ntTSL 5 BASIC11.64□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 PREP-201ENST00000369110 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 KLHL33-203ENST00000637228 5404 ntTSL 5 BASIC11.64□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 ST3GAL3-208ENST00000361392 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 ZNF398-205ENST00000491174 2232 ntTSL 2 BASIC11.64□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 MYOZ1-201ENST00000359322 1541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 CDH20-201ENST00000262717 3882 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.64□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 CTNS-202ENST00000381870 2470 ntTSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 GDPD3-202ENST00000406256 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 SLC4A7-210ENST00000440156 4120 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 S1PR2-201ENST00000590320 3582 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.64□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 HNRNPU-226ENST00000640218 6858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 TJP2-208ENST00000535702 3984 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.64□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 SF1-209ENST00000433274 2317 ntTSL 2 BASIC11.64□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 PCDHA9-202ENST00000532602 6293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 CCNDBP1-201ENST00000300213 3660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 COPS3-201ENST00000268717 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 SLC27A3-201ENST00000271857 3351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.64□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 RNPS1-216ENST00000565678 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 KCTD10-208ENST00000540089 3096 ntTSL 2 BASIC11.63□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 ERN2-202ENST00000457008 3169 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 RTP1-201ENST00000312295 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 TM4SF19-AS1-203ENST00000452051 1829 ntTSL 2 BASIC11.63□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 C5orf66-206ENST00000624272 2479 ntTSL 2 BASIC11.63□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 ACOT9-201ENST00000336430 1675 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 G6PD-203ENST00000393564 1661 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.63□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 PNPLA3-201ENST00000216180 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 CATSPER4-202ENST00000456354 1912 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 STIP1-207ENST00000538945 1900 ntTSL 2 BASIC11.63□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 BBS1-225ENST00000630659 1934 ntTSL 5 BASIC11.63□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 POM121-202ENST00000395270 7011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 C2orf40-201ENST00000238044 789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 EIF5A-201ENST00000336452 1256 ntTSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 AQP7-204ENST00000379506 1062 ntTSL 2 BASIC11.63□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 FAM221A-202ENST00000409192 888 ntTSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 AL022316.1-201ENST00000428765 572 ntTSL 4 BASIC11.63□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 NAGK-205ENST00000443938 1221 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC11.63□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 NECAP2-203ENST00000457722 935 ntTSL 2 BASIC11.63□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 NDUFAF2-203ENST00000511107 586 ntTSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 AC106897.1-201ENST00000512874 394 ntTSL 2 BASIC11.63□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 FAM92A-214ENST00000522324 1072 ntTSL 2 BASIC11.63□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 MTFR1L-218ENST00000526894 733 ntTSL 4 BASIC11.63□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 TMSB15B-204ENST00000540220 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 AC004846.2-201ENST00000556578 777 ntTSL 3 BASIC11.63□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 TMSB15B-205ENST00000563257 590 ntTSL 4 BASIC11.63□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 HPSE2-205ENST00000614306 447 ntTSL 5 BASIC11.63□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 FAM92A-219ENST00000620645 1014 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.63□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 SERF2-217ENST00000630046 862 ntTSL 5 BASIC11.63□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 POU2F2-207ENST00000529067 2657 ntTSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 TTC7A-202ENST00000394850 4306 ntTSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 TEKT4-201ENST00000295201 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 SCLY-202ENST00000409736 1774 ntTSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 PTPRU-205ENST00000460170 5337 ntTSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 COPS7B-224ENST00000620578 2500 ntTSL 2 BASIC11.63□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 TMCC2-202ENST00000330675 2780 ntTSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 SFMBT1-201ENST00000394752 4548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 UBE4B-201ENST00000253251 4772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 SLC26A10-201ENST00000320442 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 VWCE-202ENST00000335613 3640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 NR1H3-211ENST00000441012 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 HIF3A-218ENST00000600383 2101 ntTSL 2 BASIC11.63□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 IGDCC3-201ENST00000327987 4479 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 NYAP1-201ENST00000300179 3581 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.63□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 E2F6-201ENST00000307236 3317 ntTSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 PRRT3-202ENST00000411976 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 EHF-210ENST00000531794 1481 ntTSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 CLN3-229ENST00000567963 1452 ntTSL 5 BASIC11.63□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 LDLR-202ENST00000455727 2333 ntTSL 2 BASIC11.63□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 SLC40A1-201ENST00000261024 3442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 AC138028.2-202ENST00000567968 4528 ntTSL 2 BASIC11.63□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 FZD5-201ENST00000295417 6708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 TRAPPC8-201ENST00000283351 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 PRPS1-204ENST00000372435 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 TMEM132E-203ENST00000631683 4379 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC11.63□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 KRBOX4-202ENST00000344302 2774 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.62□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 ZDHHC11-209ENST00000511539 1303 ntTSL 1 (best) BASIC11.62□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 ZDHHC11B-204ENST00000622126 1301 ntTSL 5 BASIC11.62□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 ACRBP-201ENST00000229243 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.62□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 LARP4-219ENST00000614335 1949 ntTSL 5 BASIC11.62□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 RNF182-208ENST00000544682 3495 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC11.62□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 ZNF785-202ENST00000470110 2867 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.62□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 AC002310.1-201ENST00000457283 1445 ntTSL 2 BASIC11.62□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 CD2BP2-203ENST00000569466 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.62□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 RPL15-201ENST00000307839 2730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.62□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 CRYBG1-204ENST00000633556 9909 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.62□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 FES-203ENST00000394302 2133 ntTSL 5 BASIC11.62□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 SYP-201ENST00000263233 2498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.62□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 VWA5B2-202ENST00000426955 4120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.62□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 MOG-215ENST00000376888 1529 ntTSL 1 (best) BASIC11.62□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 CEP164-201ENST00000278935 5630 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.62□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 RIOX2-202ENST00000360258 2232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.62□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 PAPOLA-223ENST00000557320 3264 ntTSL 1 (best) BASIC11.62□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 B3GNT7-201ENST00000287590 3706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.62□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 SLC6A20-204ENST00000456124 2662 ntTSL 1 (best) BASIC11.62□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 AC011455.3-201ENST00000599996 1967 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.62□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 KIAA1468-201ENST00000256858 5579 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.62□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 SPG21-203ENST00000433215 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.62□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 PAM16-201ENST00000318059 587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.62□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 CIB3-202ENST00000379859 467 ntTSL 1 (best) BASIC11.62□□□□□ -0.55
HLA-DMBP28068 RETN-202ENST00000381324 249 ntTSL 1 (best) BASIC11.62□□□□□ -0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.2 ms