RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000268717.9

COPS3-201, Transcript of COP9 signalosome subunit 3, humanhuman

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene COPS3, Length 1,641 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COPS3-201ENST00000268717 NISCHQ9Y2I1 1504 aa35.18■■■■□ 3.22
COPS3-201ENST00000268717 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa31.36■■■□□ 2.61
COPS3-201ENST00000268717 ABCC9O60706 1549 aa30.74■■■□□ 2.51
COPS3-201ENST00000268717 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa29.55■■■□□ 2.32
COPS3-201ENST00000268717 NACADO15069 1562 aa29.49■■■□□ 2.31
COPS3-201ENST00000268717 DCAF8L2P0C7V8 631 aa29.38■■■□□ 2.29
COPS3-201ENST00000268717 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP29.29■■■□□ 2.28
COPS3-201ENST00000268717 MYO15BQ96JP2 1530 aa29.28■■■□□ 2.28
COPS3-201ENST00000268717 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa29.11■■■□□ 2.25
COPS3-201ENST00000268717 UNC13AQ9UPW8 1703 aa28.94■■■□□ 2.22
COPS3-201ENST00000268717 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP28.69■■■□□ 2.18
COPS3-201ENST00000268717 BICRAQ9NZM4 1560 aa28.67■■■□□ 2.18
COPS3-201ENST00000268717 SCRIBQ14160 1630 aa28.58■■■□□ 2.17
COPS3-201ENST00000268717 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa28.35■■■□□ 2.13
COPS3-201ENST00000268717 DNAJC5BQ9UF47 199 aa28.32■■■□□ 2.12
COPS3-201ENST00000268717 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP27.92■■■□□ 2.06
COPS3-201ENST00000268717 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa27.84■■■□□ 2.05
COPS3-201ENST00000268717 CECR2Q9BXF3 1484 aa27.64■■■□□ 2.02
COPS3-201ENST00000268717 SMARCA4P51532 1647 aa27.34■■□□□ 1.97
COPS3-201ENST00000268717 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP27.28■■□□□ 1.96
COPS3-201ENST00000268717 NCAPD3P42695 1498 aa27.2■■□□□ 1.94
COPS3-201ENST00000268717 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa27.2■■□□□ 1.94
COPS3-201ENST00000268717 SMARCA2P51531 1590 aa27.17■■□□□ 1.94
COPS3-201ENST00000268717 MROH2BQ7Z745 1585 aa27.11■■□□□ 1.93
COPS3-201ENST00000268717 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP27.1■■□□□ 1.93
COPS3-201ENST00000268717 PEG3Q9GZU2 1588 aa27.08■■□□□ 1.93
COPS3-201ENST00000268717 HMGXB3Q12766 1538 aa27.08■■□□□ 1.93
COPS3-201ENST00000268717 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP26.97■■□□□ 1.91
COPS3-201ENST00000268717 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP26.91■■□□□ 1.9
COPS3-201ENST00000268717 WIZO95785 1651 aa26.83■■□□□ 1.89
COPS3-201ENST00000268717 NESP48681 1621 aa26.59■■□□□ 1.85
COPS3-201ENST00000268717 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP26.53■■□□□ 1.84
COPS3-201ENST00000268717 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa26.52■■□□□ 1.84
COPS3-201ENST00000268717 ERCC6Q03468 1493 aa26.51■■□□□ 1.83
COPS3-201ENST00000268717 CADPSQ9ULU8 1353 aa26.4■■□□□ 1.82
COPS3-201ENST00000268717 PDS5BQ9NTI5 1447 aa26.32■■□□□ 1.8
COPS3-201ENST00000268717 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa26.31■■□□□ 1.8
COPS3-201ENST00000268717 CUX2O14529 1486 aa26.29■■□□□ 1.8
COPS3-201ENST00000268717 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP26.24■■□□□ 1.79
COPS3-201ENST00000268717 CFTRP13569 1480 aa26.23■■□□□ 1.79
COPS3-201ENST00000268717 CCDC88BA6NC98 1476 aa26.2■■□□□ 1.78
COPS3-201ENST00000268717 FANCD2Q9BXW9 1451 aa26.1■■□□□ 1.77
COPS3-201ENST00000268717 CHIC1Q5VXU3 224 aa26.09■■□□□ 1.77
COPS3-201ENST00000268717 PRDM2Q13029 1718 aa26.09■■□□□ 1.77
COPS3-201ENST00000268717 CEP164Q9UPV0 1460 aa26.07■■□□□ 1.76
COPS3-201ENST00000268717 MRC2Q9UBG0 1479 aa26.06■■□□□ 1.76
COPS3-201ENST00000268717 WDR62O43379 1518 aa26■■□□□ 1.75
COPS3-201ENST00000268717 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP25.85■■□□□ 1.73
COPS3-201ENST00000268717 TOPBP1Q92547 1522 aa25.68■■□□□ 1.7
COPS3-201ENST00000268717 ABCC8Q09428 1581 aa25.65■■□□□ 1.7
COPS3-201ENST00000268717 DNMBPQ6XZF7 1577 aa25.64■■□□□ 1.7
COPS3-201ENST00000268717 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa25.59■■□□□ 1.69
COPS3-201ENST00000268717 TRIM41Q8WV44 630 aa25.57■■□□□ 1.68
COPS3-201ENST00000268717 IFT140Q96RY7 1462 aa25.53■■□□□ 1.68
COPS3-201ENST00000268717 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP25.45■■□□□ 1.67
COPS3-201ENST00000268717 CUX1P39880 1505 aa25.44■■□□□ 1.66
COPS3-201ENST00000268717 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP25.43■■□□□ 1.66
COPS3-201ENST00000268717 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP25.43■■□□□ 1.66
COPS3-201ENST00000268717 FGD5Q6ZNL6 1462 aa25.37■■□□□ 1.65
COPS3-201ENST00000268717 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP25.35■■□□□ 1.65
COPS3-201ENST00000268717 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa25.33■■□□□ 1.65
COPS3-201ENST00000268717 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP25.33■■□□□ 1.65
COPS3-201ENST00000268717 SOGA1O94964 1423 aa25.32■■□□□ 1.64
COPS3-201ENST00000268717 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP25.26■■□□□ 1.633e-7■■■■■ 36.6
COPS3-201ENST00000268717 WDR97A6NE52 1622 aa25.22■■□□□ 1.63
COPS3-201ENST00000268717 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa25.22■■□□□ 1.63
COPS3-201ENST00000268717 TOP2BQ02880 1626 aa25.21■■□□□ 1.63
COPS3-201ENST00000268717 SYNJ1O43426 1573 aa25.19■■□□□ 1.62
COPS3-201ENST00000268717 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP25.19■■□□□ 1.62
COPS3-201ENST00000268717 OSCARQ8IYS5 282 aa25.15■■□□□ 1.62
COPS3-201ENST00000268717 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa25.12■■□□□ 1.61
COPS3-201ENST00000268717 EEA1Q15075 1411 aa25.11■■□□□ 1.61
COPS3-201ENST00000268717 CHD1O14646 1710 aa25.07■■□□□ 1.6
COPS3-201ENST00000268717 GRIN2BQ13224 1484 aa25.05■■□□□ 1.6
COPS3-201ENST00000268717 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa25.05■■□□□ 1.6
COPS3-201ENST00000268717 PBRM1Q86U86 1689 aa25.04■■□□□ 1.6
COPS3-201ENST00000268717 GAPVD1Q14C86 1478 aa25.04■■□□□ 1.6
COPS3-201ENST00000268717 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa25.03■■□□□ 1.6
COPS3-201ENST00000268717 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP25.01■■□□□ 1.59
COPS3-201ENST00000268717 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP25.01■■□□□ 1.59
COPS3-201ENST00000268717 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa24.98■■□□□ 1.59
COPS3-201ENST00000268717 FBLN2P98095 1184 aa24.95■■□□□ 1.58
COPS3-201ENST00000268717 SYNJ2O15056 1496 aa24.9■■□□□ 1.58
COPS3-201ENST00000268717 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP24.88■■□□□ 1.57
COPS3-201ENST00000268717 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa24.84■■□□□ 1.57
COPS3-201ENST00000268717 CSRNP3Q8WYN3 585 aa24.83■■□□□ 1.57
COPS3-201ENST00000268717 ERICH3Q5RHP9 1530 aa24.82■■□□□ 1.56
COPS3-201ENST00000268717 ADAMTS12P58397 1594 aa24.82■■□□□ 1.56
COPS3-201ENST00000268717 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa24.8■■□□□ 1.56
COPS3-201ENST00000268717 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa24.8■■□□□ 1.56
COPS3-201ENST00000268717 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa24.8■■□□□ 1.56
COPS3-201ENST00000268717 ARHGEF11O15085 1522 aa24.78■■□□□ 1.56
COPS3-201ENST00000268717 CLASP1Q7Z460 1538 aa24.77■■□□□ 1.56
COPS3-201ENST00000268717 FHAD1B1AJZ9 1412 aa24.74■■□□□ 1.55
COPS3-201ENST00000268717 GRIN2AQ12879 1464 aa24.73■■□□□ 1.55
COPS3-201ENST00000268717 KIF21BO75037 1637 aa24.7■■□□□ 1.55
COPS3-201ENST00000268717 KIF27Q86VH2 1401 aa24.7■■□□□ 1.55
COPS3-201ENST00000268717 GOLGA3Q08378 1498 aa24.68■■□□□ 1.54
COPS3-201ENST00000268717 EHMT2Q96KQ7 1210 aa24.66■■□□□ 1.54
COPS3-201ENST00000268717 TNIKQ9UKE5 1360 aa24.63■■□□□ 1.53
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 13.7 ms