Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 PCNX3-201ENST00000355703 7105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 RREB1-204ENST00000379938 8778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 CASC2-203ENST00000435944 3270 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 CBX2-201ENST00000269399 1061 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 SNHG11-201ENST00000359074 1031 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 YWHAZ-203ENST00000395951 964 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 AL161785.2-201ENST00000427080 966 ntTSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 CTDSP1-204ENST00000443891 1109 ntTSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 RHOA-206ENST00000454011 889 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 SPDYE18-201ENST00000510091 1050 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 AC004408.1-201ENST00000579256 573 ntTSL 4 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 AC107373.2-201ENST00000607735 490 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 PRKD2-202ENST00000433867 3321 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 KLF4-201ENST00000374672 2813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 TOMM70-201ENST00000284320 4409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 KLK8-211ENST00000600767 1324 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 NKIRAS2-201ENST00000307641 2948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 CNGB1-201ENST00000251102 5641 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 ERO1B-202ENST00000354619 4567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 RCAN3-202ENST00000374395 6802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 BEND3P1-201ENST00000421591 1944 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 ASNA1-204ENST00000591090 1368 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 PODN-207ENST00000618387 3065 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 PTPN20-206ENST00000395722 1995 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 WDR1-203ENST00000382452 3142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 KRT8P14-201ENST00000414254 1442 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 GLUL-202ENST00000331872 4364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 DISC1-209ENST00000439617 7059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 MED12L-203ENST00000422248 2757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 TBC1D26-206ENST00000579428 1583 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 MVK-214ENST00000629016 1591 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 DZIP1-203ENST00000361396 7418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 CLN3-201ENST00000333496 1608 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 FES-202ENST00000394300 2302 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 RPUSD2-201ENST00000315616 2358 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 KBTBD4-202ENST00000430070 2372 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 ARHGEF26-203ENST00000465817 2353 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 GNS-201ENST00000258145 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 FAM214B-202ENST00000378557 3070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 SHH-201ENST00000297261 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 RSPH9-201ENST00000372163 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 PKDREJ-201ENST00000253255 7693 ntAPPRIS P1 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 TRMT1-217ENST00000592062 2579 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 PHF14-215ENST00000634607 3407 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 ATL3-203ENST00000538786 1920 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 AL589740.1-203ENST00000433637 1984 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 CSGALNACT1-211ENST00000522854 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 OSBPL5-203ENST00000389989 3619 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 PDE3B-202ENST00000455098 3665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 AGGF1P1-201ENST00000509500 2073 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 FTH1-201ENST00000273550 1229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 DUPD1-201ENST00000338487 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 MB-201ENST00000359787 1170 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 EFNA4-202ENST00000368409 1263 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 FAM19A3-202ENST00000369630 1282 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 MB-202ENST00000397326 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 MB-203ENST00000397328 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 AP001062.3-201ENST00000422357 704 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 RPP21-224ENST00000442966 525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 SLC25A36-204ENST00000453248 1040 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 AC067863.1-201ENST00000494933 530 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 RCHY1-210ENST00000513257 759 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 LSM1-203ENST00000520755 975 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 AC124067.2-201ENST00000521989 510 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 FTH1-202ENST00000526640 786 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 INPPL1-207ENST00000538751 4656 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 AC027243.1-201ENST00000559539 758 ntTSL 3 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 IGHV3OR16-8-201ENST00000565407 349 ntAPPRIS P1 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 PLA2G15-209ENST00000566188 1203 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 ARL16-202ENST00000570561 768 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 AC040162.1-202ENST00000573493 573 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 AC104985.1-201ENST00000587528 507 ntTSL 3 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 SRD5A3P1-201ENST00000603021 949 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 GNB4-201ENST00000232564 6434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 ROBO1-209ENST00000495273 5600 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 ASTN2-206ENST00000361477 4001 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 FARP1-214ENST00000595437 4926 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 ADAMTS18-201ENST00000282849 5913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 NMRAL1-201ENST00000283429 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 MLXIPL-203ENST00000354613 3215 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 MAGIX-208ENST00000616266 3295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 MDM2-209ENST00000393412 1404 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 ECHDC1-220ENST00000528402 1449 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 PITPNC1-203ENST00000580974 6182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 CCDC47-201ENST00000225726 3466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 CKMT2-201ENST00000254035 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 CHRDL1-205ENST00000482160 1537 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 DYRK1A-203ENST00000398956 1590 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 IMPACT-201ENST00000284202 3792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 TAGLN2-202ENST00000368096 1603 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 MTA1-202ENST00000405646 2709 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 RNF222-202ENST00000399398 3062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 ANKLE1-201ENST00000394458 3218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 NMUR1-201ENST00000305141 3298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 DRC3-216ENST00000584166 1953 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 NELFA-202ENST00000382882 3343 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 EPB41L3-201ENST00000341928 4706 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 ZNF846-201ENST00000397902 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 GAS2L3-201ENST00000266754 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
LIMA1Q9UHB6 LINC01138-206ENST00000622328 2212 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.4 ms