Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 GNL3L-201ENST00000336470 2357 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.97□□□□□ -0.499e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 OFD1-209ENST00000490265 4259 ntTSL 211.9□□□□□ -0.59e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 SSRP1-201ENST00000278412 2819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.59e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 MDC1-201ENST00000376406 7576 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.83□□□□□ -0.529e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 RAD51D-215ENST00000588372 2214 ntTSL 511.82□□□□□ -0.529e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 KDM2B-204ENST00000536036 500 ntTSL 211.79□□□□□ -0.523e-6■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 MBTD1-202ENST00000405860 3224 ntTSL 511.79□□□□□ -0.529e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 TMEM51-AS1-201ENST00000310916 7100 ntTSL 2 BASIC11.79□□□□□ -0.529e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 RPL35A-206ENST00000464167 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.78□□□□□ -0.529e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 LYPLA2-202ENST00000374502 1072 ntTSL 2 BASIC11.72□□□□□ -0.539e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 PEX5-202ENST00000266564 3170 ntTSL 1 (best) BASIC11.67□□□□□ -0.549e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 FAM193A-208ENST00000513350 3727 ntAPPRIS ALT2 TSL 211.62□□□□□ -0.559e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 HYOU1-210ENST00000531968 550 ntTSL 411.56□□□□□ -0.569e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 PRKACA-210ENST00000593092 922 ntTSL 211.52□□□□□ -0.579e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 ZC3H18-207ENST00000566317 628 ntTSL 211.48□□□□□ -0.579e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 RAD51D-221ENST00000592577 762 ntTSL 511.48□□□□□ -0.579e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 FANCA-204ENST00000534992 1088 ntTSL 1 (best) BASIC11.46□□□□□ -0.579e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 ATP9B-204ENST00000490210 7353 ntTSL 1 (best)11.45□□□□□ -0.589e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 CFAP43-202ENST00000357060 5365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.44□□□□□ -0.589e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 RAD51D-212ENST00000587405 676 ntTSL 511.43□□□□□ -0.589e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 PKN1-208ENST00000586900 550 ntTSL 311.38□□□□□ -0.599e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 MSRB1-205ENST00000564908 550 ntTSL 3 BASIC11.3□□□□□ -0.69e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 LYRM4-203ENST00000458438 941 ntTSL 211.29□□□□□ -0.69e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 ZC3H18-209ENST00000566660 583 ntTSL 211.29□□□□□ -0.69e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 LYRM4-205ENST00000464010 1401 ntTSL 3 BASIC11.28□□□□□ -0.69e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 LYRM4-206ENST00000468929 1168 ntTSL 1 (best) BASIC11.26□□□□□ -0.619e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 PHB-206ENST00000504124 796 ntTSL 511.16□□□□□ -0.629e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 SLC26A11-213ENST00000573809 523 ntTSL 411.14□□□□□ -0.639e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 NAA60-205ENST00000424546 1149 ntTSL 2 BASIC11.13□□□□□ -0.639e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 CSNK1E-213ENST00000495232 669 ntTSL 211.11□□□□□ -0.632e-12■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 ZC3H18-206ENST00000565583 1068 ntTSL 211.02□□□□□ -0.659e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 ATP9B-203ENST00000458297 1507 ntTSL 1 (best) BASIC10.99□□□□□ -0.659e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 PRKACA-202ENST00000350356 3105 ntTSL 210.98□□□□□ -0.659e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 CSNK1E-202ENST00000366216 1005 ntTSL 210.96□□□□□ -0.652e-12■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 GNL3L-202ENST00000360845 2135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.96□□□□□ -0.669e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 WDR46-238ENST00000488944 538 ntTSL 310.94□□□□□ -0.669e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 WDR46-236ENST00000477718 941 ntTSL 510.92□□□□□ -0.669e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 SUCLG2-204ENST00000493112 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.92□□□□□ -0.669e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 VEGFA-216ENST00000512683 475 ntTSL 1 (best)10.75□□□□□ -0.693e-12■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 SFXN5-219ENST00000488839 671 ntTSL 310.74□□□□□ -0.699e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 LYPLA2-203ENST00000374503 868 ntTSL 2 BASIC10.67□□□□□ -0.79e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 MAN2C1-231ENST00000566253 549 ntTSL 410.66□□□□□ -0.79e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 ENTPD6-214ENST00000463734 639 ntTSL 210.64□□□□□ -0.719e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 PEX5-216ENST00000543974 548 ntTSL 510.62□□□□□ -0.719e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 PRKACA-208ENST00000589994 1127 ntTSL 2 BASIC10.6□□□□□ -0.719e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 NAA60-220ENST00000573580 758 ntTSL 4 BASIC10.55□□□□□ -0.729e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 PHB-211ENST00000511933 852 ntTSL 210.46□□□□□ -0.739e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 MDC1-207ENST00000492462 819 ntTSL 310.42□□□□□ -0.749e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 FANCA-218ENST00000565582 812 ntTSL 310.28□□□□□ -0.769e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 NAA60-221ENST00000573593 565 ntTSL 410.27□□□□□ -0.779e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 ATP9B-202ENST00000426216 4361 ntTSL 5 BASIC10.23□□□□□ -0.779e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 PEX5-210ENST00000536883 575 ntTSL 410.18□□□□□ -0.789e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 PSAP-203ENST00000493143 576 ntTSL 210.17□□□□□ -0.782e-12■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 WDR59-208ENST00000563111 583 ntTSL 410.13□□□□□ -0.799e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 GRIPAP1-209ENST00000611757 3255 ntTSL 210.08□□□□□ -0.89e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 LYRM4-201ENST00000330636 7312 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.06□□□□□ -0.89e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 PSMA5-204ENST00000490870 1667 ntTSL 1 (best)9.97□□□□□ -0.819e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 PRR7-AS1-201ENST00000425316 741 ntTSL 3 BASIC9.97□□□□□ -0.819e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 FAM193A-210ENST00000545951 3987 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC9.96□□□□□ -0.819e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 WDR46-232ENST00000444176 968 ntTSL 59.86□□□□□ -0.839e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 ROBO1-204ENST00000467549 4841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.83□□□□□ -0.849e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 SNRPC-203ENST00000374018 600 ntTSL 5 BASIC9.8□□□□□ -0.849e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 SLC2A3-207ENST00000495813 1784 ntTSL 29.7□□□□□ -0.869e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 COPS6-208ENST00000474823 752 ntTSL 29.7□□□□□ -0.869e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 PELP1-206ENST00000571170 555 ntTSL 29.62□□□□□ -0.879e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 NAA60-227ENST00000574950 584 ntTSL 49.6□□□□□ -0.879e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 NAV2-206ENST00000525322 2716 ntTSL 29.47□□□□□ -0.899e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 FANCA-205ENST00000543736 1000 ntTSL 1 (best) BASIC9.42□□□□□ -0.99e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 AC025283.2-202ENST00000575785 560 ntTSL 49.39□□□□□ -0.919e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 MAPK8IP3-205ENST00000562042 330 ntTSL 39.26□□□□□ -0.939e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 NAA60-230ENST00000575733 700 ntTSL 49.13□□□□□ -0.959e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 TMEM170A-204ENST00000567796 734 ntTSL 5 BASIC9.04□□□□□ -0.969e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 PHB-205ENST00000446735 732 ntTSL 58.98□□□□□ -0.979e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 PEX5-211ENST00000537873 522 ntTSL 48.94□□□□□ -0.989e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 MCMBP-203ENST00000466047 2298 ntTSL 28.89□□□□□ -0.999e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 JAG1-206ENST00000617357 580 ntTSL 28.72□□□□□ -1.019e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 RNF24-203ENST00000432261 3149 ntTSL 5 BASIC8.71□□□□□ -1.019e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 PELP1-203ENST00000570387 567 ntTSL 58.62□□□□□ -1.039e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 ROBO1-202ENST00000464233 6742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC8.6□□□□□ -1.039e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 KCTD2-204ENST00000579230 950 ntTSL 1 (best)8.54□□□□□ -1.049e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 MSL1-207ENST00000580086 2638 ntTSL 28.49□□□□□ -1.059e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 NAA60-206ENST00000570372 398 ntTSL 58.34□□□□□ -1.079e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 NAA60-222ENST00000573617 279 ntTSL 28.34□□□□□ -1.079e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 CCNG2-205ENST00000509972 1549 ntTSL 2 BASIC8.3□□□□□ -1.089e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 PSMA5-206ENST00000538610 1504 ntTSL 1 (best) BASIC8.27□□□□□ -1.099e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 NAA60-218ENST00000573201 657 ntTSL 38.07□□□□□ -1.129e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 SSRP1-205ENST00000635721 675 ntTSL 57.89□□□□□ -1.159e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 PHB-203ENST00000419140 907 ntTSL 57.88□□□□□ -1.159e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 PHB-212ENST00000512041 694 ntTSL 37.88□□□□□ -1.159e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 PSAP-206ENST00000633965 500 ntTSL 57.79□□□□□ -1.162e-12■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 ROBO1-211ENST00000498428 3566 ntTSL 27.76□□□□□ -1.179e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 MDC1-203ENST00000417033 916 ntTSL 27.74□□□□□ -1.179e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 NT5DC2-207ENST00000469616 453 ntTSL 27.63□□□□□ -1.199e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 SNRPC-204ENST00000474635 511 ntTSL 57.6□□□□□ -1.199e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 FANCG-207ENST00000476212 484 ntTSL 37.53□□□□□ -1.29e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 SFXN5-217ENST00000485057 447 ntTSL 57.45□□□□□ -1.229e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 COPS6-204ENST00000426712 716 ntTSL 37.44□□□□□ -1.229e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 MEST-214ENST00000462132 621 ntTSL 57.3□□□□□ -1.249e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 UBR4-212ENST00000475973 600 ntTSL 37.09□□□□□ -1.279e-7■■■■■ 44.5
SF3A3Q12874 KCTD2-206ENST00000581589 993 ntTSL 1 (best) BASIC7.07□□□□□ -1.289e-7■■■■■ 44.5
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