Protein–RNA interactions for Protein: Q9H1J1

UPF3A, Regulator of nonsense transcripts 3A, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF3AQ9H1J1 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
UPF3AQ9H1J1 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
UPF3AQ9H1J1 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
UPF3AQ9H1J1 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC26.08■■□□□ 1.77
UPF3AQ9H1J1 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC26.08■■□□□ 1.77
UPF3AQ9H1J1 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
UPF3AQ9H1J1 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
UPF3AQ9H1J1 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
UPF3AQ9H1J1 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
UPF3AQ9H1J1 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
UPF3AQ9H1J1 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
UPF3AQ9H1J1 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
UPF3AQ9H1J1 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
UPF3AQ9H1J1 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
UPF3AQ9H1J1 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
UPF3AQ9H1J1 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
UPF3AQ9H1J1 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
UPF3AQ9H1J1 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
UPF3AQ9H1J1 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
UPF3AQ9H1J1 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
UPF3AQ9H1J1 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
UPF3AQ9H1J1 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
UPF3AQ9H1J1 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
UPF3AQ9H1J1 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
UPF3AQ9H1J1 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
UPF3AQ9H1J1 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
UPF3AQ9H1J1 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
UPF3AQ9H1J1 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
UPF3AQ9H1J1 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
UPF3AQ9H1J1 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
UPF3AQ9H1J1 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
UPF3AQ9H1J1 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
UPF3AQ9H1J1 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
UPF3AQ9H1J1 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
UPF3AQ9H1J1 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
UPF3AQ9H1J1 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
UPF3AQ9H1J1 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.04■■□□□ 1.76
UPF3AQ9H1J1 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
UPF3AQ9H1J1 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
UPF3AQ9H1J1 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
UPF3AQ9H1J1 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
UPF3AQ9H1J1 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
UPF3AQ9H1J1 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
UPF3AQ9H1J1 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC26.03■■□□□ 1.76
UPF3AQ9H1J1 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
UPF3AQ9H1J1 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
UPF3AQ9H1J1 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
UPF3AQ9H1J1 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
UPF3AQ9H1J1 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
UPF3AQ9H1J1 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC26.02■■□□□ 1.76
UPF3AQ9H1J1 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
UPF3AQ9H1J1 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
UPF3AQ9H1J1 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
UPF3AQ9H1J1 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
UPF3AQ9H1J1 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
UPF3AQ9H1J1 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
UPF3AQ9H1J1 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC26.01■■□□□ 1.75
UPF3AQ9H1J1 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
UPF3AQ9H1J1 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
UPF3AQ9H1J1 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC26.01■■□□□ 1.75
UPF3AQ9H1J1 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
UPF3AQ9H1J1 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
UPF3AQ9H1J1 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
UPF3AQ9H1J1 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC26■■□□□ 1.75
UPF3AQ9H1J1 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
UPF3AQ9H1J1 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
UPF3AQ9H1J1 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
UPF3AQ9H1J1 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
UPF3AQ9H1J1 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
UPF3AQ9H1J1 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
UPF3AQ9H1J1 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC25.99■■□□□ 1.75
UPF3AQ9H1J1 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
UPF3AQ9H1J1 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC25.99■■□□□ 1.75
UPF3AQ9H1J1 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
UPF3AQ9H1J1 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC25.99■■□□□ 1.75
UPF3AQ9H1J1 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
UPF3AQ9H1J1 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC25.99■■□□□ 1.75
UPF3AQ9H1J1 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
UPF3AQ9H1J1 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
UPF3AQ9H1J1 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
UPF3AQ9H1J1 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC25.98■■□□□ 1.75
UPF3AQ9H1J1 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
UPF3AQ9H1J1 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC25.98■■□□□ 1.75
UPF3AQ9H1J1 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC25.98■■□□□ 1.75
UPF3AQ9H1J1 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
UPF3AQ9H1J1 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
UPF3AQ9H1J1 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
UPF3AQ9H1J1 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC25.98■■□□□ 1.75
UPF3AQ9H1J1 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
UPF3AQ9H1J1 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
UPF3AQ9H1J1 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
UPF3AQ9H1J1 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
UPF3AQ9H1J1 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
UPF3AQ9H1J1 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
UPF3AQ9H1J1 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
UPF3AQ9H1J1 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.97■■□□□ 1.75
UPF3AQ9H1J1 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC25.97■■□□□ 1.75
UPF3AQ9H1J1 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
UPF3AQ9H1J1 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
UPF3AQ9H1J1 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 79.2 ms