Protein–RNA interactions for Protein: Q4G0X9

CCDC40, Coiled-coil domain-containing protein 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,142 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC40Q4G0X9 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC40Q4G0X9 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC40Q4G0X9 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC40Q4G0X9 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC40Q4G0X9 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC40Q4G0X9 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC40Q4G0X9 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC40Q4G0X9 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
CCDC40Q4G0X9 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.67
CCDC40Q4G0X9 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
CCDC40Q4G0X9 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
CCDC40Q4G0X9 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CCDC40Q4G0X9 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CCDC40Q4G0X9 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
CCDC40Q4G0X9 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC40Q4G0X9 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC40Q4G0X9 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC40Q4G0X9 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC40Q4G0X9 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC40Q4G0X9 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC40Q4G0X9 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC40Q4G0X9 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC40Q4G0X9 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC40Q4G0X9 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC40Q4G0X9 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC40Q4G0X9 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CCDC40Q4G0X9 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CCDC40Q4G0X9 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CCDC40Q4G0X9 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CCDC40Q4G0X9 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CCDC40Q4G0X9 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CCDC40Q4G0X9 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CCDC40Q4G0X9 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CCDC40Q4G0X9 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CCDC40Q4G0X9 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CCDC40Q4G0X9 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CCDC40Q4G0X9 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CCDC40Q4G0X9 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CCDC40Q4G0X9 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
CCDC40Q4G0X9 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CCDC40Q4G0X9 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CCDC40Q4G0X9 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CCDC40Q4G0X9 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CCDC40Q4G0X9 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CCDC40Q4G0X9 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CCDC40Q4G0X9 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CCDC40Q4G0X9 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CCDC40Q4G0X9 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CCDC40Q4G0X9 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
CCDC40Q4G0X9 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.39■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC25.36■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CCDC40Q4G0X9 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 110.4 ms