Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
CCDC39Q9UFE4 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC26.83■■□□□ 1.89
CCDC39Q9UFE4 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
CCDC39Q9UFE4 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
CCDC39Q9UFE4 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
CCDC39Q9UFE4 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
CCDC39Q9UFE4 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
CCDC39Q9UFE4 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.88
CCDC39Q9UFE4 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.88
CCDC39Q9UFE4 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
CCDC39Q9UFE4 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
CCDC39Q9UFE4 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
CCDC39Q9UFE4 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
CCDC39Q9UFE4 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
CCDC39Q9UFE4 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
CCDC39Q9UFE4 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
CCDC39Q9UFE4 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
CCDC39Q9UFE4 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
CCDC39Q9UFE4 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
CCDC39Q9UFE4 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
CCDC39Q9UFE4 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
CCDC39Q9UFE4 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
CCDC39Q9UFE4 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC26.79■■□□□ 1.88
CCDC39Q9UFE4 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
CCDC39Q9UFE4 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC26.79■■□□□ 1.88
CCDC39Q9UFE4 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
CCDC39Q9UFE4 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
CCDC39Q9UFE4 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
CCDC39Q9UFE4 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
CCDC39Q9UFE4 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
CCDC39Q9UFE4 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
CCDC39Q9UFE4 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
CCDC39Q9UFE4 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
CCDC39Q9UFE4 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
CCDC39Q9UFE4 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
CCDC39Q9UFE4 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
CCDC39Q9UFE4 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CCDC39Q9UFE4 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
CCDC39Q9UFE4 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CCDC39Q9UFE4 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
CCDC39Q9UFE4 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
CCDC39Q9UFE4 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.88
CCDC39Q9UFE4 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.88
CCDC39Q9UFE4 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.88
CCDC39Q9UFE4 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.88
CCDC39Q9UFE4 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
CCDC39Q9UFE4 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
CCDC39Q9UFE4 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
CCDC39Q9UFE4 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
CCDC39Q9UFE4 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
CCDC39Q9UFE4 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
CCDC39Q9UFE4 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
CCDC39Q9UFE4 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CCDC39Q9UFE4 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
CCDC39Q9UFE4 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
CCDC39Q9UFE4 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
CCDC39Q9UFE4 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
CCDC39Q9UFE4 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
CCDC39Q9UFE4 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
CCDC39Q9UFE4 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
CCDC39Q9UFE4 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
CCDC39Q9UFE4 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
CCDC39Q9UFE4 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
CCDC39Q9UFE4 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
CCDC39Q9UFE4 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
CCDC39Q9UFE4 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
CCDC39Q9UFE4 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
CCDC39Q9UFE4 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
CCDC39Q9UFE4 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
CCDC39Q9UFE4 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
CCDC39Q9UFE4 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
CCDC39Q9UFE4 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
CCDC39Q9UFE4 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
CCDC39Q9UFE4 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
CCDC39Q9UFE4 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
CCDC39Q9UFE4 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC39Q9UFE4 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC39Q9UFE4 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC39Q9UFE4 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC39Q9UFE4 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC39Q9UFE4 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC39Q9UFE4 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC39Q9UFE4 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC39Q9UFE4 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC39Q9UFE4 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
CCDC39Q9UFE4 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
CCDC39Q9UFE4 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.87
CCDC39Q9UFE4 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC26.7■■□□□ 1.87
CCDC39Q9UFE4 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
CCDC39Q9UFE4 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
CCDC39Q9UFE4 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.3 ms