RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000491165.5

USF3-203, Transcript of upstream transcription factor family member 3, humanhuman

APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC

Gene USF3, Length 2,133 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3-203ENST00000491165 NISCHQ9Y2I1 1504 aa52.59■■■■■ 6.01
USF3-203ENST00000491165 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa46.23■■■■■ 4.99
USF3-203ENST00000491165 ABCC9O60706 1549 aa44.46■■■■■ 4.71
USF3-203ENST00000491165 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP44.03■■■■■ 4.64
USF3-203ENST00000491165 DCAF8L2P0C7V8 631 aa43.63■■■■■ 4.58
USF3-203ENST00000491165 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa43.44■■■■■ 4.54
USF3-203ENST00000491165 MYO15BQ96JP2 1530 aa43.22■■■■■ 4.51
USF3-203ENST00000491165 NACADO15069 1562 aa43.2■■■■■ 4.51
USF3-203ENST00000491165 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa43.03■■■■■ 4.48
USF3-203ENST00000491165 SCRIBQ14160 1630 aa42.44■■■■■ 4.39
USF3-203ENST00000491165 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa42.36■■■■■ 4.37
USF3-203ENST00000491165 UNC13AQ9UPW8 1703 aa42.31■■■■■ 4.36
USF3-203ENST00000491165 BICRAQ9NZM4 1560 aa41.86■■■■■ 4.29
USF3-203ENST00000491165 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP41.75■■■■■ 4.27
USF3-203ENST00000491165 CECR2Q9BXF3 1484 aa40.99■■■■■ 4.15
USF3-203ENST00000491165 MROH2BQ7Z745 1585 aa40.64■■■■■ 4.1
USF3-203ENST00000491165 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP40.64■■■■■ 4.1
USF3-203ENST00000491165 SMARCA4P51532 1647 aa40.62■■■■■ 4.09
USF3-203ENST00000491165 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP40.62■■■■■ 4.09
USF3-203ENST00000491165 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP40.49■■■■■ 4.07
USF3-203ENST00000491165 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP40.3■■■■■ 4.04
USF3-203ENST00000491165 WIZO95785 1651 aa40.3■■■■■ 4.04
USF3-203ENST00000491165 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa40.23■■■■■ 4.03
USF3-203ENST00000491165 PEG3Q9GZU2 1588 aa40.15■■■■■ 4.02
USF3-203ENST00000491165 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa40.13■■■■■ 4.01
USF3-203ENST00000491165 SMARCA2P51531 1590 aa40.04■■■■■ 4
USF3-203ENST00000491165 DNAJC5BQ9UF47 199 aa40■■■■□ 3.99
USF3-203ENST00000491165 NCAPD3P42695 1498 aa39.89■■■■□ 3.98
USF3-203ENST00000491165 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP39.83■■■■□ 3.97
USF3-203ENST00000491165 HMGXB3Q12766 1538 aa39.79■■■■□ 3.96
USF3-203ENST00000491165 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP39.78■■■■□ 3.96
USF3-203ENST00000491165 CCDC88BA6NC98 1476 aa39.38■■■■□ 3.89
USF3-203ENST00000491165 NESP48681 1621 aa38.82■■■■□ 3.81
USF3-203ENST00000491165 CFTRP13569 1480 aa38.81■■■■□ 3.8
USF3-203ENST00000491165 CADPSQ9ULU8 1353 aa38.8■■■■□ 3.8
USF3-203ENST00000491165 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa38.68■■■■□ 3.78
USF3-203ENST00000491165 PRDM2Q13029 1718 aa38.61■■■■□ 3.77
USF3-203ENST00000491165 FANCD2Q9BXW9 1451 aa38.4■■■■□ 3.74
USF3-203ENST00000491165 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa38.37■■■■□ 3.73
USF3-203ENST00000491165 ABCC8Q09428 1581 aa38.36■■■■□ 3.73
USF3-203ENST00000491165 PDS5BQ9NTI5 1447 aa38.34■■■■□ 3.73
USF3-203ENST00000491165 CEP164Q9UPV0 1460 aa38.21■■■■□ 3.71
USF3-203ENST00000491165 CHIC1Q5VXU3 224 aa38.17■■■■□ 3.7
USF3-203ENST00000491165 ERCC6Q03468 1493 aa38.12■■■■□ 3.69
USF3-203ENST00000491165 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP38.11■■■■□ 3.69
USF3-203ENST00000491165 SYNJ1O43426 1573 aa38.07■■■■□ 3.68
USF3-203ENST00000491165 CUX1P39880 1505 aa38.05■■■■□ 3.68
USF3-203ENST00000491165 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP38.01■■■■□ 3.68
USF3-203ENST00000491165 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP37.93■■■■□ 3.66
USF3-203ENST00000491165 MRC2Q9UBG0 1479 aa37.93■■■■□ 3.66
USF3-203ENST00000491165 TOP2BQ02880 1626 aa37.93■■■■□ 3.66
USF3-203ENST00000491165 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa37.92■■■■□ 3.66
USF3-203ENST00000491165 TOPBP1Q92547 1522 aa37.91■■■■□ 3.66
USF3-203ENST00000491165 DNMBPQ6XZF7 1577 aa37.91■■■■□ 3.66
USF3-203ENST00000491165 TRIM41Q8WV44 630 aa37.9■■■■□ 3.66
USF3-203ENST00000491165 WDR62O43379 1518 aa37.81■■■■□ 3.64
USF3-203ENST00000491165 FGD5Q6ZNL6 1462 aa37.73■■■■□ 3.63
USF3-203ENST00000491165 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP37.68■■■■□ 3.62
USF3-203ENST00000491165 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa37.57■■■■□ 3.6
USF3-203ENST00000491165 CUX2O14529 1486 aa37.55■■■■□ 3.6
USF3-203ENST00000491165 SOGA1O94964 1423 aa37.48■■■■□ 3.59
USF3-203ENST00000491165 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP37.45■■■■□ 3.59
USF3-203ENST00000491165 WDR97A6NE52 1622 aa37.39■■■■□ 3.58
USF3-203ENST00000491165 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa37.39■■■■□ 3.58
USF3-203ENST00000491165 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa37.36■■■■□ 3.57
USF3-203ENST00000491165 IFT140Q96RY7 1462 aa37.32■■■■□ 3.57
USF3-203ENST00000491165 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP37.26■■■■□ 3.56
USF3-203ENST00000491165 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP37.24■■■■□ 3.55
USF3-203ENST00000491165 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP37.24■■■■□ 3.55
USF3-203ENST00000491165 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa37.17■■■■□ 3.54
USF3-203ENST00000491165 KIF27Q86VH2 1401 aa37.17■■■■□ 3.54
USF3-203ENST00000491165 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP37.16■■■■□ 3.54
USF3-203ENST00000491165 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP37.11■■■■□ 3.53
USF3-203ENST00000491165 GAPVD1Q14C86 1478 aa37.08■■■■□ 3.53
USF3-203ENST00000491165 EEA1Q15075 1411 aa37.04■■■■□ 3.52
USF3-203ENST00000491165 PBRM1Q86U86 1689 aa36.99■■■■□ 3.51
USF3-203ENST00000491165 IGF1RP08069 1367 aa36.98■■■■□ 3.51
USF3-203ENST00000491165 CSRNP3Q8WYN3 585 aa36.97■■■■□ 3.51
USF3-203ENST00000491165 ERICH3Q5RHP9 1530 aa36.9■■■■□ 3.5
USF3-203ENST00000491165 GRIN2BQ13224 1484 aa36.88■■■■□ 3.49
USF3-203ENST00000491165 EHMT2Q96KQ7 1210 aa36.79■■■■□ 3.48
USF3-203ENST00000491165 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa36.78■■■■□ 3.48
USF3-203ENST00000491165 PRXQ9BXM0 1461 aa36.78■■■■□ 3.48
USF3-203ENST00000491165 CUL7Q14999 1698 aa36.76■■■■□ 3.47
USF3-203ENST00000491165 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa36.74■■■■□ 3.47
USF3-203ENST00000491165 ADAMTS12P58397 1594 aa36.72■■■■□ 3.47
USF3-203ENST00000491165 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa36.72■■■■□ 3.47
USF3-203ENST00000491165 KIF21BO75037 1637 aa36.71■■■■□ 3.47
USF3-203ENST00000491165 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa36.7■■■■□ 3.47
USF3-203ENST00000491165 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP36.67■■■■□ 3.46
USF3-203ENST00000491165 FHAD1B1AJZ9 1412 aa36.63■■■■□ 3.45
USF3-203ENST00000491165 GOLGA3Q08378 1498 aa36.55■■■■□ 3.44
USF3-203ENST00000491165 SYNJ2O15056 1496 aa36.54■■■■□ 3.44
USF3-203ENST00000491165 CHD1O14646 1710 aa36.48■■■■□ 3.43
USF3-203ENST00000491165 FBLN2P98095 1184 aa36.48■■■■□ 3.43
USF3-203ENST00000491165 GRIN2AQ12879 1464 aa36.47■■■■□ 3.43
USF3-203ENST00000491165 HRCP23327 699 aa36.46■■■■□ 3.43
USF3-203ENST00000491165 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP36.45■■■■□ 3.43
USF3-203ENST00000491165 UBTFP17480 764 aaKnown RBP36.4■■■■□ 3.42
USF3-203ENST00000491165 CEP170Q5SW79 1584 aa36.32■■■■□ 3.41
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 36.5 ms