Protein–RNA interactions for Protein: P55344

LIM2, Lens fiber membrane intrinsic protein, humanhuman

Predictions only

Length 173 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIM2P55344 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIM2P55344 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIM2P55344 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIM2P55344 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIM2P55344 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIM2P55344 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIM2P55344 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIM2P55344 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIM2P55344 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIM2P55344 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIM2P55344 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIM2P55344 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIM2P55344 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIM2P55344 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIM2P55344 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIM2P55344 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIM2P55344 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
LIM2P55344 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LIM2P55344 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
LIM2P55344 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIM2P55344 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIM2P55344 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
LIM2P55344 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIM2P55344 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIM2P55344 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIM2P55344 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIM2P55344 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIM2P55344 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
LIM2P55344 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
LIM2P55344 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIM2P55344 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LIM2P55344 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIM2P55344 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIM2P55344 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIM2P55344 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIM2P55344 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIM2P55344 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIM2P55344 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LIM2P55344 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC22.14■■□□□ 1.14
LIM2P55344 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
LIM2P55344 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
LIM2P55344 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
LIM2P55344 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
LIM2P55344 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
LIM2P55344 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
LIM2P55344 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
LIM2P55344 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
LIM2P55344 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIM2P55344 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIM2P55344 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIM2P55344 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIM2P55344 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIM2P55344 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIM2P55344 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIM2P55344 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIM2P55344 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIM2P55344 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIM2P55344 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIM2P55344 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIM2P55344 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
LIM2P55344 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIM2P55344 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIM2P55344 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIM2P55344 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIM2P55344 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIM2P55344 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIM2P55344 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
LIM2P55344 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
LIM2P55344 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIM2P55344 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIM2P55344 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIM2P55344 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIM2P55344 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIM2P55344 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIM2P55344 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIM2P55344 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
LIM2P55344 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
LIM2P55344 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIM2P55344 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIM2P55344 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIM2P55344 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIM2P55344 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIM2P55344 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIM2P55344 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIM2P55344 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIM2P55344 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIM2P55344 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
LIM2P55344 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
LIM2P55344 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.12
LIM2P55344 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
LIM2P55344 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
LIM2P55344 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
LIM2P55344 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
LIM2P55344 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIM2P55344 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIM2P55344 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIM2P55344 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIM2P55344 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIM2P55344 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
LIM2P55344 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.4 ms