Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 LINC01413-201ENST00000564843 772 ntTSL 3 BASIC18.08■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 RPL13-214ENST00000567815 712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.08■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 CIRBP-204ENST00000585630 870 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC18.08■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 LINC01128-208ENST00000608189 824 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 AC018529.1-201ENST00000613063 361 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 MLKL-201ENST00000306247 1781 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 STRN-202ENST00000379213 2254 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 TMEM92-201ENST00000300433 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 NXN-210ENST00000575801 2681 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 ZNF367-201ENST00000375256 3646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 EIF4E1B-203ENST00000504597 1676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 FAM219A-206ENST00000379087 3573 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC18.08■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 WASHC2C-202ENST00000359860 4471 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 SLC30A5-202ENST00000396591 4360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 APP-208ENST00000439274 2517 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 FGFR1OP2-201ENST00000229395 2924 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 SCRN1-205ENST00000425819 1552 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 AC008770.3-201ENST00000590798 1562 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 AC023024.2-201ENST00000623561 1993 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 PDE6G-204ENST00000573076 1505 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 CAAP1-206ENST00000625311 1532 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 LIPE-AS1-205ENST00000594688 2383 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 COMP-203ENST00000542601 2707 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 SYP-207ENST00000479808 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 RNF11-201ENST00000242719 3084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 LEF1-202ENST00000379951 3477 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 NPHP3-AS1-201ENST00000489343 2957 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 ALOX12B-201ENST00000319144 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 SYNRG-223ENST00000616179 4050 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 CENPT-235ENST00000626059 1737 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 DHFR-201ENST00000439211 3917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 PLXNB3-201ENST00000361971 6146 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 THAP10-201ENST00000249861 2399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 ACTL7B-201ENST00000374667 2379 ntAPPRIS P1 BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 SPDYE14P-201ENST00000442619 822 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 SEC24B-AS1-201ENST00000499359 957 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 SEC24B-AS1-204ENST00000510971 554 ntTSL 4 BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 AC103736.1-203ENST00000524565 872 ntTSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 SUOX-214ENST00000551841 906 ntTSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 AP005233.2-201ENST00000561588 372 ntTSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 AL133215.2-201ENST00000609242 977 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 SUPT20H-201ENST00000350612 2739 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 PLXND1-201ENST00000324093 7094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 NR2E3-202ENST00000617575 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 ZNF385A-201ENST00000338010 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 ZNF180-202ENST00000391956 3049 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 GOLGA5-201ENST00000163416 2969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 KRT77-201ENST00000341809 3305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 PRMT2-207ENST00000440086 1932 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 RTN1-209ENST00000611068 2647 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 WDR6-222ENST00000615452 1949 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 ATP2A3-205ENST00000397041 4675 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 LTBP2-205ENST00000556690 5614 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 LINC00528-201ENST00000600723 2160 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 ARHGEF4-205ENST00000409359 5489 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 MOXD1-202ENST00000367963 3059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 R3HDM2-201ENST00000347140 4331 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 PAK4-205ENST00000593690 3025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 FKRP-201ENST00000318584 3332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 GPM6A-210ENST00000506894 2614 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 KDM6A-212ENST00000543216 5655 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 NFE2L2-201ENST00000397062 2853 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 LRRFIP1-201ENST00000244815 4370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 PNPLA3-203ENST00000423180 2222 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 FER1L4-210ENST00000615531 5998 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 PLEKHN1-201ENST00000379407 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 HMGA1-204ENST00000401473 1887 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 PPP3CB-201ENST00000342558 2418 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 RAB3IL1-201ENST00000301773 2125 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 TRAPPC1-201ENST00000303731 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 IGHV3-23-201ENST00000390609 432 ntAPPRIS P1 BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 APCDD1L-AS1-201ENST00000420279 555 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 AL353705.2-201ENST00000428243 662 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 SFRP4-201ENST00000436072 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 DARS-AS1-203ENST00000438432 768 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 DNAJB6-209ENST00000443280 1159 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 AC022167.4-201ENST00000570290 498 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 RAB34-224ENST00000636513 888 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 HS3ST3B1-201ENST00000360954 5367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 AC148477.4-201ENST00000613430 1793 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 DPEP1-202ENST00000393092 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 PDE4DIP-201ENST00000313431 5676 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 MATN3-202ENST00000421259 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 APBB1-218ENST00000608655 1920 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 ZCCHC18-203ENST00000537356 2907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 ESR2-209ENST00000555278 1883 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 HACE1-201ENST00000262903 4576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 ASB1-201ENST00000264607 6994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 AC008969.1-201ENST00000550135 6438 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 CARD10-201ENST00000251973 3934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 SEPT4-201ENST00000317256 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 CENPM-201ENST00000215980 966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 MRPL55-201ENST00000295008 632 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 ROMO1-201ENST00000336695 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 NME2-201ENST00000393183 568 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 SPDYE17-201ENST00000412399 783 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 LINC00404-201ENST00000418660 428 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 RBPMS2P1-201ENST00000437762 623 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 HAUS2-208ENST00000568876 1702 ntTSL 4 BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP28Q96RU2 PTPRH-201ENST00000263434 3343 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.5 ms