Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC40.11■■■■■ 4.01
CUX1P39880 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC40.11■■■■■ 4.01
CUX1P39880 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.11■■■■■ 4.01
CUX1P39880 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.11■■■■■ 4.01
CUX1P39880 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC40.11■■■■■ 4.01
CUX1P39880 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC40.1■■■■■ 4.01
CUX1P39880 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC40.1■■■■■ 4.01
CUX1P39880 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC40.1■■■■■ 4.01
CUX1P39880 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC40.1■■■■■ 4.01
CUX1P39880 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC40.1■■■■■ 4.01
CUX1P39880 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC40.09■■■■■ 4.01
CUX1P39880 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC40.09■■■■■ 4.01
CUX1P39880 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC40.07■■■■■ 4.01
CUX1P39880 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC40.07■■■■■ 4
CUX1P39880 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.06■■■■■ 4
CUX1P39880 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC40.06■■■■■ 4
CUX1P39880 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.06■■■■■ 4
CUX1P39880 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC40.06■■■■■ 4
CUX1P39880 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC40.06■■■■■ 4
CUX1P39880 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC40.06■■■■■ 4
CUX1P39880 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC40.06■■■■■ 4
CUX1P39880 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC40.06■■■■■ 4
CUX1P39880 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC40.06■■■■■ 4
CUX1P39880 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC40.05■■■■■ 4
CUX1P39880 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.05■■■■■ 4
CUX1P39880 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.05■■■■■ 4
CUX1P39880 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC40.05■■■■■ 4
CUX1P39880 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC40.05■■■■■ 4
CUX1P39880 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC40.05■■■■■ 4
CUX1P39880 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC40.04■■■■■ 4
CUX1P39880 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.04■■■■■ 4
CUX1P39880 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.04■■■■■ 4
CUX1P39880 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC40.04■■■■■ 4
CUX1P39880 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.03■■■■■ 4
CUX1P39880 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC40.03■■■■■ 4
CUX1P39880 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC40.03■■■■■ 4
CUX1P39880 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC40.03■■■■■ 4
CUX1P39880 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.03■■■■■ 4
CUX1P39880 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC40.03■■■■■ 4
CUX1P39880 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC40.02■■■■■ 4
CUX1P39880 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.02■■■■■ 4
CUX1P39880 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC40.02■■■■■ 4
CUX1P39880 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.02■■■■■ 4
CUX1P39880 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.02■■■■■ 4
CUX1P39880 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC40.02■■■■■ 4
CUX1P39880 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC40.02■■■■■ 4
CUX1P39880 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC40.01■■■■■ 4
CUX1P39880 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC40.01■■■■■ 4
CUX1P39880 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.01■■■■■ 4
CUX1P39880 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC40.01■■■■□ 3.99
CUX1P39880 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC40.01■■■■□ 3.99
CUX1P39880 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC40■■■■□ 3.99
CUX1P39880 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC40■■■■□ 3.99
CUX1P39880 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.99■■■■□ 3.99
CUX1P39880 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC39.99■■■■□ 3.99
CUX1P39880 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC39.99■■■■□ 3.99
CUX1P39880 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC39.98■■■■□ 3.99
CUX1P39880 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.98■■■■□ 3.99
CUX1P39880 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC39.98■■■■□ 3.99
CUX1P39880 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.98■■■■□ 3.99
CUX1P39880 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.98■■■■□ 3.99
CUX1P39880 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.98■■■■□ 3.99
CUX1P39880 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC39.97■■■■□ 3.99
CUX1P39880 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC39.97■■■■□ 3.99
CUX1P39880 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC39.96■■■■□ 3.99
CUX1P39880 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC39.96■■■■□ 3.99
CUX1P39880 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC39.96■■■■□ 3.99
CUX1P39880 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC39.96■■■■□ 3.99
CUX1P39880 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC39.95■■■■□ 3.99
CUX1P39880 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.94■■■■□ 3.98
CUX1P39880 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.94■■■■□ 3.98
CUX1P39880 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC39.93■■■■□ 3.98
CUX1P39880 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC39.93■■■■□ 3.98
CUX1P39880 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC39.93■■■■□ 3.98
CUX1P39880 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC39.92■■■■□ 3.98
CUX1P39880 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC39.92■■■■□ 3.98
CUX1P39880 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC39.92■■■■□ 3.98
CUX1P39880 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC39.92■■■■□ 3.98
CUX1P39880 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.92■■■■□ 3.98
CUX1P39880 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC39.92■■■■□ 3.98
CUX1P39880 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC39.92■■■■□ 3.98
CUX1P39880 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.91■■■■□ 3.98
CUX1P39880 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC39.91■■■■□ 3.98
CUX1P39880 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.91■■■■□ 3.98
CUX1P39880 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC39.91■■■■□ 3.98
CUX1P39880 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.91■■■■□ 3.98
CUX1P39880 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC39.9■■■■□ 3.98
CUX1P39880 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.9■■■■□ 3.98
CUX1P39880 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC39.9■■■■□ 3.98
CUX1P39880 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC39.89■■■■□ 3.98
CUX1P39880 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC39.89■■■■□ 3.98
CUX1P39880 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.89■■■■□ 3.98
CUX1P39880 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC39.88■■■■□ 3.97
CUX1P39880 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC39.88■■■■□ 3.97
CUX1P39880 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.88■■■■□ 3.97
CUX1P39880 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC39.87■■■■□ 3.97
CUX1P39880 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC39.87■■■■□ 3.97
CUX1P39880 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC39.86■■■■□ 3.97
CUX1P39880 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC39.86■■■■□ 3.97
CUX1P39880 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC39.86■■■■□ 3.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.9 ms